PředmětyPředměty(verze: 855)
Předmět, akademický rok 2019/2020
  
Pokročilé metody hodnocení sekvencí DNA a multilokusových dat - MB120P143
Anglický název: Advanced methods in DNA sequence and mulilocus data analyses
Český název: Pokročilé metody hodnocení sekvencí DNA a multilokusových dat
Zajišťuje: Katedra botaniky (31-120)
Fakulta: Přírodovědecká fakulta
Platnost: od 2019
Semestr: zimní
E-Kredity: 3
Způsob provedení zkoušky: zimní s.:
Rozsah, examinace: zimní s.:1/2 Z+Zk [hodiny/týden]
Počet míst: neomezen
Minimální obsazenost: neomezen
Stav předmětu: vyučován
Jazyk výuky: čeština
Garant: RNDr. Filip Kolář, Ph.D.
Vyučující: Mgr. Tomáš Fér, Ph.D.
RNDr. Filip Kolář, Ph.D.
doc. Mgr. Pavel Škaloud, Ph.D.
Mgr. Eliška Záveská, Ph.D.
Anotace -
Poslední úprava: RNDr. Filip Kolář, Ph.D. (26.08.2013)
Cílem kurzu je naučit studenty samostatně zpracovat soubor molekulárních dat (takových které mohou reálně získat při řešení magisterské/dizertační práce) a výsledky interpretovat v souladu s biologickým pozadím daného problému. Kurz je zaměřen na základní i odvozené analýzy sekvenčních a multilokusových dat běžně užívaných především v současné botanice: sekvence chloroplastové DNA, ribosomálních a low-copy úseků jaderné DNA, mikrosatelity, AFLP. V průběhu semestru si student vyzkouší samostatnou práci se vzorovými datasety - k dispozici bude mít jednoduché návody a konzultace s vyučujícími (6 čtyřhodinových bloků). Na závěr vypracuje "projekt" - samostatnou analýzu a interpretaci konkrétního reálného datasetu - a v posledním bloku jej odprezentuje ostatním účastníkům kurzu (vlastní data výhodou, ale ne nutností).
Kurz je určen především pokročilým studentům magisterského stupně a začínajícím doktorandům, kteří již mají základní zkušenost s analýzou molekulárních dat.
Literatura -
Poslední úprava: RNDr. Filip Kolář, Ph.D. (26.08.2013)

Hall BG (2011) Phylogenetic trees made easy. 4th edition. Sinauer

Hartl DL & Clark AG (2007): Principles of Population Genetics. 4th edition. Sinauer

Požadavky ke zkoušce -
Poslední úprava: RNDr. Filip Kolář, Ph.D. (26.08.2013)

Zápočet se uděluje za vhodně zpracovaný a prezentovaný "projekt".

Vstupní požadavky -
Poslední úprava: RNDr. Filip Kolář, Ph.D. (26.08.2013)

Přihlášení studenti by měli mít základní teoretické znalosti o analýze sekvenčních a multilokusových molekulárních dat, tvorbě fylogenetických stromů a populační genetice. Před přihlášením je vhodné mít absolvovaný alespoň jeden z následujících kurzů: Využití molekulárních markerů v systematice a pop. biol. rostlin (MB120P44, T. Fér), nebo Kladistika a další metody rekonstrukce evoluce (MB120P83, K. Marhold) nebo Molekulární taxonomie (MB160P21, V. Hampl)

 
Univerzita Karlova | Informační systém UK