PředmětyPředměty(verze: 821)
Předmět, akademický rok 2017/2018
   Přihlásit přes CAS
Biological imaging and image analysis - MB151P114E
Anglický název: Biological imaging and image analysis
Zajišťuje: Katedra buněčné biologie (31-151)
Fakulta: Přírodovědecká fakulta
Platnost: od 2017 do 2018
Semestr: letní
E-Kredity: 6
Způsob provedení zkoušky: letní s.:kombinovaná
Rozsah, examinace: letní s.:1/1 Zk [týdny/semestr]
Počet míst: neomezen
Minimální obsazenost: neomezen
Stav předmětu: vyučován
Jazyk výuky: čeština
Garant: Mgr. Marian Novotný, Ph.D.
Anotace
Poslední úprava: Mgr. Marian Novotný, Ph.D. (26.03.2018)

Většina primárních dat v biologii pochází z mikroskopických obrázků. K získání smysluplných informací z mikroskopických dat je nezbytné použít výpočetní nástroje a to jednak k odstranění šumu a subjektivních chyb, tak vzhledem k množství a dostupnosti mikroskopických dat, které neumožňuje manuální inspekci a vyžaduje tvorbu automatických procesů pro analýzu dat.
Literatura
Poslední úprava: Mgr. Marian Novotný, Ph.D. (26.03.2018)

James Pawley "Handbook of Biological Confocal Microscopy" Springer Verlag, ISBN 978-0-387-45524-2

Spencer Shorte and Friedrich Frischknecht "Imaging Cellular and Molecular Biological Functions" Springer Verlag, ISBN 978-3-540-71331-9

Special issue of Nature Methods "Focus on Bioimage Informatics"

http://www.nature.com/nmeth/focus/bioimageinformatics/index.html

ImageJ User Guide http://imagej.nih.gov/ij/docs/guide/user-guide.pdf

Sylabus
Poslední úprava: Mgr. Marian Novotný, Ph.D. (26.03.2018)

V předkládaném kurzu se studenti nejprve seznámí po teoretické i praktické stránce se širokým spektrem experimentálních mikroskopických technik a také s celým mikroskopickým procesem – od připravy mikroskopů, integrace mikroskopu a softwaru, přípravy vzorku, zobrazení a následnou analýzou obrazu. V druhé části budou představeny základní a mirně pokročilé techniky analýzy obrazu a studenti budou řešit skutečné biologické problémy za použití open source softwaru jako je Fiji. Ve výsledku studenti získají ucelený obrázek o analýze mikroskopického obrazu a snad se pro tuto slibnou oblast někteří i nadchnou natolik, že se pro ni rozhodnou ve své vědecké kariéře.

Vstupní požadavky
Poslední úprava: Mgr. Marian Novotný, Ph.D. (28.03.2018)

This course is taught in English.

 
Univerzita Karlova | Informační systém UK