PředmětyPředměty(verze: 845)
Předmět, akademický rok 2018/2019
   Přihlásit přes CAS
Immunology - a systems biology view - MB151P103E
Anglický název: Immunology - a systems biology view
Český název: Imunologie z pohledu systémové biologie
Zajišťuje: Katedra buněčné biologie (31-151)
Fakulta: Přírodovědecká fakulta
Platnost: od 2018
Semestr: letní
E-Kredity: 3
Způsob provedení zkoušky: letní s.:kombinovaná
Rozsah, examinace: letní s.:2/0 Zk [hodiny/týden]
Počet míst: 45
Minimální obsazenost: neomezen
Stav předmětu: vyučován
Jazyk výuky: angličtina
Vysvětlení: Students who would like to continue with their MSc. study in Immunology areexpected to pass both immunology courses: MB150P14E and MB151P103E -enroll to the Moodle course, please = Elearning course (link below)
Garant: RNDr. Karel Drbal, Ph.D.
Vyučující: RNDr. Karel Drbal, Ph.D.
Anotace -
Poslední úprava: RNDr. Karel Drbal, Ph.D. (16.03.2019)
Upozornění: přednášky a celý kurz probíhá v angličtině.

Jedná se o základní jednosemestrální kurz zaměřený na funkce imunitního systému z pohledu systémové biologie.
Výuka je založená na práci s daty a tvoří kompatibilní doplněk ke klasickému vzdělávání v oboru imunologie, které je založené na hypotézách (v zimním semestru - MB150P14E Immunology). Pro české studenty doporučuji paralelní kurz Genomické metody (MB151P102) nebo v angličtině Methods of functional genomics (MB140P86) - oba v letním semestru.

Pro tento předmět není žádná prerekvizita, ale všem doporučuji absolvovat základní Imunologii v zimním semestru - MB150P14E Immunology. V každé hodině si nejprve zopakujeme související informace z imunologie i -omics technologií a následně uvedeme 1-2 články k tématu systémové imunologie. Každá teoretická lekce je následovaná praktickou hodinou nad analýzou dat z uvedených článků.

Předmět je vhodný pro studenty biologie, medicíny, chemie - od 3. ročníku (Bc.) a 4. ročníku (1. Mgr.) včetně Erasmus+ a PhD studentů v biomedicíně. Studentům, kteří chtějí pokračovat v magisterském studiu v imunologii, doporučuji absolvovat oba kurzy: Immunology (MB150P14E) a Immunology - a systems biology view (MB151P103E).
Literatura -
Poslední úprava: RNDr. Karel Drbal, Ph.D. (16.03.2019)

Povinná četba:

  • Přednášky na Moodlu, včetně:
    • videí,
    • primárních publikacích,
    • dat
    • doporučeného SW
  • Účast na přednáškách je zásadní - budeme se soustředit na interaktivní metody práce s reálnými daty a diskutovat výsledky

Doporučná četba:

Základní znalost imunologie je nutností, doporučuji:

  • L. Sompayrac: How the Immune System Works, 4th Edition, John Wiley & Sons, 2012, 152 pages, ISBN-13 978-0470657294

Expertní úroveň znalosti imunologie je výhodou:

  • K. Murphy: Janeway's Immunobiology (Immunobiology: The Immune System (Janeway)), 8th Edition, Garland Science Publishing 2011, 888 pages, ISBN-13: 978-0815342434
  • pro Systémovou imunologie neexistuje žádná učebnice
Požadavky ke zkoušce -
Poslední úprava: RNDr. Karel Drbal, Ph.D. (16.03.2019)

Hodnocení probíhá po výběru jedné ze dvou možností:

1/ projekt na vybrané téma (report o nemoci, experimentálním modelu) - vypsané na Moodlu. Tento musí obsahovat: rešerši primárních článků, prohledávání databází a analýza dat s jejich vhodnou vizualizací.

2/ multiple-choice test s prohledáním databází jako jako nedílnou součástí zkoušky: test na počítači s 10 otázkami (každá má 5 odpovědí) s 3 hodinovým limitem.

Hodnocení:
- každá správně zodpovězená otázka je hodnocená +5 body 
- vždy jsou možné 1 až 5 správných odpovědí na každou otázku 
- každá z 5 odpovědí je hodnocená od -2 (nesprávně) až +5 body (jediná správná odpověď)

Klasifikace:

  • 100-94 bodů = A (excelentní - summa cum laude); v UK systému = 1
  • 93-80 = B (výborně - insigni cum laude); v UK systému = 1
  • 79-60 points = C (velmi dobře - magna cum laude); v UK systému = 2
  • 59-47 points = D (dobře - cum laude); v UK systému = 3
  • 46-40 = E (prospěl/a - rite); v UK systému = 3
  • ≤ 39 = FX, F (neprospěl/a); v UK systému = 4

Hraniční výsledky (- 2 body) budou dotestované ústně ihned po testu.

Sylabus -
Poslední úprava: RNDr. Karel Drbal, Ph.D. (16.03.2019)

Sylabus:
V letním semestru (Immunology - a systems biology view) začíná každá lekce krátkým souhrnem a opakováním základních stavebních bloků imunologie k tématu (30 min) a pokračuje představením zdrojů pro následnou analýzu dat. S použitím 1-2 příkladů současných článků si ukážeme jak imunitní systém kooperuje uvnitř i s jinými systémy (neuro, endokrinní, metabolismus) - při využití postupů systémové biologie. Poslední lekce ukazují propojení na úrovni buněk (signalizace, epigenetické, transkripční a posttranskripčních úrovních) a tkáních (vývoj, regulace, dynamika and integrace s dalšími homeostatickými systémy).

Lekce:
- Úvod do základů imunity (orgány, buňky, molekuly) 
- Evoluce imunitního systému (přirozený a adaptivní) - komparativní genomika 
- Vytvoření diverzity receptorů - databáze immunoreceptorů a identifikace cílů
- Signalizační dráhy a imunosuprese - modelování drah
- Transkripční programy a polarizace imunitních buněk - mikročipy, transkriptomika
- Metabolické otisky imunitních buněk - metabolomika
- Heterogenita imunitních buněk a/nebo cílových tkání/patogenů - cytomika
- Třídy imunitní odpovědi (cytokiny, chemokiny) - modelování dynamiky
- Patologie a terapie související s imunitním systémem - klinické databáze
- Organizační principy imunitního systému & integrace s nervovým & endokrinním systémem - celotělové zobrazování
- Rekapitulace & dotazy

Vstupní požadavky -
Poslední úprava: RNDr. Karel Drbal, Ph.D. (16.03.2019)

Pro tento předmět není žádná prerekvizita, ale všem doporučuji absolvovat základní Imunologii v zimním semestru - (MB150P14E) Immunology. Pro české studenty doporučuji paralelní kurz Genomické metody  (MB151P102) nebo v angličtině Methods of functional genomics (MB140P86) - oba v letním semestru. 

 
Univerzita Karlova | Informační systém UK