PředmětyPředměty(verze: 861)
Předmět, akademický rok 2019/2020
  
Základy cytometrických metod - MB130P75
Anglický název: Introduction to cytometric methods
Český název: Základy cytometrických metod
Zajišťuje: Katedra experimentální biologie rostlin (31-130)
Fakulta: Přírodovědecká fakulta
Platnost: od 2019 do 2019
Semestr: letní
E-Kredity: 2
Způsob provedení zkoušky: letní s.:
Rozsah, examinace: letní s.:1/0 Zk [hodiny/týden]
Počet míst: neomezen
Minimální obsazenost: 5
Stav předmětu: nevyučován
Jazyk výuky: čeština
Vysvětlení: Čas a místo konání přednášky bude upřesněno na semináři 2.10. 15 :00, V5 II.p
Poznámka: předmět má cyklickou výuku
Garant: prof. Ing. Jaroslav Doležel, DrSc.
Anotace -
Poslední úprava: RNDr. Hana Konrádová, Ph.D. (15.03.2019)
Přednáška začíná klasifikací cytometrických metod. Dále bude uvedena průtoková cytometrie včetně historie a měřitelných parametrů. Bude vysvětlena konstrukce přístrojů a aplikační možnosti. Přednáška zahrnuje příklady aplikací průtokové cytometrie při analýze chromozomů, analýze protoplastů chloroplastů, genové expresi, studiu fytoplanktonu a aplikaci při fytopatologii. Využití při odhadu DNA obsahu jader, určení ploidie, odhadu velikosti genomu, identifikaci mezidruhových hybridů, detekce aneuploidů, určení způsobu reprodukce a urovně endoreduplikace. Závěrem bude pojednáno využití cytometrie v biomedicínském výzkumu, včetně kinetiky buněčného cyklu, detekce apoptózy, potenciálu mitochondriálních membrán a fluorescenčního rezonančního přenosu energie.
Student po skončení kurzu by měl :
- rozumět principům průtokové cytometrie
- mít základní znalosti o funkci přístrojů
- být obeznámen s aplikací průtokové cytometrie ve vědě o rostlinách
- rozumět použití průtokové cytometrie v biomedicínském výzkumu a klinické praxi
- být schopen posoudit užitečnost metody při řešení určitého problému
- být schopen interpretovat výsledky získané průtokovou cytometrií
- být schopen kriticky hodnotit vědecké publikace
Literatura -
Poslední úprava: RNDr. Hana Konrádová, Ph.D. (15.03.2019)

Doporučená literatura:
• DARZYNKIEWICZ, Z., CRISSMAN, H.A. Methods in Cell Biology: Flow Cytometry, Academic Press, San Diego, 1990.
• DARZYNKIEWICZ, Z., CRISSMAN, H.A., ROBINSON, J.P Methods in Cell Biology: Cytometry, 3rd Edition, Academic Press, San Diego, 2000.
• DARZYNKIEWICZ, Z., HOLDEN, E., ORFAO, A., TELFORD, W.G., WLODKOWIC, D. Methods in Cell Biology: Recent Advances in flow Cytometry, 5th Edition, Academic Press, San Diego, 2011.
• DOLEŽEL, J., GREILHUBER, J., SUDA, J. Flow Cytometry with Plant Cells. Wiley-VCH Verlag GmbH & Co. KGaA, Weinheim, 2007.
• ECKSCHLAGER, T. A KOLEKTIV Průtoková cytometrie v klinické praxi. Grada Publishing, Praha, 1999.
• GIVAN, A.L. Flow Cytometry: First Principles, Wiley-Liss, New York, 1992.
• ROBINSON, J.P., DARZYNKIEWICZ, Z Current Protocols in Cytometry, John Wiley & Sons, New York, 1997.
• SHAPIRO, H.M. Practical Flow Cytometry, 4th Edition. John Wiley and Sons, Inc., New York, 2003.

Požadavky ke zkoušce
Poslední úprava: RNDr. Hana Konrádová, Ph.D. (15.03.2019)

ústní zkouška

Sylabus
Poslední úprava: RNDr. Hana Konrádová, Ph.D. (15.03.2019)

Sylabus

Klasifikace cytometrických technik, cytomika. Průtoková cytometrie, historie, parametry měřitelné pomocí průtokové cytometrie, základní části průtokového cytometru. Fluidika, laminární proudění, průtoková komůrka, hydrodynamická fokusace. Třídění pomocí cytometru a používaná konstrukční řešení, aplikace třídění pomocí cytometrie. Zdroje světla, rtuťové výbojky a lasery, optické filtry. Detekce světelných pulzů, fotodiody a fotonásobiče, parametry světelného pulzu. Zesilovače signálu, digitální zpracování signálů, kompenzace fluorescence, typy zobrazení výsledků analýzy. Aplikace průtokové cytometrie u rostlin, analýza a třídění mitotických chromozómů, analýza protoplastů, analýza chloroplastů, analýza genové exprese, studium fytoplanktonu, fytopatologie, technologie Luminex. Analýza obsahu jaderné DNA, stanovení ploidie, určení velikost jaderného genomu, identifikace mezidruhových hybridů, detekce aneuploidie, určení způsobu reprodukce, analýza kinetiky buněčného cyklu, apoptóza, endoreduplikace, třídění buněčných jader. Využití cytometrie biomedicínském výzkumu, imunofenotypizace, CD nomenklatura, mitochondrie a apoptóza, membránový potenciál mitochondrií, fluorescenční přenos energie (FRET).

 
Univerzita Karlova | Informační systém UK