|
|
|
||
Poslední úprava: doc. RNDr. Radovan Fišer, Ph.D. (08.10.2020)
Praktikum fluorescenční spektroskopie s biologickými a biochemickými aplikacemi. Zahrnuje úvod do fluorescenčních metod, úvody k jednotlivým úlohám a jejich praktické provedení v oblastech: měření spekter, zhášení fluorescence, polarizovaná fluorescence, FRET, fluorescence proteinů, dynamika biologických membrán, měření fyziologických charakteristik živých buněk. Časově rozlišená fluorescence. Analýza mikroskopického obrazu. |
|
||
Poslední úprava: doc. RNDr. Radovan Fišer, Ph.D. (24.10.2019)
Součástí kurzu je úvodní přednáška, prezentace je dostupná pro účastníky kurzu prostřednictvím "moodlu". Joseph R. Lakowicz (2006): Principles of Fluorescence Spectroscopy , 3rd edition, Springer |
|
||
Poslední úprava: doc. RNDr. Radovan Fišer, Ph.D. (24.10.2019)
K zápočtu je nutná přítomnost na úvodní přednášce, absolvování vstupního testu na e-learningové platformě Moodle http://dl2.cuni.cz/course/view.php?id=242 s minimálně 60% úspěšností. Dále je nutné odevzdat kompletní protokoly v excelovském souboru. Excelovský soubor musí být uploadován jako úkol v Moodle k datu, které je určeno vždy na konci cvičení. |
|
||
Poslední úprava: RNDr. Petra Lišková, Ph.D. (20.08.2021)
Praktická část - úlohy: a) Kalibrace fluorometru, excitační a emisní spektra používaných sond, intenzita, spektra a polarita prostředí, vliv pH na spektra. Artefakty (vnitřní filtr, pozadí, korekce spekter, Ramanův rozptyl). Navržení optimálních podmínek pro pokus "v kyvetě" a pro pokus s konfokálním mikroskopu. b) Trp a Tyr jako přirozené fluorofory. Spektra Trp v proteinech, jejich změny při oligomerizaci a při zabudování do biologické membrány. c) Polarizovaná fluorescence. Anizotropie fluorescence, membránová fluidita, teplota a fázové přechody v syntetických lipidech a biologických membránách, fluidizace biologických membrán (artefakty: rozptyl a polarizace, korekce dat u složitějších biologických vzorků). d) Měření časově rozlišené fluorescence: stanovení koncentrace iontů Cl- (zhášení). e) Vyhodnocení dat z konfokálního mikroskopu: výpočet GP Laurdanu (fluidita buněčných mebrán); poměrové měření fluorescence a změny koncentrace vápníku v buňkách.
Používaný software: tabulkový procesor MS Excel nebo Gnumeric (GNU), Fityk (analýza spekter, histogramů, kinetik, nelineární regrese; http://fityk.nieto.pl/), WCIF ImageJ (analýza mikroskopického obrazu; http://fiji.sc/Fiji, http://imagej.net/Welcome). |
|
||
Poslední úprava: RNDr. Petra Lišková, Ph.D. (20.08.2021)
Kurzu předchází vstupní test. Vhodné je absolutorium kurzu biochemie. Nezbytná je dobrá znalost práce s programem MS Excel, Gnumeric nebo OpenOffice Calc. Pro zpracování výsledků během kurzu je nezbytný vlastní notebook (Wi-Fi)! |