PředmětyPředměty(verze: 802)
Předmět, akademický rok 2016/2017
   Přihlásit přes CAS
Molekulární fylogenetika a taxonomie - MB160P21
Anglický název: Molecular phylogenetics and systematics
Zajišťuje: Katedra parazitologie (31-161)
Fakulta: Přírodovědecká fakulta
Platnost: od 2016 do 2016
Semestr: zimní
E-Kredity: 3
Způsob provedení zkoušky: zimní s.:
Rozsah, examinace: zimní s.:2/0 Zk [dny/semestr]
Počet míst: neomezen
Minimální obsazenost: neomezen
Stav předmětu: nevyučován
Jazyk výuky: čeština
Další informace: http://www.natur.cuni.cz/~vlada/moltax/
Poznámka: předmět má cyklickou výuku
Garant: doc. Mgr. Vladimír Hampl, Ph.D.
Kde je předmět použit    Výsledky anket   Termíny zkoušek   Rozvrh    Elearningový kurz
Anotace -
Poslední úprava: doc. Mgr. Vladimír Hampl, Ph.D. (10.02.2010)

Cílem kurzu je seznámit posluchače se základními metodami a technikami molekulární fylogenetiky a s využitím molekulárně
biologických dat v systematice a navazujících biologických oborech. Obsah: Specifika molekulárně biologických dat, jejich
výhody a nevýhody. Získávání molekulárně biologických dat pro účely systematiky (sekvenování, RFLP, RAPD, AFLP,
alozymy, mikrosatelity, SSCP, reasociační analýza, imunologické metody, proteinový fingerprinting). Zpracovávání
získaných dat - fenetické a kladistické přístupy, distanční a znaková data, metody výpočtu distancí na základě různých
typů znakových dat, konstrukce dendrogramů.
Literatura
Poslední úprava: doc. Mgr. Vladimír Hampl, Ph.D. (04.08.2011)

Felsenstein J: Inferring phylogenies. Sinauer Associates, Inc., USA, 2004

Hillis DM, Moritz C a Mable BK: Molecular Systematics, second edition. Sinauer Associates, Inc., USA, 1996

Avise JC. Molecular Markers, Natural History and Evolution, second edition. Sinauer Associates, Inc., USA, 2004

Požadavky ke zkoušce
Poslední úprava: doc. Mgr. Vladimír Hampl, Ph.D. (24.02.2010)

Součásti zkoušky:

Písemná část (5 příkladů) - maximální zisk 10 bodů

Ústní část - maximální zisk 10 bodů

Nepovinný esej (2-3 strany) a jeho prezentace

(10 min.) - 4 body

Hodnocení:

11-13 bodů - dobře

14 - 17 bodů - velmi dobře

18 a více - výborně

Sylabus
Poslední úprava: doc. Mgr. Vladimír Hampl, Ph.D. (09.10.2015)

Předběžný rozpis pro rok 2015

Přednášky budou probíhat v parazitologické posluchárně v čase 11:15-12:45

9. 10.  - Úvod, taxonomie, molekulární znaky, sekvenace DNA (Hampl)

16. 10. - Alignment sekvencí (Novotný)

23. 10. - Databáze sekvencí a vyhledávání v nich (Novotný)

30. 10. - Jiné metody získávání molekulárních dat- multilokusové metody (RAPD, RFPL aj.), mikrosatelity, minisatelity, izoenzymová a alozymová analýza, imunologické metody (Hampl)

6. 11. - SNP, evoluce sekvencí, odhad evoluční vzdálenosti (Hampl)

13. 11. - Fylogenetické stromy I. - Proteinové distance, konstrukce fylogenetických stromů z matice distancí, anatomie stromů (Hampl)

20. 11. - Fylogenetické stromy II. Rate heterogeneity, prohledávání prostoru stromů, maximální parsimonie (Hampl)

27. 11. - Fylogenetické stromy III. - Metoda maximum likelihood, Bayéská metoda (Hampl)

4. 12. - Fylogenetické stromy IV. - Multigenové analýzy, určení věrohodnosti větvění stromů, nalezení kořene, testy topologie, Datování pomocí molekulárních hodin (Hampl)

11. 12. - Identifikace jedinců, určování rodičovství, DNA barcoding (Hampl)

18. 12. - Vnitrodruhová fylogeneze, struktura populace a genový tok, fylogeografie, příklady (Hampl)

8. 1. - Speciace a hybridizace, kryptické druhy, příklady (Reifová)

8. 1. 14:00 - Prezentace studentů

 
Univerzita Karlova | Informační systém UK