PředmětyPředměty(verze: 797)
Předmět, akademický rok 2016/2017
   Přihlásit přes CAS
Geometrická morfometrika - MB120P27
Anglický název: Geometric morphometrics
Zajišťuje: Katedra botaniky (31-120)
Fakulta: Přírodovědecká fakulta
Platnost: od 2015
Semestr: letní
E-Kredity: 2
Způsob provedení zkoušky: letní s.:
Rozsah, examinace: letní s.:1/1 Z [hodiny/týden]
Počet míst: neomezen
Minimální obsazenost: 5
Stav předmětu: vyučován
Jazyk výuky: čeština
Vysvětlení: Zapíše-li si předmět do SISu závazně alespoň pět studentů,poběží v roce 2013/2014 turnusově; od 5. do 7. května na stanici ve Velemíně,Rozvrh a místo konání budou upřesněny před začátkem semestru.
Garant: doc. RNDr. Jiří Neustupa, Ph.D.
Vyučující: doc. RNDr. Jiří Neustupa, Ph.D.
Kde je předmět použit    Výsledky anket   Termíny zkoušek   Rozvrh   
Anotace -
Poslední úprava: doc. RNDr. Jiří Neustupa, Ph.D. (25.01.2016)

Cílem předmětu je naučit se prakticky používat některé nejvýznamnější metody geometrické morfometriky při řešení biologických problémů. Obsahem předmětu bude vždy krátké seznámení s probíranou metodou a posléze práce s konkrétním relevantním software (TPS package, PAST, R, MorphoJ).
Pro smysluplné absolvování předmětu je velmi dobré předtím navštěvovat předmět MB120P126 "Multivariační metody v taxonomii".

V letním semestru 2016 se Geometrická morfometrika koná v úterý od 18:10 v učebně B13 v Benátské 2. Poprvé se sejdeme v úterý 23.2.
Sylabus -
Poslední úprava: doc. RNDr. Jiří Neustupa, Ph.D. (24.11.2013)

1. Úvod (internetové stránky, přehled software). Morfologie a morfometrika; vývoj kvantitativního myšlení v morfologii; biologický strukturalismus.

2. Typy morfometrických metod - lineární vzdálenosti a úhly; obrysové metody, landmarková (geometrická) morfometrika.

3. Obrysové metody (eliptická Fourierova analýza). Digitalizace obrysů, harmonické koeficienty, zpracování a hodnocení výsledků, rekonstrukce obrysů.

3. Landmarkové metody - digitalizace landmarků, Booksteinovy tvarové souřadnice, generalizovaná prokrustovská analýza, thin plate spline.

4. Hlavní a částečné warpy, analýza relativních warpů - vliv parametru "alfa". Mnohorozměrná regrese nezávislých proměnných na tvarové proměnné, metoda parciálních nejmenších čtverců. Rekonstrukce teoretických či průměrných tvarů. CVA tvarových proměnných při analýze skupinových rozdílů.

5. Semilandmarky. Použití landmarkových metod na struktury bez homologních landmarků.

6. Morfologická asymetrie v biologii - evoluční a ekologický význam. Rozklad asymetrie v geometrické morfometrice.

7. Rekonstrukce a modelování obrazu pomocí geometrické morfometriky.

Literatura:

1. Dryden, I.L. & Mardia, K.V. (1998): Statistical shape analysis. - John Wiley & Sons, New York.

2. http://life.bio.sunysb.edu/morph/

3. Zelditch M.L., Swiderski D.L. & Fink W.L. (2004): Geometric Morphometrics for Biologists: A Primer. Elsevier. [E-book na: http://www.sciencedirect.com/science/book/9780127784601]

 
Univerzita Karlova | Informační systém UK