Molecular Applications in Zoology - MB170P62
Anglický název: Molecular Applications in Zoology
Český název: Molekulární metody v zoologii
Zajišťuje: Katedra zoologie (31-170)
Fakulta: Přírodovědecká fakulta
Platnost: od 2022
Semestr: letní
E-Kredity: 4
Způsob provedení zkoušky: letní s.:
Rozsah, examinace: letní s.:2/0, Zk [HT]
Rozsah za akademický rok: 1 [dny]
Počet míst: neomezen
Minimální obsazenost: neomezen
Virtuální mobilita / počet míst: ne
Stav předmětu: vyučován
Jazyk výuky: angličtina
Další informace: http://zuzanastarostova.webnode.cz/news/molecular-applications-in-zoology/
Poznámka: povolen pro zápis po webu
Garant: Mgr. Zuzana Starostová, Ph.D.
Vyučující: doc. RNDr. Pavel Hulva, Ph.D.
doc. Mgr. Pavel Munclinger, Ph.D.
RNDr. Radka Reifová, Ph.D.
Mgr. Zuzana Starostová, Ph.D.
RNDr. František Šťáhlavský, Ph.D.
doc. RNDr. Michal Vinkler, Ph.D.
Výsledky anket   Termíny zkoušek   Rozvrh LS   
Anotace -
Poslední úprava: Mgr. Zuzana Starostová, Ph.D. (11.01.2023)
Molekulární markery a použití sofistikovaných cytogenetických technik otevřely nový pohled, pomocí kterého lze prohlížet přírodní biologický svět. Cílem tohoto kurzu je seznámit studenty se základními a pokročilými aplikacemi těchto genetických markerů v
řešení úkolů současné zoologie (např. biologie populace, vývoj organismu, fylogeneze nebo fylogeografie). Budeme představovat různé laboratorní techniky pro odhalování molekulárních markerů, jakož i několik cytogenetických technik a dokumentovat jejich použití v zajímavých zoologických případových studiích. Pokryjeme oblasti od hodnocení genetiky rodičovství a příbuzenství v posledních generacích k fylogenetickým hodnocením v živočišném stromě života, jakož i studium ekologie a životní historie druhů. Ukážeme příklady od studií jednotlivých genů po genomický přístup. Kurz zahrnuje také dvě půldenní praktická cvičení.

První přednáška kurzu je plánována na 14.2.2023, 13:10 (B312). Studijní materiály budou také na webové stránce: https://zuzanastarostova.webnode.cz/news/molecular-applications-in-zoology/.
Literatura -
Poslední úprava: Ing. Jindřiška Peterková (25.10.2019)

Prezentace PowerPoint a další informace týkající se kurzu najdete na: http://zuzanastarostova.webnode.cz/news/molecular-applications-in-zoology/

Požadavky ke zkoušce -
Poslední úprava: Mgr. Zuzana Starostová, Ph.D. (08.02.2022)

Zkouška z předmětu bude písemná a bude pokrývat učivo probrané v přednáškách. V testu bude jedna otázka z každé přednášky (forma zkoušky se může změnit, pokud to bude nutné kvůli nemoci Covid-19 a pravidlům platným ve zkouškovém období). Povinnou součástí předmětu je účast na praktiku. Domluva ohledně praktika bude probíhat v průběhu semestru formou emailů.

Sylabus -
Poslední úprava: Mgr. Zuzana Starostová, Ph.D. (30.01.2023)

1    Introduction, DNA isolation, PCR and DNA sequencing, basics in sequence data handling (lecturer Zuzana Starostová)
2    Next generation sequencing – introduction, short-read and long-read sequencing methods, assemblies (lecturer Radka Reifová)
3    How to read and make phylogenetic trees (lecturer Zuzana Starostová)
4    Use of molecular phylogetics in zoology (lecturer Zuzana Starostová)
5    Molecular phylogeography (lecturer Pavel Hulva)
6    Microsatellites and molecular identification of species, individuals and sex (lecturer Pavel Munclinger)
7    Population structure and paternity studies (lecturer Pavel Munclinger)
8    Next generation sequencing – applications: whole genome sequecing, exome sequencing, ddRAD sequencing, metagenomics (lecturer Radka Reifová)
9    Gene expression – quantitative PCR, expression microarrays, transcriptome sequencing and analysis, epigenomics (lecturer Radka Reifová)
10    Functional genetic variability: From SNP to selection (lecturer Michal Vinkler)
11    Cytogenetic methods and their application in zoology (lecturer František Šťáhlavský)