PředmětyPředměty(verze: 855)
Předmět, akademický rok 2019/2020
  
Seminář k diplomové práci (geobotanika) I - MB120S96A
Anglický název: Diploma thesis seminar (geobotany) I
Český název: Seminář k diplomové práci (geobotanika) I
Zajišťuje: Katedra botaniky (31-120)
Fakulta: Přírodovědecká fakulta
Platnost: od 2015
Semestr: zimní
E-Kredity: 1
Způsob provedení zkoušky: zimní s.:
Rozsah, examinace: zimní s.:0/2 Z [hodiny/týden]
Počet míst: neomezen
Minimální obsazenost: neomezen
Stav předmětu: vyučován
Jazyk výuky: čeština
Garant: prof. RNDr. Tomáš Herben, CSc.
Vyučující: prof. RNDr. Tomáš Herben, CSc.
Anotace -
Poslední úprava: prof. RNDr. Tomáš Herben, CSc. (09.10.2019)
Tento seminář má za cíl
(i) naučit zásadám práce s literaturou, jejímu vyhledávání, kritickému čtení, rozboru a zpracování,
a (ii) naučit zpracování a presentaci vlastních dat a poznatků včetně psaní grantových návrhů.

Seminář je věnován pracem již napsaným, jejich kritice a návodu, jak psát. Většina témat se probírá formou praktika, čili hands on. V rámci semináře si člověk zkusí něco sám napsat a zkritizovat to ostatním (a být zkritizován), čímž - lze doufat - se naučí víc než posloucháním sáhodlouhých litanií a návodů. Témata: badatelské psaní (článek, diplomová práce, grantový návrh), recensování, presentace výsledků, tok informací ve vědě, praktické vyhledávání literatury, jak pracovat s literaturou, jaké jsou použitelné zdroje informací pro geobotanickou práci aj.

Letos se koná ve středu v 9,00 u mě v místnosti nebo v posluchárně B12.

Požadavky ke zkoušce
Poslední úprava: prof. RNDr. Tomáš Herben, CSc. (30.10.2019)

Pravidelná účast na jednotlivých lekcích, pravidelné dodávání domácích úkolů a další práce s nimi (oponování).

Sylabus
Poslední úprava: prof. RNDr. Tomáš Herben, CSc. (11.12.2019)


9.10. Úvod práce. 

Přečtěte úvod práce Qian et al. 2007, a (teda přečtěte článek celý, abyste věděli o čem je řeč, ale diskutovat budeme jen úvod), a zkoumejte u něj (a) proč chtěl příslušnou práci autor dělat a co tím chtěl zjistit, (b) z jakých výchozích úvah vychází, a (c) jaké znalosti u čtenáře předpokládá/nepředpokládá.

Qian H., Fridley JD, Palmer MW 2007. The Latitudinal Gradient of Species-Area Relationships for Vascular Plants of North America. Am. Nat. 170, pp. 690–701

Současně přečtěte úvod práce Tomáše Vlasty a zkoumejte u něj totéž. Práce jsou ke stažení na této stránce; jsou poskytovány pouze za účelem diskuse v tomto semináři a všechna ostatní užití podléhají souhlasu jejich autorů.

Jak jsme se posledně dohodli, napište rámcový popis otázek (včetně toho, proč jsou zajímavé, a co člověk k jejich zodpovězení rámcově udělá) své diplomové práce (na 500 slov).

 

16.10. Úvod práce.

(1) Napsat stručný úvod ke své budoucí DP v délce do 1-2 stránek (do dejme tomu 1000 slov max). K tomu nakreslete (není třeba nějak graficky sofistikovaně) myšlenkovou mapu úvodu. Prosím pošlete je na maillist nejpozději do pondělí večer  (24,00 hodin nejpozději). 


(2) Přečíst úvody dvou lidí a zkoumat (a) výchozí body práce, (b) zda položené otázky vyplývají z předložené argumentace a jak. Prokouzmejte, do jaké míry jednotlivé odstavce textu tvoři myšlenkově ucelené jednotky a jak na sebe navazují. Prozkoumejte, do jaké míry úvod reprodukuje myšlenkovou mapu, a kolik prostoru (vět, odstavců) věnuje jednotlivým částem.

Každý důkladně prozkoumá dva úvody bezprostředně předcházející sobě v nasledujicim seznamu:  Požárová, Hrušková, Nekola, Veljačiková, Mrkvičková, Krchová (A pak znovu od zacatku). Bude praktické, když na ty zbývající úvody aspoň trochu hodíte oko.

 

 

23.10.

Budeme diskutovat úvody, jež jsme zatím nediskutovali. Přečtěte si podle možnosti všichni všechno, ale oponenti budou fungovat podle stejného schématu jako minule.

 

30.10.

(1) Přečtete úvod práce Qian et al. a zkoumejte, jaká tvrzení jsou doložena citacemi, a jaké citace to jsou - doklad obecných tvrzení, doklad dílčích faktů, doklad toho, že problém je málo studován nebo nejasný, metodologické citace a podobně (je třeba se kouknout na povahu práce do seznamu literatury).

(2) Totéž udělejte pro úvod diplomové práce Tomáše Vlasty.

(3) Přečtěte znovu úvody k diplomovým pracem (které jsme psali a posílali si je) a rozmyslete, která tvrzení v nich by bylo třeba doplnit citacemi a jakými (cy by ideálně měly dokládat). Pokud v úvodech už nějaké citace jsou, zhodnoťe, zda jsou na správných místech a dokládají to, co mají dokládat. Oponenti podle dosavadního schématu (ale mluvit samozřejmě můžou všichni).

 

 

6.11.

 

(1) Prohlídněte všechny citace v pracech Harrison et al. (2006) a Svenning & Skov (2007), a zkuste je rozdělit do několika základních skupin (podle obsahu, na který hádám budete usuzovat jen podle názvu, ale to docela může stačit) a spočítejte počty citovaných prací v těchto jednotlivých skupinách. Harrison ctou ti, jejichz pocatecni pismena prijmeni jsou A-M, Svenninga ti ostatni. (Prosim pracujte samostatne - pak zkusime vysledky srovnat.)

   pro Harrison:

    (*) ekologie a geologie hadců, vegetační ekologie Kalifornie
    (*) teoretické práce o diversitě (včetně beta diversity)
    (*) práce o vztahu diversity a produktivity
    (*) ucebnice, široce koncipované monografie, obecné práce
    (*) ostatni
   

pro Svenning:

    (*) prace o migracich
    (*) paleoekologicke prace
    (*) práce o determinantech rozsireni, zejmena o klimatu a klimatickych obalkach
    (*) ucebnice, široce koncipované monografie, obecné práce
    (*) metodologické práce

    Zkuste se zamyslet, co lze z těchto zjištění vyvodit o povaze sledovaných prací. Rovněž spočítejte podíl autocitací (prací, kde alespoň jeden autor z autorského týmu zkoumané práce a citované práce je shodný).

 

    Svenning JC and Skov (2007) Could the tree diversity pattern in Europe be generated by postglacial dispersal limitation? Ecology Letters, (2007) 10: 453–460

    SUSAN HARRISON, KENDI F. DAVIES, HUGH D. SAFFORD and JOSHUA H. VIERS 2006 Beta diversity and the scale-dependence of the productivity-diversity relationship: a test in the Californian serpentine flora. Journal of Ecology 94, 110–117.



(2) Pro následující téma: (i) shrňte nejdůležitější současné poznatky ve věci, (ii) najděte dva až tři nejdůležitější články, které se tím zabývají a řekněte, co ukazuje na to, že jsou nejdůležitější, a (iii) stručně nás informujte o postupu, který jste použili. Pracujte především s Web of Science, kvůli reprodukovatelnosti výsledků. (Každý pracuje samostatně - ať se ukáže, zda se najdou podobné práce.)

Témata:

    (i) Jak souvisí preformace květů v pupenech s fenologií a růstovou rychlostí bylin? (ti, jejichz pocatecni pismena prijmeni jsou A-M)
    (ii) Jak souvisí velikost genomu (obsah DNA v jádře) s růstovou rychlostí jedinců, a případně populační růstovou rychlostí? (ti, jejichz pocatecni pismena prijmeni jsou N-Z)

 

 

13.11.

 

(1) Přečíst diskusi článku Qian et al a zkoumat: (a) jaké části diskuse se vztahují k položeným otázkám a jak na ně odpovídají, včetně úvahy o tom, jak jsou odpovědi spolehlivé, (b) s jakými jinými pracemi zabývajícími se podobným problémem to srovnávají, (c) výhled (co dál). K tomu je třeba přečíst znovu úvod (diskuse vždycky navazuje na úvod) a výsledky (protože diskuse je diskuse výsledků).

(2) Přečíst diskusi DP Tomáše Vlasty a zkoumat: (a) jaké části diskuse se vztahují k položeným otázkám a jak na ně odpovídají, včetně úvahy o tom, jak jsou odpovědi spolehlivé, (b) s jakými jinými pracemi zabývajícími se podobným problémem to srovnávají, (c) výhled (co dál). K tomu je třeba přečíst znovu úvod (diskuse vždycky navazuje na úvod) a výsledky (protože diskuse je diskuse výsledků)

(3) Přečíst metodiku článku Qian et al a zkoumat, zda podle popisu metod by se dala práce přesně zopakovat. Pokud se Vám zdá, že nějaká potřebná informace schází, zkuste zhodnotit, zda je důležitá nebo ne. Totéž udělejte s článkem Harrison et al. 2006

(4) Totéž udělejte s DP Tomáše Vlasty

 

 

20.11.

 

(1) Přečíst metodiku článku Qian et al a zkoumat, zda podle popisu metod by se dala práce přesně zopakovat. Pokud se Vám zdá, že nějaká potřebná informace schází, zkuste zhodnotit, zda je důležitá nebo ne. Totéž udělejte s článkem Harrison et al. 2006

(2) Totéž udělejte s DP Tomáše Vlasty

(3) Napsat metodiku (části) své budoucí DP; pošlete mi je do pondělí podvečer  (19,00 hodin nejpozději) - zatím jen Kája a Emma (ostatní až na příště). Současně s metodikou napište také poslední odstavec úvodu (aby bylo zřejmé, jak výběr metod vychází z otázek práce).

Každý prozkoumá dvě metodiky podle známého schématu oponentů.

 

 

 

27.11.

(1) Napsat metodiku (části) své budoucí DP; pošlete mi je do pondělí podvečer  (19,00 hodin nejpozději) - všichni zbývající. Současně s metodikou napište také poslední odstavec úvodu (aby bylo zřejmé, jak výběr metod vychází z otázek práce).

Každý prozkoumá dvě metodiky podle známého schématu oponentů.

(2) Přečíst metodiku článku Fort et al a zkoumat, zda podle popisu metod by se dala práce přesně zopakovat. Pokud se Vám zdá, že nějaká potřebná informace schází, zkuste zhodnotit, zda je důležitá nebo ne.

 

Fort F., Cruz P. and Jouany C. (2014). Hierarchy of root functional trait values and plasticity drive early-stage competition for water and phosphorus among grasses. Functional Ecology 2014, 28, 1030–1040

 

4.12.

 

 Obrázky

(1) Obrázky z literatury. Prohlédněte si dva články, co jsme četli na geobotanice (Pakeman et al a Qian et al.) a prozkoumejte, jaké tam jsou obrázky, proč tam jsou, jak jsou strukturovány a popsány. Přidejte k tomu ještě Fig. 1 článku Fort et al.

Qian H., Fridley JD, Palmer MW 2007. The Latitudinal Gradient of Species-Area Relationships for Vascular Plants of North America. Am. Nat. 170, pp. 690-701

Pakeman, R.J.; Reid, C.L.; Lennon, J.J. & Kent, M. 2007. Possible interactions between environmental factors in determining species optima. Journal of Vegetation Science 19: 201-208, 2008

(2) Shrňte podstatnou informaci ze své budoucí DP (lze z vymyšlených dat - tak jak si je představujete) jedním obrázkem. Příp. udělejte dvě varianty. Napište k nim legendu (pořádně!). To, o co jde, je zkusit rozmyslet, (i) co bude nejdůležitější sdělení, a (ii) jaký nejlepší způsob vizualizace toho vymyslet. U obrázků rovněž dobře popište osy. Rovněž ukažte, jak bude vypadat klíčová tabulka vaší DP (ukazující jinou věc než ten obrázek!).

 

Úkoly přineste s sebou v papírové i v elektronické podobě, ať si je můžeme promítnout a diskutovat, recensenty přidělíme až na místě.

 

 

11.12.

 

Pokračování obrázků.

 

 

18. 12.

 

Praktikum se nekoná.

 

8.1.

 

Připravte si prezentace (nejlépe na téma DP, ale není podmínkou) v délce přesně 10 min. Dbejte na logičnost a organizovanost celého sdělení (ať to má hlavu a patu).Dbejte na strukturu celé prezentace (motivace, otázky, metodika, hlavní sdělení, interpretace)

Každou prezentaci budeme procházet dvakrát: napřed budeme poslouchat vystoupení (a psát si poznámky a měřit čas), a poté ji projdeme podruhé, kdy budeme komentovat jak grafickou tak mluvenou stránku. 

 

 

14.1. (úterý!) od 10,45

 

Abstrakty

(1) Prohlédněte si abstrakty u Qian a Pakeman. Zkoumejte, z jakých části jsou složeny (i u graficky nestrukturovaných abstraktů) a jak velké podíly celku tyto části tvoří.

(2) Napište abstrakt své budoucí práce v délce 200 slov (podle formátu Annals of Botany). Alternativně napište abstrakt (stejným způsobem) jedné z diskutovaných diplomových prací.

(3) Domluvte se po dvojicích, a každá dvojice nechť se zmocní nějakého posteru (např. z chodby) a přinese jej s sebou (máte-li poster vlastní, je velmi vítáno přinesete-li tento). prospěje věci, přinesete-li postery různých typů (graficky, obsahově).  Připravte si prosím kritiku - co je dobře a proč, co je špatně a proč. Je třeba přemýšlet (i) o logické struktuře posteru, (ii) o tom, co říká poster člověku, který se o věc hlouběji zajímá, a (iii) o tom, jak poster osloví náhodného kolemjdoucího. 

 

 
Univerzita Karlova | Informační systém UK