PředmětyPředměty(verze: 861)
Předmět, akademický rok 2019/2020
  
Genomics of adaptation and speciation - MB120P165
Anglický název: Genomics of adaptation and speciation
Zajišťuje: Katedra botaniky (31-120)
Fakulta: Přírodovědecká fakulta
Platnost: od 2018 do 2019
Semestr: letní
E-Kredity: 4
Způsob provedení zkoušky: letní s.:kombinovaná
Rozsah, examinace: letní s.:2/2 Z+Zk [hodiny/týden]
Počet míst: 20
Minimální obsazenost: 5
Stav předmětu: vyučován
Jazyk výuky: angličtina
Garant: Clément Lafon Placette, Dr.
Vyučující: Mgr. Magdalena Bohutínská
RNDr. Filip Kolář, Ph.D.
Mgr. Veronika Konečná
Clément Lafon Placette, Dr.
RNDr. Antonín Macháč, Ph.D.
Ashish Kumar Pathak, Ph.D.
Manon Poignet
RNDr. Radka Reifová, Ph.D.
Roswitha Elisabeth Schmickl, Ph.D.
doc. Ing. Petr Smýkal, Ph.D.
Anotace -
Poslední úprava: Clément Lafon Placette, Dr. (29.10.2019)
Tento kurz se bude konat v angličtině.
Jak vzniká nový druh? S nejnovějšími pokroky v oblasti -omics technologií a schopností sekvencování
úplné genomy, charakterizují úplné transkriptomy nebo metabolomy, nikdy jsme nebyli tak blízko odpovědi
právě teď. Tento technologický rozmach nejen oživil zájem vědecké komunity o speciační výzkum,
ale také obohatily naše znalosti procesů, které jsou základem adaptace a diferenciace populace. Tento
Kurz bude zahrnovat aktuální teoretické aspekty adaptačních, speciačních a hybridizačních bariér u zvířat a
rostlin, jakož i moderní přístupy k řešení těchto otázek. Studenti budou mít praktické praktické
třídy zahrnující nejmodernější genomické analýzy aplikované na témata speciace a adaptace: studie
design, transkripttomické analýzy v hybridech, QTL k určení genetického základu adaptačních / hybridizačních bariér,
skenování genomu vyhledávající selektivní rozmítání ... Budou založeny na datech upravených z aktuálního nedávného výzkumu
funguje. Předmět bude vyučován výhradně v angličtině.

Výsledky učení: Na konci kurzu budou studenti schopni:
- vysvětlit hlavní evoluční mechanismy ovlivňující adaptaci a speciaci.
- identifikovat genomické důsledky takových mechanismů pomocí nejmodernějších metodologií.
- použijte k tomu R.
Literatura -
Poslední úprava: Clément Lafon Placette, Dr. (29.10.2019)

Bomblies K, Weigel D. 2007. Hybrid necrosis: autoimmunity as a potential gene-flow barrier in plant species. Nature Reviews Genetics 8: 382–393.

Coyne JA, Orr HA. 1997. ‘Patterns of Speciation in Drosophila’ Revisited. Evolution 51: 295.

Coyne JA, Orr HA. 2004. Speciation. Sinauer Associates, Incorporated Publishers.

Hopkins R. 2013. Reinforcement in plants. New Phytologist 197: 1095–1103.

Mayr E. 1996. What Is a Species, and What Is Not? Philosophy of Science 63: 262–277.

Moore JC, Pannell JR. 2011. Sexual selection in plants. Current Biology 21: R176–R182.

Poelstra JW, Vijay N, Bossu CM, Lantz H, Ryll B, Müller I, Baglione V, Unneberg P, Wikelski M, Grabherr MG, et al. 2014. The genomic landscape underlying phenotypic integrity in the face of gene flow in crows. Science 344: 1410–1414.

Schmickl R, Koch MA. 2011. Arabidopsis hybrid speciation processes. Proceedings of the National Academy of Sciences 108: 14192–14197.

Seehausen O, Butlin RK, Keller I, Wagner CE, Boughman JW, Hohenlohe PA, Peichel CL, Saetre G-P, Bank C, Brännström Å, et al. 2014. Genomics and the origin of species. Nature Reviews Genetics 15: 176–192.

Požadavky ke zkoušce -
Poslední úprava: Clément Lafon Placette, Dr. (29.10.2019)

- ústní závěrečná zkouška z teoretické části

- písemné zprávy pro praktickou část

Sylabus -
Poslední úprava: Clément Lafon Placette, Dr. (13.12.2019)

* Předběžný harmonogram:

1. týden: Přednáška: Úvod do bariér speciace a hybridizace [CLP]; žádná praktická třída.

2. týden: Přednáška: Sexuální výběr a speciace [CLP]; žádná praktická třída.

3. týden: Přednáška: Postzygotické bariéry, Bayeson-Dobzhansky-Müllerovy nekompatibility, genomické konflikty [RR]; žádná praktická třída.

4. týden: Přednáška: Místní adaptace a ekologická speciace [FK]; žádná praktická třída.

5. týden: Přednáška: Speciation by domestication [PS]; žádná praktická třída.

6. týden: Přednáška: Metodologie a koncepce populační genomiky a adaptomiky [CLP]; 4 hodiny cvičení: připomenutí na R.?

7. týden: Přednáška: Polyploid speciace [NP]; 4 hodinová praktická třída: lokální adaptace / ekologická speciace I. Genom skenuje hledání adaptačních genů. [MB] + [VK]

8. týden: Přednáška: Metodologie spekulace genomiky [RR]; žádná praktická třída.

9. týden: Přednáška: Evoluční důsledky toku genů mezi druhy: hybridní speciace, adaptivní introgrese [CLP]; Praktická třída 4 hodiny: Hybridní nekróza v Capsella. Odhalení genetického základu pomocí přístupu QTL. [AKP] + [CLP]

10. týden: Přednáška: Sekundární kontakt: vztahy mezi hybridizačními bariérami, mezidruhovou soutěží a kondicí [RR]; Praktická třída 4 hodiny: Rekonstrukce fylogeneze navzdory hybridizaci (atd.). [RS]

12. týden: Přednáška: Druhy v makroregionu: z genově orientovaného pohledu na speciaci [AM]

13. týden: 4 hodiny praktická třída: Detekce toku genů mezi druhy. [MP] + [SS]

 

Učitelé:

Antonin Macháč (Center for Theoretical Studies) [AM]

Ashish Kumar Pathak (Dpt of Botany) [AKP]

Clément Lafon Placette (Dpt of Botany) [CLP]

Filip Kolář (Dpt of Botany) [FK]

Magdalena Bohutínská (Dpt of Botany) [MB]

Manon Poignet (Dpt of Zoology) [MP]

Nelida Padilla (Dpt of Botany) [NP]

Petr Smykal (Palacky University in Olomouc) [PS]

Radka Reifová (Dpt of Zoology) [RR]

Roswitha Schmickl (Dpt of Botany) [RS]

Stephen Schlebush(Dpt of Zoology) [SS]

Veronika Konečná (Dpt of Botany) [VK]

 

 
Univerzita Karlova | Informační systém UK