|
|
|
||
Poslední úprava: prof. RNDr. Karol Marhold, DrSc. (10.09.2009)
|
|
||
Poslední úprava: Mgr. Tomáš Fér, Ph.D. (22.04.2012)
Wiley, E.O., Siegel-Causey, D., Brooks, D.R. & Funk, V.A., 1991: The compleat cladist. A primer of phylogenetic procedures. The University of Kansas Museum of Natural History. Special Publication no. 19. http://www.amnh.org/learn/pd/fish_2/pdf/compleat_cladist.pdf
Forey, P.L., Humphries, C.J., Kitching, I.J., Scotland, R.W., Siebert, D.J. & Williams, D., 1992: Cladistics. A practical course in systematics. Clarendon Press, Oxford.
Kitching, I.J., Forey, P.L., Humphries, C.J. & Williams, D.M., 1998: Cladistics. The theory and practice of parsimony analysis. Ed. 2. Oxford University Press, Oxford
Hall B.G. (2001): Phylogenetic trees made easy.
Felsenstein J. (2004): Inferring phylogenies.
Mount D.W. (2004): Bioinformatics. Sequence and genome analysis.
Salemi M. & Vandamme A.-M. (2003): The phylogenetic handbook. A practical approach to DNA and protein phylogeny. |
|
||
Poslední úprava: prof. RNDr. Karol Marhold, DrSc. (03.11.2011)
písemný test a ústní zkouška |
|
||
Poslední úprava: prof. RNDr. Karol Marhold, DrSc. (10.09.2009)
Kladistika (parsimonická analýza): Monofyletické, parafyletické a polyfyletické skupiny; sesterské skupiny a mimoskupinové porovnanie; polarizácia znakov; optimalizácia znakov; pravidlá kladistiky; kódovanie znakov. Typy parsimónie; Hennigova metóda; Wagnerov algoritmus. Porovnanie stromov; konsistenčný a retenčný index; dĺžka stromu. Metódy tvorby stromov; vyčerpávajúce hľadanie, heuristická analýza a ďalšie metódy; konsenzuálne stromy; bootstrap; konvencie. Techniky parsimonickej analýzy pre veľké dátové súbory.
Alternatívne metódy rekonštrukcie evolučných stromov: Metódy založené na vzdialenostiach, metóda spájania susedných objektov (neighbor-joining method). Metóda najväčšej vieryhodnosti (maximum likelihood method), modely zmeny (evolúcie) sekvencií DNA, substitučné modely. Bayesova analýza. |