Proteomické praktikum - MB170C112
Anglický název: Practical course on proteomics
Český název: Proteomické praktikum
Zajišťuje: Katedra zoologie (31-170)
Fakulta: Přírodovědecká fakulta
Platnost: od 2014 do 2018
Semestr: letní
E-Kredity: 2
Způsob provedení zkoušky: letní s.:
Rozsah, examinace: letní s.:0/1 Z [týdny/semestr]
Počet míst: 12
Minimální obsazenost: neomezen
Stav předmětu: vyučován
Jazyk výuky: čeština
Další informace: http://email: petra@uhkt.cz, telefon: 224 965 865
Garant: doc. Mgr. Pavel Stopka, Ph.D.
Vyučující: doc. RNDr. Jiří Petrák, Ph.D.
doc. Mgr. Pavel Stopka, Ph.D.
Prerekvizity : MB170P112
Výsledky anket   Termíny zkoušek   Rozvrh   
Anotace -
Poslední úprava: doc. RNDr. Jiří Petrák, Ph.D. (21.02.2013)
Toto týdenní turnusové praktikum je určeno pro ty, kteří absolvovali přednášku PROTEOMIKA.
Cílem praktika je seznámit účastníky se všemi aspekty a kroky typické proteomické analýz využívající dvojrozměrné
elektroforézy. Studenti si postupně projdou všemi kroky počínaje přípravou vzorků přípravy vzorků přes izoelektrickou
fokusaci a PAGE až po obrazovou analýzu, výběr spotu, štěpení vybrané bílkoviny trypsinem, čištění peptidů a identifikaci
proteinu hmotnostní spektrometrií.

Literatura
Poslední úprava: doc. RNDr. Jiří Petrák, Ph.D. (06.02.2013)

Výukové materiály i doporučenou literaturu naleznete na adrese: http://patofyziologie.lf1.cuni.cz/proteomika

Jedná se například o následující tituly:

Učebnice/Monografie:

R. K. Scopes: Protein purification. Prinicples and Practise, Springer Verlag, ISBN-10: 0387940723 | ISBN-13: 978-0387940724

J. Reinders, A. Sickman: Proteomics: Methods and Protocols (Methods in Molecular Biology). Humana Press ISBN-10: 1607611562 | ISBN-13: 978-1607611561

H. Rehm: Protein Biochemistry and Proteomics. Academic Press. ISBN-10: 012088545X | ISBN-13: 978-0120885459

Odborné články:

Gorg A et al. Current two-dimensional electrophoresis technology for proteomics, Proteomics, 2004, 4, 3665-3685

Požadavky ke zkoušce
Poslední úprava: doc. RNDr. Jiří Petrák, Ph.D. (21.02.2013)

Je udělován zápočet.

Sylabus -
Poslední úprava: JPROKOP (29.11.2006)
  • Příprava pufrů, vzorků, rehydratace IPG stripů, izoelektrická fokusace,
  • Příprava SDS-akrylamidového gelu, jednorozměrná a dvojrozměrná elektroforéza, barvení bílkovin v gelu - Coomassie blue, stříbření a fluorescenční barvení.
  • Digitalizace obrazu a obrazová analýza gelů a gelových sad.
  • Výběr diferencálně exprimovaných bílkovin a jejich vypíchnutí z gelu, tryptické štěpení a extrakce peptidů.
  • Analýza peptidové směsi metodami hmotnostní spektrometrie a identifikace výchozí bílkoviny. Peptidový fingerprint a sekvenční tagy (MS a MS/MS analýza).