Target enrichment for plant systematics - methodological workshop - MB120C117

• Anglický název: Target enrichment for plant systematics - methodological workshop
• Český název: Target enrichment v rostlinné systematice - praktické cvičení
• Zajišťuje: Katedra botaniky (31-120)
• Fakulta: Přírodovědecká fakulta
• Platnost: od 2021
• Semestr: letní
• E-Kredity: 5
• Způsob provedení zkoušky: letní s.:
• Rozsah, examinace: letní s.:0/8, Z [DS]
• Počet míst: 15
• Minimální obsazenost: neomezen
• 4EU+: ne
• Virtuální mobilita / počet míst pro virtuální mobilitu: ne
• Stav předmětu: vyučován
• Jazyk výuky: angličtina
• Poznámka: povolen pro zápis po webu
• Garant: Roswitha Elisabeth Schmickl, Ph.D.; Mgr. Tomáš Fér, Ph.D.
• Vyučující: Mgr. Tomáš Fér, Ph.D.; Roswitha Elisabeth Schmickl, Ph.D.; Mgr. Vojtěch Zeisek, Ph.D.
• Třída: Ultrapřesný sonikátor pro štěpení DNA/RNA pro příp; Původní předmět

Anotace

čeština

Poslední úprava: Mgr. Michal Štefánek (31.05.2020)

Praktický kurz fylogenomických metod se zaměřením na NGS metodu Hyb-Seq. Metoda Hyb-Seq kombinuje
cílené obohacení a tzv. mělké sekvenování genomu. V rámci kurzu budou probrány základy i nejnovějších
poznatky v oblasti Hyb-Seq (návrh sond, laboratorní postup, analýza dat). Součástí kurzu je i práce s daty a jejich
praktické analýzy různými přístupy, od primárních dat po konstrukci evolučních stromů koalescenčními a dalšími
metodami. V laboratorní části kurzu budou připravovány a obohacovány NGS knihovny s využitím sonikátoru.

Předmět je vyučován v rámci projektu CZ.02.2.69/0.0/0.0/18_056/0013322 s názvem ESF pro VŠ II na UK.

angličtina

Poslední úprava: Mgr. Tomáš Fér, Ph.D. (01.03.2021)

Practical course of phylogenomic methods focused on Hyb-Seq NGS method. The Hyb-Seq method combines
target enrichment and genome skimming of the genome. The course covers the theory, discussion of the newest
papers from the field, probe design, laboratory and computer part. Several methodological approaches to data
analysis, from raw data to species tree analysis, are demonstrated within the course. The lab part includes NGS
library preparation (using sonicator) and enrichment.

The course is established within the project CZ.02.2.69/0.0/0.0/18_056/0013322 with the name ‘ESF pro VŠ II na UK‘.

Literatura

čeština

Poslední úprava: Roswitha Elisabeth Schmickl, Ph.D. (01.03.2021)

Bleidorn C. (2017): Phylogenomics. An Introduction. Springer
Bromham L. (2016): An introduction to molecular evolution and phylogenetics. 2nd edition. Oxford University Press
Weitemier K .et al. (2014): Hyb-Seq: Combining target enrichment and genome skimming for plant phylogenomics. Applications in Plant Sciences 2(9): apps.1400042

Požadavky ke zkoušce

čeština

Poslední úprava: Roswitha Elisabeth Schmickl, Ph.D. (01.03.2021)

Krátký protokol o analýze cvičných dat.

angličtina

Poslední úprava: Roswitha Elisabeth Schmickl, Ph.D. (01.03.2021)

Short protocol about training dataset analysis.

Sylabus

čeština

Poslední úprava: Roswitha Elisabeth Schmickl, Ph.D. (01.03.2021)

1. Teoretická část A: target enrichment
- princip metody, (ne)výhody metody
- nejdůležitější články - diskuze
- teorie laboratorního postupu
- fylogenomika, genové stromy vs. druhový strom

2. Teoretická část B: vývoj sond
- design prob pro enrichment
- univerzální a skupinově specifické proby
- software pro vývoj sond

3. Laboratorní část
- příprava knihoven pomocí sonikace
- délková selekce, kvantifikace a pooling
- obohacení knihoven

4. Počítačové praktikum - práce s Hyb-Seq daty v prostředí MetaCentra
- HybPhyloMaker
- HybPiper

 

Předmět je vyučován v rámci projektu CZ.02.2.69/0.0/0.0/18_056/0013322 s názvem ESF pro VŠ II na UK.

angličtina

Poslední úprava: Roswitha Elisabeth Schmickl, Ph.D. (01.03.2021)

1. Theoretical part A: target enrichment
- full background, (diss)advantages of the method
- most important papers - discussion
- wetlab theory
- phylogenomics, gene trees/species tree

2. Theoretical part B: probe development
- probe design
- universal vs group specific probes
- software for probe development

3. Laboratory part
- library preparation including sonication
- size selection, quantification and pooling
- library enrichment

4. Computer practical - working with Hyb-Seq data using MetaCentrum
- HybPhyloMaker
- HybPiper

 

The course is established within the project CZ.02.2.69/0.0/0.0/18_056/0013322 with the name ‘ESF pro VŠ II na UK‘.