PředmětyPředměty(verze: 825)
Předmět, akademický rok 2017/2018
   Přihlásit přes CAS
Spatiotemporal modeling and simulation of biological systems - MB151P115E
Anglický název: Spatiotemporal modeling and simulation of biological systems
Zajišťuje: Katedra buněčné biologie (31-151)
Fakulta: Přírodovědecká fakulta
Platnost: od 2017 do 2018
Semestr: letní
E-Kredity: 4
Způsob provedení zkoušky: letní s.:kombinovaná
Rozsah, examinace: letní s.:1/0 Zk [týdny/semestr]
Počet míst: neomezen
Minimální obsazenost: neomezen
Stav předmětu: vyučován
Jazyk výuky: čeština
Garant: Mgr. Marian Novotný, Ph.D.
Anotace
Poslední úprava: Mgr. Marian Novotný, Ph.D. (26.03.2018)

Modelování biologických systémů se stává stále populárnějším a důležitějším nástrojem k porozumění biologických mechanizmů. Souhra mezi experimentem, teorií a simulacemi poskytuje vhled do dynamického chování komplexních mnohasložkových biologických systémů, které nemohou být snadno uchopeny tradičními vědeckými přístupy. Výpočetní přístupy tvoří jádro modelování a simulací biologických systémů. Kurz se zaměřuje na modelování technik časově rozlišených systémů. Studenti se naučí brát v potaz geometrii systémů a transport v prostoru. Po opakování základní matematiky a fyziky se studenti naučí modelovat procesy jako difuze či tok a simulovat je na poočítači.
Literatura
Poslední úprava: Mgr. Marian Novotný, Ph.D. (26.03.2018)

I. F. Sbalzarini, Spatiotemporal Modeling and Simulations. Lecture Notes, 2015.

 

I. F. Sbalzarini. Modeling and simulation of biological systems from image data. Bioessays, 35(5):482–490, 2013.

Sylabus
Poslední úprava: Mgr. Marian Novotný, Ph.D. (26.03.2018)

Pokryté oblasti:

i)               analýza prostorovosti

ii)             příčinové diagramy

iii)            vektorová pole

iv)            částicové metody

v)             rovnice difuze a toku

vi)            hybridní metody počítačové simulace

Nedílnou součástí kurzu je studentský projekt zaměřující se na simulaci skutečného biologického systému.

Vstupní požadavky
Poslední úprava: Mgr. Marian Novotný, Ph.D. (28.03.2018)

This course is taught in English.

 
Univerzita Karlova | Informační systém UK