|
|
|
||
Poslední úprava: Ing. Jindřiška Peterková (12.09.2023)
Představujeme zde aktualizovaný kurz se zaměřením na výpočty na vzdálených platformách a reprodukovatelnost kódu. Účastníci kurzu získají dostatečné dovednosti a sebevědomí v unixových prostředích, aby je mohli používat pro zpracování a analýzu vlastních genomických dat. Kromě mnoha praktických cvičení poskytneme také přehled dostupných výpočetních prostředí používaných v akademickém i komerčním prostředí v bioinformatice. |
|
||
Poslední úprava: RNDr. Jana Rubešová, Ph.D. (22.05.2018)
1. Úvod do prostředí Unix. II. Základy Unixu - základní příkazy (cd, ls, ll, mkdir, mv, cp, pwd, htop, screen, grep, globbing, less, head, tail, cat, cut, sort, uniq, paste, join, pipes). III. Pokročilý Unix - základy příkazů awk, sed, standardní výrazy, atd. IV. Úvod do genomiky - struktura genomů. V. Vizualizace dat - formátování dat pro jejich efektivní vizualizaci, použití RStudio, tidyr, dplyr a ggplot2. VI. Posouzení kvality sekvenčních genomových dat - FASTQ soubory. VII. "Genome assembly" - jak propojit malé segmenty genomové informace. VIII. Variantní procesy - použití originálních NGS readů a "genome assembly" jejich variant. IX. Standardní anotovací formáty - uložení a skladování genomové informace (formáty GFF, VCF, BED), sumarizace dat (bedtools, vcftools) X. Mnoho praktického procvičování.
|