PředmětyPředměty(verze: 855)
Předmět, akademický rok 2019/2020
  
Pokročilé praktikum z biochemie - MC250C17N
Anglický název: Advanced practical course in Biochemistry I
Český název: Pokročilé praktikum z biochemie
Zajišťuje: Katedra biochemie (31-250)
Fakulta: Přírodovědecká fakulta
Platnost: od 2019 do 2019
Semestr: zimní
E-Kredity: 6
Způsob provedení zkoušky: zimní s.:
Rozsah, examinace: zimní s.:0/4 Z [hodiny/týden]
Počet míst: 48
Minimální obsazenost: neomezen
Stav předmětu: vyučován
Jazyk výuky: čeština, angličtina
Vysvětlení: Czech or English
Další informace: https://dl2.cuni.cz/course/search.php?search=MC250C17N
Garant: doc. RNDr. Václav Martínek, Ph.D.
RNDr. Ondřej Vaněk, Ph.D.
Vyučující: RNDr. Marek Ingr, Ph.D.
Mgr. Petr Jeřábek, Ph.D.
Mgr. Matyáš Krijt
doc. RNDr. Václav Martínek, Ph.D.
Mgr. Ondřej Skořepa
RNDr. Ondřej Vaněk, Ph.D.
Korekvizity : {Alespoň jeden z předmětů MC250C42N, MC250C31N, MC250C32, MB150C04}
Anotace -
Poslední úprava: doc. RNDr. Václav Martínek, Ph.D. (19.09.2019)
Praktikum probíhá většinou oba dva dny v týdnu - v pondělí i úterý(některé úlohy jsou dvoudenní)! Většina úloh obvykle začíná od 8:10 a trvá obvykle do 14:00. Rozpis jednotlivých úloh bude přístupný po přihlášení v systému Moodle po jeho sestavení po úvodní schůzce spojené se školením bezpečnosti práce, rozdělením studentů do pracovních skupin (dvojic), přiřazení k jednotlivým úlohám a ke konkrétním termínům bude také provedeno po této úvodní schůzce; absolvování této schůzky je pro vstup do praktika povinné.

Cílem praktika je seznámit studenty s běžnými i pokročilými instrumentálními metodami používanými nejen v biochemii, jako je extrakce látek z přírodního materiálu, UV/VIS absorpční spektrofotometrie, chromatografické techniky (HPLC, FPLC, iontově výměnná, hydrofobní, gelová permeační a afinitní chromatografie, reverzní chromatografie na obrácené fázi), elektromigrační metody (agarosová, SDS polyakrylamidová a nativní elektroforéza pro separaci a vizualizaci DNA či proteinů, Western blot - elektropřenos proteinů s následnou imunodetekcí), krystalizace proteinů a metody jejich strukturního výzkumu, PCR amplifikace DNA a odvozené techniky práce s DNA (klonování, real-time PCR resp. kvantitativní Q-PCR, next generation DNA sekvenace).
Vedeni snahou o větší přiblížení toto pokročilého praktika k reálné vědecké práci, začleňujeme do některých úloh prvky problémového vyučování, kdy studenti po odpovídající teoretické přípravě sami navrhují postup řešení problému.
Součástí praktika je také praktický kurz práce s programem pro vizualizaci biomolekul (PyMol), praktické základy bioinformatiky, seznámení se s technikou vyhledávání v biochemických informačních zdrojích, práce s odbornou literaturou a vyhodnocování výsledků. Kurz je ukončen seznámením s principy členění textu i formálních náležitostí platných pro vypracovávání odborných prací (např. bakalářské práce či vědeckých publikací) a následným vypracováním "protokolu" z vylosované úlohy ve formě krátké závěrečné odborné práce, jejím včasným odevzdáním a ústní diskuzí ("obhajobou").
Literatura -
Poslední úprava: RNDr. Ondřej Vaněk, Ph.D. (28.02.2012)

Doporučená literatura:

Krajhanzl A, Hladík J et al.: Biochemické metody. Návody k praktickým cvičením. UK Praha 1991.

Anzenbacher P, Kovář J: Metody chemického výzkukmu pro biochemiky, MŠ Praha, 1986

Požadavky ke zkoušce -
Poslední úprava: RNDr. Ondřej Vaněk, Ph.D. (28.02.2012)

Zápočet: úspěšné absolvování zadaných úloh, vypracování přiděleného protokolu v odpovídající kvalitě, jeho včasné odevzdání a diskuse.

Sylabus -
Poslední úprava: doc. RNDr. Václav Martínek, Ph.D. (27.09.2019)

Úlohy:

  • INF/PYM - základy bioinformatiky a vizualizace biomolekul v programu PyMol
  • IEX - Separace protenů pomocí iontově výměnné chromatografie na FPLC
  • IMAC & WB - Izolace, purifikace, elektropřenos a imunodetekce proteinu připraveného heterologní expresí
  • X - krystalizace proteinů a metody studia struktury biomakromolekul
  • PCR - Polymerasová řetězová reakce DNA, rtPCR
  • HPLC - Separace rostlinných pigmentů pomocí chromatografie na reverzní fázi
  • LIT - citační manager + práce s odbornou literaturou

Kurz je ukončen vypracováním protokolu z vylosované úlohy ve formě krátké závěrečné odborné práce.

Vstupní požadavky
Poslední úprava: doc. RNDr. Václav Martínek, Ph.D. (28.01.2015)

Praktikum je určeno pro studenty 3. ročníku bakalářského studia biochemie. Vzhledem k tomu, že se zaměřuje na pokročilé instrumentální biochemické metody, předpokládáme, že účastníci jsou kromě teoretické znalosti biochemie vybaveni také znalostmi základních chemických a biochemických metod. Tedy že již úspěšně absolvovali Praktikum z laboratorní techniky a také Biochemické praktikum (MC250C31N), popř. ekvivalentní předměty.

 
Univerzita Karlova | Informační systém UK