PředmětyPředměty(verze: 953)
Předmět, akademický rok 2023/2024
   Přihlásit přes CAS
Seminář k diplomové práci (geobotanika) I - MB120S96A
Anglický název: Diploma thesis seminar (geobotany) I
Český název: Seminář k diplomové práci (geobotanika) I
Zajišťuje: Katedra botaniky (31-120)
Fakulta: Přírodovědecká fakulta
Platnost: od 2023
Semestr: zimní
E-Kredity: 1
Způsob provedení zkoušky: zimní s.:
Rozsah, examinace: zimní s.:0/2, Z [HT]
Počet míst: neomezen
Minimální obsazenost: neomezen
4EU+: ne
Virtuální mobilita / počet míst pro virtuální mobilitu: ne
Stav předmětu: vyučován
Jazyk výuky: čeština
Další informace: https://dl2.cuni.cz/course/view.php?id=5306
Poznámka: povolen pro zápis po webu
Garant: prof. RNDr. Tomáš Herben, CSc.
Vyučující: prof. RNDr. Tomáš Herben, CSc.
Mgr. Tomáš Koubek, Ph.D.
Anotace -
Tento seminář má za cíl
(i) naučit zásadám práce s literaturou, jejímu vyhledávání, kritickému čtení, rozboru a zpracování,
a (ii) naučit zpracování a presentaci vlastních dat a poznatků.

Seminář je věnován pracem již napsaným, jejich kritice a návodu, jak psát. Většina témat se probírá formou praktika, čili hands on. V rámci semináře si člověk zkusí něco sám napsat a zkritizovat to ostatním (a být zkritizován), čímž - lze doufat - se naučí víc než posloucháním sáhodlouhých litanií a návodů. Témata: badatelské psaní (článek, diplomová práce), recensování prací jiných, presentace výsledků, tok informací ve vědě, praktické vyhledávání literatury, jak pracovat s literaturou, jaké jsou použitelné zdroje informací pro geobotanickou práci aj.

Po dohodě ve školním roce 23/24 probíhá ve čtvrtek od 9:50 u nás v místnosti - 2. patro proti schodům, Benátská 2. První seminář hned první týden semestru (5.10.).

Poslední úprava: Koubek Tomáš, Mgr., Ph.D. (03.10.2023)
Požadavky ke zkoušce

Pravidelná účast na jednotlivých lekcích, pravidelné dodávání domácích úkolů a další práce s nimi (oponování).

Poslední úprava: Herben Tomáš, prof. RNDr., CSc. (30.10.2019)
Sylabus

Syllabus budu aktualizovat podstupně, podle toho jak budeme rychle postupovat. Koukejte se proto prosím na něj pravidelně.

 


5.10  Úvod práce. 

Přečtěte úvod práce Qian et al. 2007 (teda přečtěte článek celý, abyste věděli o čem je řeč, ale diskutovat budeme jen úvod), a zkoumejte u něj (a) proč chtěl příslušnou práci autor dělat a co tím chtěl zjistit, (b) z jakých výchozích úvah vychází, a (c) jaké znalosti u čtenáře předpokládá/nepředpokládá.

Qian H., Fridley JD, Palmer MW 2007. The Latitudinal Gradient of Species-Area Relationships for Vascular Plants of North America. Am. Nat. 170, pp. 690–701

Současně přečtěte úvod diplomové práce Tomáše Vlasty a zkoumejte u něj totéž.

Pro oba texty zkuste nakreslit (přehledně; o grafickou krásu nejde) myšlenkovou mapu. 

 

Práce jsou ke stažení na této stránce; jsou poskytovány pouze za účelem diskuse v tomto semináři a všechna ostatní užití podléhají souhlasu jejich autorů.

 

19.10. Úvod práce.

(1) Napsat stručný úvod ke své budoucí DP (případně i bývalé DP) v délce do 1-2 stránek (do dejme tomu 1000 slov max). K tomu nakreslete (není třeba nějak graficky sofistikovaně) myšlenkovou mapu úvodu. K jednotlivým prvkům myšlenkové mapy vyznačte, které odstavce je pojednávají. Prosím umístěte je na Moodle nejpozději do úterý večer (23:59). 

(2) Přečíst úvody dvou dalších účastníků a zkoumat (a) výchozí body práce, (b) zda položené otázky vyplývají z předložené argumentace a jak. Prozkoumejte, do jaké míry jednotlivé odstavce textu tvoři myšlenkově ucelené jednotky a jak na sebe navazují. Prozkoumejte, do jaké míry úvod reprodukuje myšlenkovou mapu, a kolik prostoru (vět, odstavců) věnuje jednotlivým částem.

(3) Rámcově přečíst úvody i ostatních účastníků.

pisatel oponent 1 oponent 2
Bortelová Nina Švanda Petr Skácelová Anna
Domin Matyáš Bortelová Nina Švanda Petr
Gloríková Nela Domin Matyáš Bortelová Nina
Holzbachová Lucie Gloríková Nela Domin Matyáš
Horčičková Veronika Holzbachová Lucie Gloríková Nela
Kučera Pavel Horčičková Veronika Holzbachová Lucie
Nováková Tereza Anna Kučera Pavel Horčičková Veronika
Opltová Radka Nováková Tereza Anna Kučera Pavel
Provazníková Šárka Opltová Radka Nováková Tereza Anna
Rataj Jakub Provazníková Šárka Opltová Radka
Roblíková Věra Rataj Jakub Provazníková Šárka
Skácelová Anna Roblíková Věra Rataj Jakub
Švanda Petr Skácelová Anna Roblíková Věra

26.10.

Budeme diskutovat úvody, jež jsme zatím nediskutovali. Přečtěte si podle možnosti všichni všechno, ale oponenti budou fungovat podle stejného schématu jako minule.

 

2.11

(1) Přečtete úvod a metodiku práce Qian et al. a zkoumejte, jaká tvrzení jsou doložena citacemi, a jaké citace to jsou - doklad obecných tvrzení, doklad dílčích faktů, doklad toho, že problém je málo studován nebo nejasný, metodologické citace a podobně (je třeba se kouknout na povahu práce do seznamu literatury).

(2) Totéž udělejte pro úvod diplomové práce Tomáše Vlasty.

(3) Přečtěte znovu úvody k diplomovým pracem (které jsme psali a posílali si je) a rozmyslete, která tvrzení v nich by bylo třeba doplnit citacemi a jakými (co by ideálně měly dokládat). Pokud v úvodech už nějaké citace jsou, zhodnoťe, zda jsou na správných místech a dokládají to, co mají dokládat. Oponenti podle dosavadního schématu (ale mluvit samozřejmě můžou všichni).

 

9.11.

Protože je vás hodně, rozdělili jsem vás do skupinek:

1)      Bortelová Nina, Domin Matyáš, Holzbachová Lucie
2)      Gloríková Nela, Horčičková Veronika, Kučera Pavel
3)      Opltová Radka, Provazníková Šárka, Nováková Tereza Anna, Rataj Jakub
4)      Roblíková Věra, Skácelová Anna, Švanda Petr

První úkol:


Prohlídněte všechny citace v pracech Dvorský et al. (2017) – jen skupinky 1 a 2 a Svenning & Skov (2007) – skupinky 3 a 4. Zkuste rozdělit citace do několika základních skupin (podle obsahu, na který, hádám, budete usuzovat jen podle názvu, ale to docela může stačit) a spočítejte počty citovaných prací v těchto jednotlivých skupinách. Mimochodem oba články budete asi číst na geobotaniku, čili přečtením budete mít náskok na přednášku. Můžete pracovat i samostatně, ale před cvičením dejte výsledky dohromady ve skupině.

pro Dvorský:
    (*) práce o species response curves
    (*) ekologie a ekofyziologie limitů růstu a rozšíření rostlin
    (*) práce o rozšíření rostlin ve fyzickém prostoru, mapy, SDM
    (*) učebnice, široce koncipované monografie, obecné práce
    (*) práce specifické pro studované území (Ladakh)

pro Svenning:
    (*) práce o migracích
    (*) paleoekologické práce
    (*) práce o determinantech rozšíření, zejména o klimatu a klimatických obálkách
    (*) učebnice, široce koncipované monografie, obecné práce
    (*) metodologické práce

Zkuste se zamyslet, co lze z těchto zjištění vyvodit o povaze sledovaných prací. Rovněž spočítejte podíl autocitací (prací, kde alespoň jeden autor z autorského týmu zkoumané práce a citované práce je shodný).

Svenning JC and Skov (2007) Could the tree diversity pattern in Europe be generated by postglacial dispersal limitation? Ecology Letters, (2007) 10: 453–460

Dvorský M. (2017) Niche asymmetry of vascular plants increases with elevation. Journal of  Biogeography 44, 1418–1425

Články přikládám.

Úkol dva:

Pro vaše téma (viz dále): (i) shrňte nejdůležitější současné poznatky ve věci, (ii) najděte dva až tři nejdůležitější články, které se tím zabývají, a řekněte, co ukazuje na to, že jsou nejdůležitější, a (iii) stručně nás informujte o postupu, který jste použili. Pracujte především s Web of Science, kvůli reprodukovatelnosti výsledků.

Témata:

    (i) Jak souvisí mezidruhové rozdíly ve funkčních vlastnostech kořenů (zejména jemných absorpčních kořenů) s vlastnostmi prostředí, kde příslušné druhy rostou? – skupinky 2 a 3
    (ii) Jak souvisí druhové rozdíly ve velikosti genomu (obsah DNA v jádře) s typem stanovišť, kde tyto druhy rostou? Existují stanoviště, která jsou specielně preferována druhy s velkými/malými genomy? – skupinky 1 a 4

 

16.11.

 

(1) Přečíst diskusi článku Qian et al a zkoumat: (a) jaké části diskuse se vztahují k položeným otázkám a jak na ně odpovídají, včetně úvahy o tom, jak jsou odpovědi spolehlivé, (b) s jakými jinými pracemi zabývajícími se podobným problémem to srovnávají, (c) výhled (co dál). K tomu je třeba přečíst znovu úvod (diskuse vždycky navazuje na úvod) a výsledky (protože diskuse je diskuse výsledků). Totéž udělat s článkem Dvorský et al.

(2) Přečíst diskusi DP Tomáše Vlasty a rámcově zkoumat totéž.

(3) Přečíst metodiku článku Qian et al a zkoumat, zda podle popisu metod by se dala práce přesně zopakovat. Pokud se Vám zdá, že nějaká potřebná informace schází, zkuste zhodnotit, zda je důležitá nebo ne. Totéž udělejte s článkem Dvorský et al.

 

 

 #odtud loňský syllabus - letos to bude podobně, ale lze čekat nějaké změny.

**************************************************************

24.11.

 

Napsat metodiku (části) své budoucí DP; dejte je na sdílenou stránku do úterý večer. Současně s metodikou napište také poslední odstavec úvodu (aby bylo zřejmé, jak výběr metod vychází z otázek práce).

Každý prozkoumá podrobně dvě metodiky podle stejného schématu oponentů, jejž jsme použili na úvody (tak aby mohl oponovat) a letmo přečte i ty ostatní.

 

1.12.

 

Čtení zbývajících metodik.

 

Obrázky

(1) Obrázky z literatury. Prohlédněte si tři články, co jsme četli na geobotanice (Díaz et al., Dvorský et al a Qian et al.) a prozkoumejte, jaké tam jsou obrázky, jakou roli v článku hrají, jaký mají vztah k hlavnímu sdělení článku. Současně zkoumejte, jak jsou strukturovány, jaké nástroje používají k vyjádření vztahů mezi proměnnými a jak jsou popsány (v obrázku i legendou). U článku Díaz prosím mrkněte i do příloh.

(2) Podobným způsobem se zamyslete nad tabulkami, co v článcích jsou.

Diaz S. et al. (2016) The global spectrum of plant form and function. Nature 529 Issue: 7585   Pages: 167-U73.

Dvorský M. et al. (2017) Niche asymmetry of vascular plants increases with elevation. Journal of  Biogeography 44, 1418–1425



8.12.

 

 Obrázky - pokračování

 Shrňte podstatnou informaci ze své budoucí DP (klidně z vymyšlených dat - tak jak si je představujete) jedním obrázkem. Příp. udělejte dvě varianty. Napište k nim legendu (pořádně!). To, o co jde, je zkusit rozmyslet, (i) co bude nejdůležitější sdělení, a (ii) jaký nejlepší způsob vizualizace toho vymyslet. U obrázků rovněž dobře popište osy. Rovněž ukažte, jak bude vypadat klíčová tabulka vaší DP (ukazující jinou věc než ten obrázek!).

 

Úkoly mějte prosím v promítnutelné podobě, ať si je můžeme promítnout a diskutovat. (Asi není potřeba je posílat předem.)

 

15.12.

 

Pokračování obrázků a tabulek. Abstrakty.

(*) Prosím přineste obrázky všichni, kdo je zatím neukazovali (Eliška, Petra - nebo ta aspoň substrát pro brainstorming)

(*) Prohlédněte si abstrakty u Qian, Harrison a Dvorský. Zkoumejte, z jakých části jsou složeny (i u graficky nestrukturovaných abstraktů) a jak velké podíly celku tyto části tvoří.

(*) Všichni napište abstrakt své práce (s nějak vymyšlenými výsledky) podle formátu Annals of Botany - abstrakt ve 4 bodech (kontext a otázka, metodika, výsledky, interpretace) na max. 200 slov. Abstrakty je možné nahrát na Google disk, ale rozhodně je budeme promítat, číst a diskutovat na místě, čili asi neni nutné.

 

5.1.

 

Připravte si prezentace (nejlépe na téma DP, ale není podmínkou) v délce přesně 10 min. Dbejte na logičnost a organizovanost celého sdělení (ať to má hlavu a patu). Dbejte na strukturu celé prezentace (motivace, otázky, metodika, hlavní sdělení, interpretace)

Každou prezentaci budeme procházet dvakrát: napřed necháme prezentujícího mluvit bez přerušení a budeme jen poslouchat vystoupení (a psát si poznámky a měřit čas), a poté ji projdeme podruhé, kdy budeme komentovat jak grafickou tak mluvenou stránku. 

 

 

 

Není zatím stanoveno...

 

Dokončení prezentací, postery

Domluvte se po dvojicích, a každá dvojice nechť se zmocní nějakého posteru (např. z chodby) a přinese jej s sebou (máte-li poster vlastní, je velmi vítáno, přinesete-li tento). prospěje věci, přinesete-li postery různých typů (graficky, obsahově).  Připravte si prosím kritiku - co je dobře a proč, co je špatně a proč. Je třeba přemýšlet (i) o logické struktuře posteru, (ii) o tom, co říká poster člověku, který se o věc hlouběji zajímá, a (iii) o tom, jak poster osloví náhodného kolemjdoucího. 

 

Poslední úprava: Koubek Tomáš, Mgr., Ph.D. (13.11.2023)
 
Univerzita Karlova | Informační systém UK