Buňka z pohledu strukturní biologie - MB130P37

• Anglický název: Cell seen through lenses of structural biology
• Český název: Buňka z pohledu strukturní biologie
• Zajišťuje: Katedra experimentální biologie rostlin (31-130)
• Fakulta: Přírodovědecká fakulta
• Platnost: od 2024
• Semestr: zimní
• E-Kredity: 4
• Způsob provedení zkoušky: zimní s.:ústní
• Rozsah, examinace: zimní s.:2/0, Zk [HT]
• Rozsah za akademický rok: 2 [dny]
• Počet míst: neomezen
• Minimální obsazenost: 5
• 4EU+: ne
• Virtuální mobilita / počet míst pro virtuální mobilitu: ne
• Stav předmětu: vyučován
• Jazyk výuky: čeština
• Poznámka: povolen pro zápis po webu
• Garant: Ing. Roman Pleskot, Ph.D.
• Vyučující: Ing. Roman Pleskot, Ph.D.

Anotace

čeština

Přednáška se zaměří na strukturními aspekty biomolekul a to proteinů, lipidů, sacharidů a nukleových kyselin.
Kurz podá základy metod experimentální a výpočetní strukturní biologie. Posluchači se seznámí s metodami
rentgenové krystalografie, nukleární magnetické rezonance, elektronové mikroskopie a hmotnostní spektrometrie.
Výpočetní metody budou zahrnovat predikci struktur proteinů (homologní modelování, AlphaFold), simulace
molekulové dynamiky a studium interakce malých molekul s proteiny metodami dockingu. Posluchači se také
seznámí s metodami integrační strukturní biologie. Aplikace probíraných metod budou demonstrovány na
vybraných kapitolách buněčné biologie.

Poslední úprava: Konrádová Hana, RNDr., Ph.D. (25.04.2022)

angličtina

The lecture will focus on the structural aspects of biomolecules, namely proteins, lipids, saccharides and nucleic
acids. The course will provide the basics of experimental and computational structural biology methods. Students
will get acquainted with the methods of X-ray crystallography, nuclear magnetic resonance, electron microscopy
and mass spectrometry. Computational methods will include predicting protein structures (homology modelling,
AlphaFold), molecular dynamics simulation, and studying the interaction of small molecules with proteins by
docking methods. Students will also get familiarised with the methods of integrative structural biology. The
applications of the discussed methods will be demonstrated by case studies in selected chapters of cell biology.

Poslední úprava: Konrádová Hana, RNDr., Ph.D. (25.04.2022)

Literatura

čeština

Doporučená recentní literatura bude k dispozici v průběhu kurzu

Poslední úprava: Konrádová Hana, RNDr., Ph.D. (27.04.2022)

angličtina

Links to current literature will be provided

Poslední úprava: Konrádová Hana, RNDr., Ph.D. (27.04.2022)

Sylabus

čeština

Pokud bude alespoň jeden nečesky mluvící posluchač, kurz bude přednášen anglicky/Taught in English, if non-Czech speaking students enrol.
1. Struktura biomolekul, strukturní databáze, vizualizace struktury, porovnání struktur, elektrostatika biomolekul / Structure of biomolecules, structural databases, structure visualization, structure comparison, electrostatics
2. Experimentální metody I - rentgenová krystalografie, nukleární magnetická rezonance / Experimental methods I - X-ray crystallography, nuclear magnetic resonance
3. Experimentální metody II - elektronová mikroskopie (negativní barvení, cryo-EM), hmotnostní spektrometrie / Experimental methods II - electron microscopy (negative-stain, cryo-EM), mass spectrometry
4. Výpočetní metody I - predikce struktury proteinů, ligand-protein docking / Computational methods I - protein structure prediction, ligand-protein docking
5. Výpočetní metody II - simulace molekulové dynamiky / Computational methods II - molecular dynamics simulations
6. Studium proteinových komplexů, integrační strukturní biologie - Protein complexes, integrative structural biology

Poslední úprava: Pleskot Roman, Ing., Ph.D. (29.08.2023)

angličtina

Taught in English, if non-Czech speaking students enrol.
1. Structure of biomolecules, structural databases, structure visualization, structure comparison, electrostatics
2. Experimental methods I - X-ray crystallography, nuclear magnetic resonance
3. Experimental methods II - electron microscopy (negative-stain, cryo-EM), mass spectrometry
4. Computational methods I - protein structure prediction, ligand-protein docking
5. Computational methods II - molecular dynamics simulations
Protein complexes, integrative structural biology

Poslední úprava: Pleskot Roman, Ing., Ph.D. (29.08.2023)