|
|
|
||
Poslední úprava: RNDr. Nataša Šebková, Ph.D. (16.04.2024)
dovedností v používání výpočetních metod pro moderní návrh léčiv. Je s výhodou, pokud frekventanti tohoto kursu absolvovali přednášky o struktuře a funkci biomolekul, obecné chemii a použití počítačů k vědecké práci. Určeno pro studenty 1. a 2. ročníku navazujícího magisterského studia (příp. pro 3. ročník bakalářského studia) a pro postgraduální (Ph.D.) studenty včetně lékařských oborů. V kurzu budou probírána následující témata: 1. Objevování nových biologicky aktivních látek 2. Struktura, dynamika a interakce v komplexech biomolekul s ligandy 3. Biologicky aktivní látky, jejich vlastnosti a interakce 4. Dokování, molekulová mechanika, dynamika, skórování 5. Návrh léků založený na ligandech |
|
||
Poslední úprava: RNDr. Nataša Šebková, Ph.D. (16.04.2024)
Obsah přednášky je částečně pokryt v následujících knihách: Základní: Young, D.C. Computational Drug Design. Wiley, 2009. Krogsgaard-Larsen, P; Stromgaard, K; Madsen, U. Textbook of Drug Design and Discovery, 4th ed., CRC Press, 2010. Doporučená: Young D.C. Computational Chemistry, a Practical Guide for Applying Techniques to Real World Problems. Wiley, 2001. Doporučená: Leach AR. Molecular Modelling - Principles and Applications (2 edition). Pearson Education, 2001. Doporučená: Alvarez, J. & Shoichet B. (Eds.). Virtual Screening in Drug Discovery. Taylor&Francis, 2005.
|
|
||
Poslední úprava: RNDr. Nataša Šebková, Ph.D. (16.04.2024)
Zkouška je hodnocena 4 kredity. PROJEKT: Studenti si vyberou téma z praktických cvičení a vypracují malý projekt. Nutné pro připuštění ke zkoušce. ZKOUŠKA se skládá z otázek na témata probíraná na přednáškách.
|
|
||
Poslední úprava: RNDr. Nataša Šebková, Ph.D. (16.04.2024)
1. Molekulární základy nemocí, biomolekulární terapeutické cíle, návrh a objevování léků (ML) 2. Struktura a dynamika biomolekulárních cílů (proteiny, nukleové kyseliny) (VV) 3. Metody strukturní biologie (rentgenová krystalografie, NMR, cryo-EM, AlphaFold) (VV) 4. Praktické cvičení: PDB databáze (VV, ML) 5. Biologicky aktivní látky, vlastnosti, nekovalentní a kovalentní interakce (JF) 6. Praktické cvičení: vizualizace proteinů a ligandů - PyMol (JF, ML) 7. Virtuální prohledávání knihoven látek, dokování, skórování (JF) 8. Praktické cvičení: Dokování - AceDock (JF, ML) 9. Molekulární mechanika a dynamika, výpočty vazebné volné energie (ML) 10. Návrh léků založený na ligandech - QSAR, ADMET, databáze (ML)
|