Předměty

Poslední úprava: RNDr. Nataša Šebková, Ph.D. (20.02.2018)

Cílem kurzu je rozšířit znalosti studentů o vývojově biologických procesech probíraných v rámci bakalářského studia. Stejně významným aspektem je vedení studentů ke kritickému pohledu na publikovaná fakta a jejich schopnost analyticky rozebrat odborný text a jeho obsah prezentovat vědecky orientovanému publiku.

Poslední úprava: doc. RNDr. Ing. Vladimír Krylov, Ph.D. (27.05.2019)

The course put emphasis on the broadening the student´s knowledge regarding the advances in the developmental processes gained during bachelor study. Very important aspect is the leading the students toward critical thinking about published data and the ability to analyse the scientific text and present the data in front of the informed audience.

Poslední úprava: RNDr. Nataša Šebková, Ph.D. (20.02.2018)

Kurz je postaven na základě recentních přehledných článků (review) aktuálních primárních vědeckých publikacích a světově uznávaných učebních textech (Gilbert et al., Developmental biology).

Poslední úprava: doc. RNDr. Ing. Vladimír Krylov, Ph.D. (27.05.2019)

The course is based on the up to date reviews, primary scientific papers and world textbooks such as Gilbert et al., Developmental biology.

Poslední úprava: doc. RNDr. Ing. Vladimír Krylov, Ph.D. (29.01.2021)

Zápočet bude udělen za zpracování a prezentaci eseje na vybrané téma týkající se současného výzkumu na poli vývojové biologie. Zkouška je formou online písemného testu obsahujícího 20 otázek (A,B,C nebo D) s jednou správnou odpovědí - dvě otázky na přednášku. Správně zodpovězená otázka je hodnocena 5-ti body. Nejvíce lze tedy získat 100 bodů.

100 - 90 bodů = 1

89 - 80 bodů = 2
79 - 60 bodů = 3

59 - 0 bodů = 4 (nedostatečně)

V případě, že se nebudete moci na test dostavit osobně (pobyt v zahraničí, COVID, atd), dejte mi, prosím vědět a test budete moci vypracovat vzdálenou formou z vašeho počítače. Budete vyzváni, abyste sdíleli svou pracovní plochu a váš obličej musí být snímán kamerou po celou dobu testu. Pokud bodové hodnocení písemného testu bude méně jak 60 bodů (nedostatečně) pak všechny opravné termíny budou ve formě ústního přezkoušení buď online formou nebo osobně.

Poslední úprava: doc. RNDr. Ing. Vladimír Krylov, Ph.D. (29.01.2021)

Requirements to the exam

Credits are given for the working out and presentation of essay focused on some selected topic regarding the recent research in the field of developmental biology. The exam is online writting test containig 20 single-option questions (A,B,C or D), two questions per lecture. One question = 5 points (100 points maximum in total).

100 - 90 points = 1

89 - 80 points = 2
79 - 60 points = 3

59 - 0 points = 4 (not pass)

In the case you can´t work out the test at the faculty (foreign students, COVID issue etc), please let me know and I arrange the distant form for you. You will be invited to share your desktop and your face must be monitored by camera. If you don´t pass the writting test, the subsequent correction terms will be arranged via online or personal oral examination.

Poslední úprava: doc. RNDr. Ing. Vladimír Krylov, Ph.D. (12.09.2023)

1) Jiří Pergner - Od genotypu k fenotypu - změny genové exprese ve vztahu k vývojovým procesů

Změny regulace jednoho genu způsobující velké fenotypické změny (např. mutace v enhancerech; mutace vedoucí k tvorbě silencerů) vs. malé fenotypické změny způsobené změnou exprese velkého množství genů. Zajištění robustnosti transkripční regulace pomocí tzv. shadow enhancerů. Představení nestandardních modelových organizmů využívaných v evo-devo studiích.

2) Vladimír Soukup - Genové regulační sítě a jejich vlastnosti

Genové regulační sítě (GRN) během vývoje, jejich vlastnosti, logika, hierarchie a prostorová a časová souslednost. Komponenty GRN a vztahy mezi nimi, příklady modulů, nódy, jejich zesíťování, inputy a outputy, cis-regulace. GRN během embryonálního vývoje a specifikace buněčných linií na příkladu ježovky. Modifikace GRN a evoluce tělních plánů, evoluční stabilita kernelů a plasticita periferních částí. Evoluce nových znaků modifikací stávající GRN nebo koopcí GRN pro nové funkce.

3) Jiří Pergner - Role 3D struktury genomu a “junk DNA” na příkladu vývojových procesů - ONLINE

Aktuální pohled na roli 3D struktury genomu ve vztahu k transkripční regulaci - Topologically associated domains (TADs). Vlastnosti TADs, jejich změny v evoluci a v průběhu ontogeneze. Nekódující RNA regulující genovou expresi.

4) Marie Macůrková - Časná embryogeneze bezobratlých

nové pohledy na mozaikový a regulační vývoj, ustavení asymetrie, vliv stochastické genové exprese, srovnání časného vývoje zavedených a méně známých modelů bezobratlých

5) Marie Macůrková - Regulace genové exprese v organogenezi

Signální dráhy regulující vývoj vybraných orgánových soustav, rozdíly a podobnosti mezi různými skupinami živočichů, transkriptomika na úrovni orgánů

6) Robert Černý - Advances in Epithelial Developmental Biology: Ectoderm-endoderm interactions in developing vertebrate head

7) Vladimír Krylov - Embryonální vývoj končetin u obratlovců

Vznik končetinového pupene, polarizace vyvíjejících se končetin, role HOX genů a jejich genových produktů včetně podřízených signálních drah. Poruchy při vývoji končetin, evoluční porovnání vývoje končetin napříč obratlovci

8) Vladimír Soukup - Regenerace

Regenerace vs. hojení. Příklady regenerujících tkání v živočišné říši, regenerace u obratlovců. Ocasatí obojživelníci coby mistři regenerace. Regenerace ocasu a končetiny. Dediferenciace, transdiferenciace a buněčné procesy během regenerace. Regenerace coby repetice vývoje?7)

9) Vladimír Krylov - Embryonální vývoj orgánových základů u obratlovců

Embryonální vývoj základů srdce, trávicí a dýchací soustavy, primárních pohlavních orgánů a ledvin. Evoluční srovnání

10) Robert Černý - Advances in Mesenchyme Developmental Biology: Neural crest-derived mesenchyme as the prime example of developmental biology of mesenchymal cells

Předmět je vyučován za podpory projektu Zvýšení kvality vzdělávání na UK a jeho relevance pro potřeby trhu práce, reg.č. CZ.02.2.69/0.0/0.0/16_015/0002362.

Poslední úprava: doc. RNDr. Ing. Vladimír Krylov, Ph.D. (12.09.2023)

1) From genotype to phenotype - changes in gene expression regarding developmental processes - Jiri Pergner

Changes in the large-effect gene regulation leading to the large phenotypic changes (i.e. mutations in enhancers; mutations leading to the formation of silencers) vs. small phenotypic changes caused by the changes in gene expression of many genes. Shadow enhancers as a tool to ensure the robustness of the transcription regulation. Presentation of non-standard model organisms employed in the evo-devo studies.

2) Gene regulatory networks and their features - Vladimir Soukup

Gene regulatory networks (GRN) during development, their features, logic, hierarchy and spatial and temporal sequence. GRN components and mutual relationships, module examples, nods and their networking, inputs and outputs, cis regulation. GRN during embryonic development and cell line specification in sea urchin model. GRN modifications and the evolution of body plans, evolutionary stability of Kernels and plasticity of periphery parts. Evolution of new characters by modifying existing GRNs or co-opting GRNs for new features.

3) Role of the genome 3D structure and “junk DNA” in developmental processes - Jiří Pergner

Up to date perspective on the genome 3D structure regarding the regulation of transcription - Topologically associated domains (TADs). TADs features, their changes in the evolution and during ontogenesis. Non-coding RNAs regulating the gene expression

4) Early embryogenesis of non-vertebrates - Marie Macurkova

New views on the mosaic and regulatory development, asymetry, the effect of the stochastic gene expression, comparison of the early embryonic development regarding well established and new non-vertebrate model organisms.

5) Regulation of gene expresion in organogenesis - Marie Macurkova

Signalling pathways regulating the development of selected organ systems, differences and similarities among various animal groups, transcriptomics on the organ level.

6) Advances in Epithelial Developmental Biology - Robert Černý

Ectoderm-endoderm interactions in developing vertebrate head

7) Limb development in vertebrates - Vladimír Krylov

Emergence of the limb bud, polarization of the developing limbs, the role of hox genes and their gene products including downstream signalling pathways. Failures during limb development, evolutionary comparison of the limb development among vertebrates.

8) Regeneration - Vladimir Soukup

Regeneration vs. healing. Examples of regenerating tissues in the animal kingdom, regeneration in vertebrates. Tailed amphibians as masters of regeneration. Tail and limb regeneration. Dedifferentiation, transdifferentiation and cellular processes during regeneration. Regeneration as a repetition of development?)

9) Embryonic development of the organs basis in vertebrates - Vladimír Krylov

Embryonic development of the heart, digestive and respiratory tract, primary gonads and kidney. Evolutionary comparison.

10) Advances in Mesenchyme Developmental Biology - Robert Černý

Neural crest-derived mesenchyme as the prime example of developmental biology of mesenchymal cells

The course is taught with the support of the project reg. number CZ.02.2.69/0.0/0.0/16_015/0002362

Poslední úprava: RNDr. Nataša Šebková, Ph.D. (12.09.2019)

Zvládnout výuku v anglickém jazyce.