Předměty

Obecná biochemie poskytuje základy nezbytné pro další studium navazujících biochemických disciplín ve studijním programu Farmacie vyučovaných na farmaceutické fakultě. Vychází ze znalosti biologie, organické a bioorganické chemie, a morfologie a fyziologie člověka. Vykládá metabolické cesty, jejich regulaci, principy termodynamiky a enzymové katalýzy a zahrnuje základy proteosyntézy a xenobiochemie. Témata: Proteiny, enzymy, enzymová kinetika, základy termodynamiky biologických systémů, metabolismus cukrů, metabolismus lipidů, metabolismus aminokyselin, citrátový cyklus, dýchací řetězec a oxidační fosforylace, metabolismus nukleotidů, transportní mechanismy a kompartmentace, biochemie hemu, mezibuněčná signalizace, přehled regulačních mechanismů metabolických cest, základy xenobiochemie

Poslední úprava: Wsól Vladimír, prof. Ing., Ph.D. (16.09.2024)

General Biochemistry provides the basics necessary for further study of follow-up biochemical disciplines in the study program of Pharmacy at the Faculty of Pharmacy. It is based on knowledge of biology, organic and bioorganic chemistry, and human morphology and physiology. It explains metabolic pathways, their regulation, principles of thermodynamics and enzymatic catalysis and includes the basics of proteosynthesis and xenobiochemistry. Topics: Proteins, enzymes, enzyme kinetics, basics of thermodynamics of biological systems, metabolism of polysaccharides, lipid metabolism, amino acid metabolism, citric acid cycle, respiratory chain and oxidative phosphorylation, nucleotide metabolism, transport mechanisms and compartmentation, heme biochemistry, cell-cell signalling, an overview of regulatory mechanisms of metabolic pathways, the basics of xenobiochemistry.

Poslední úprava: Wsól Vladimír, prof. Ing., Ph.D. (16.09.2024)

Před plánovanou zkouškou je zapotřebí získat kredit, úspěšným absolvováním předepsaného počtu praktických cvičení, který musí být zapsán v SIS. Zkouška je kombinovaná a skládá se z písemné a ústní části. Detailní informace jsou vždy ve složkách na webu k danému předmětu.

Poslední úprava: Wsól Vladimír, prof. Ing., Ph.D. (16.09.2024)

Povinná:

Ledvina, Miroslav, Stoklasová, Alena, Cerman, Jaroslav. Biochemie pro studující medicíny. Praha: Karolinum, 2004, 274 s. ISBN 80-246-0851-0.

Boušová, Iva Szotáková, Barbora Dršata, Jaroslav. Praktická cvičení z biochemie. Praha: Karolinum, 2010, 67 s. ISBN 978-80-246-1744-2.

Skálová, Lenka. Základní biochemické dráhy v buňce : pracovní sešit k přednáškám z obecné biochemie pro posluchače FaF UK. Praha: Karolinum, 2014, 113 s. ISBN 978-80-246-2662-8.

Champe, Pamela C., Harvey, Richard A. Ferrier, Denise R.. Lippincott's illustrated reviews: Biochemistry. Philadelphia: Lippincott, Williams & Wilkins, 2005, 534 s. ISBN 0-7817-9983-X.

Devlin, Thomas M., (ed.). Textbook of biochemistry : with clinical correlations. New York: Wiley-Liss, 1992, 1185 s. ISBN 0-471-51348-2.

Voet, Donald, Voet, Judith G.. Biochemie. Praha: Victoria Publishing, 1995, 1325 s. ISBN 80-85605-44-9.

Poslední úprava: prepocet_literatura.php (19.09.2024)

Přednášky:

1. Proteiny (přehled)

Fyzikálně-chemické a biologické vlastnosti aminokyselin. Peptidy a proteiny, obecné vlastnosti, klasifikace a význam pro živý organismus. Struktura a prostorové uspořádání proteinů se zaměřením na funkci. Vztah mezi konformací proteinů a biologickým účinkem.

2. Enzymy

Klasifikace a význam. Mechanismy a zvláštnosti enzymové katalysy. Enzymová kinetika. Regulace enzymové katalysy. Regulatorní enzymy a možnosti jejich ovlivnění, multienzymové systémy.

3. Základy termodynamiky biologických systémů.

Katabolické a anabolické metabolické děje (obecně), jejich význam, regulace a lokalizace. Metabolismus obecně. Biologické oxidace. Termodynamika metabolických dějů.

4. Metabolismus cukrů

Metabolismus glukosy — glykolysa a glukoneogenesa, jejich průběh, lokalizace a regulace. Substrátová fosforylace. Pentosový cyklus, lokalizace a regulace. Vzájemné přeměny monosacharidů. Glykogen — syntéza a štěpení, regulace obou dějů. Vztah metabolismu cukrů k ostatním metabolickým dějům. Význam cukrů.

5. Metabolismus lipidů

Neutrální tuky, štěpení, syntéza, regulace. Mastné kyseliny se sudým a lichým počtem uhlíků, nenasycené mastné kyseliny, jejich oxidační štěpení a syntéza. Lokalizace a regulace. Fosfolipidy a glykolipidy, syntéza, štěpení, význam. Cholesterol, jeho syntéza a regulace syntézy. Vznik žlučových kyselin a steroidních hormonů. Význam lipidů. Vzájemný vztah metabolismu lipidů a cukrů. Ketogeneze. Metabolismus a význam ketolátek.

6. Metabolismus aminokyselin

Obecné metabolické reakce aminokyselin. Močovinový cyklus. Metabolické reakce jednotlivých typů aminokyselin ve vztahu k produktu. Jejich význam energetický i látkový. Schéma syntéz aminokyselin v živočišné buňce. Vztah aminokyselin ke všem metabolickým dějům v buňce.

7. Citrátový cyklus

Enzymy a reakce citrátového cyklu, regulace, lokalizace a vztah ke všem metabolickým přeměnám živin.

8. Dýchací řetězec a oxidační fosforylace

Složky, funkce a význam dýchacího řetězce. Oxidační fosforylace, průběh, regulace a hypotézy vzniku ATP. Možné rozpojovače a inhibitory. Vztah oxidační fosforylace ke všem metabolickým přeměnám živin.

9. Metabolismus nukleotidů

Syntéza a odbourávání purinových a pyrimidinových bazí. Syntéza ribonukleotidů a deoxyribonukleotidů. Význam a využití nukleotidů.

10. Transportní mechanismy a kompartmentace

Transportní mechanismy a jejich význam pro regulace metabolických dějů v organismu. Mitochondrie, jejich uspořádání, lokalizace enzymů a enzymových systémů v mitochondrii. Transport přes vnitřní mitochondriální membránu. Význam dalších organel.

11. Biochemie hemu

Syntéza a odbourávání hemu. Žlučová barviva, jejich význam a vylučování.

12. Mezibuněčná signalizace

Endokrinní, parakrinní a autokrinní signály. Podrobné vysvětlení mechanismů přenosu informace endokrinními signály a jejich význam pro buňku, intracelulární děje spojené s přijetím signálu. Typy receptorů. Druzí poslové.

13. Přehled regulačních mechanismů metabolických cest

Kompartmentace. Transport. Ovlivnění aktivity enzymů (allostericky, kovalentně). Ovlivnění proteosyntézy.

14. Základy xenobiochemie

Enzymy, které přeměňují látky tělu cizí (monooxygenasy, reduktasy a konjugační enzymy). Možnosti ovlivnění aktivity těchto enzymů a farmakologický dopad těchto vlivů. Indukce. Inhibice. Význam xenobiochemie pro farmaceutickou chemii, farmakologii a toxikologii.

Praktická cvičení:

Důkaz a stanovení aminokyselin (vlastnosti, koncentrace, TLC), vlastnosti roztoků bílkovin (isoelektrický bod, denaturace)
Stanovení koncentrace bílkovin (Biuretová reakce, Lowryho metoda)
Oddělování nízko- a vysokomolekulárních látek (dialýza, gelová chromatografie)
Měření aktivity enzymů (aktivita, specifická aktivita, vliv teploty)
Kinetika enzymových reakcí (stanovení základních kinetických parametrů – Michaelisovy konstanty, maximální rychlosti reakce)
Inhibice enzymové aktivity (stanovení inhibiční koncentrace IC50, vliv anorganických iontů)

Semináře:

Enzymy. Enzymová kinetika. Inhibice.
Metabolismus cukrů a jejich vzájemné vztahy, regulace.
Metabolismus lipidů a aminokyselin, jejich vzájemné vztahy a regulace.

Poslední úprava: Wsól Vladimír, prof. Ing., Ph.D. (16.09.2024)

1. Proteins (overview)

General properties, classification and importance for living organisms, structure and spatial arrangement of proteins with respect to their function , relationship between conformation and biological effects of proteins, denaturation.

2. Enzymes

Structure and mechanism of action of enzymes, effects of different factors on enzymatic activity, inhibition of catalytic activity of enzymes. Lineweaver-Burk plot, significance of Vmax and KM values, regulation of enzyme action in cells, regulatory enzymes and their control, specificity of enzymes, three-dimensional structures of enzymes, active site, isoenzymes, cofactors, coenzymes, nomenclature and classification of enzymes

3. Thermodynamics of the Living Systems

Concept of thermodynamics (TMD), laws of TMD, free energy, equilibrium, criterion of reaction spontaneity, coupled reactions, ATP – hydrolysis, biological significance, redox potential –importance, relationship between free energy and redox potential.

4. Metabolism of Carbohydrates

Carbohydrates - general information, formation of ring structures, glycolysis (chemical strategy of glycolysis, basic types of reactions in glycolysis, reactions of glycolysis), energy balance of glycolysis, the Pasteur effect, the Cori cycle. Regulation of glycolysis (alternative fates of glycolytic intermediates), gluconeogenesis (reactions and localization in the cell, regulation and energy balance), Entry of other carbohydrates into the glycolysis (monosaccharides -fructose, mannose , galactose, disaccharides), pentose phosphate pathway (importance, localization, reactions and regulation), key intermediates of metabolism, metabolic fates of pyruvate, pyruvate dehydrogenase complex. Glycogen Metabolism. Biosynthesis, breakdown and regulation, activation of kinases and phosphorylases, different metabolic pathway of glucose in various cells

5. Lipid Metabolism

Physiological role of lipids, fatty acids - the chemical nature , triacylglycerols – biosynthesis and degradation, control, utilization of fatty acids for energy production - activation, transport and reaction sequence for degradation, modifications of oxidative degradation, energy yield, regulation. Ketone bodies, structures, biosynthesis and control, peroxisomal oxidation of FA, reaction sequence for synthesis of palmitic acid and other fatty acids, comparison of degradation and biosynthesis of FA, regulation, metabolic interrelations of FA and carbohydrates in human body. Overview of membrane Lipids, Steroids and Cholesterol. Glycolipids, phospholipids, sphingolipids, structure, physiological role, biosynthesis and degradation, cholesterol: membrane component, precursor of bile salts and steroid hormones, synthesis of cholesterol, regulatory enzyme, regulation of biosynthesis, degradation of cholesterol: bile acids and steroid hormones, vitamin D.

6. Amino Acids Metabolism

Biological importance, energy yield, precursors of many biomolecules, ketogenic and glucogenic AA, metabolic reactions of amino- and carboxy-groups and their biological usefulness. Urea cycle – reaction sequence, control of urea cycle, location, metabolic degradation of AA carbon skeletons (individual AA). Reduction of N2, nitrogenase complex, assimilation NH4 to AA, nitrogenous derivatives of AA.

7. Citric Acid Cycle

Overview of the citric acid cycle, reactions and regulation of the citric acid cycle (CAC), amphibolic character of the CAC, anaplerotic sequences of the CAC, glyoxylate cycle.

8. Respiratory Chain and Oxidative Phosphorylation

Significance, localization, composition and function of complexes, cytochromes, inhibition of respiratory chain, Q cycle, respiratory control, chemiosmotic hypothesis, coupling of oxidation and phosphorylation, ATP synthesis and regulation.

9. Metabolism of Nucleotides

Synthesis of purine and pyrimidine ribonucleotides and deoxyribonucleotides, degradation of nucleotides, salvage pathways

10. Transport in Organism, Mitochondrion

Transport across membranes, nonmediated, passive and active transport, transport in mitochondrion

11. Heme and Hemoglobin

Synthesis of heme and its regulation, metabolism of heme to bile pigments, their significance and elimination.

12. Cell-Cell Signalling

Specific receptors mediating the cell signaling, G - proteins, cAMP a mediator of the action of many hormones, protein kinases, phospholipase C signalling pathway, receptors with enzyme function, lipophilic hormones and their cytosolic receptors. Structure and function of hormones, hormone systems and hormone hierarchy

13. Metabolic Interrelationship

Major metabolic pathways – localization, activity, control mechanisms, starve-feed cycle, well-fed state, early fasting state, fasting state, early refed state, glucose homeostasis, control mechanisms at all states, metabolic interrelationship in obesity, exercise and ethanol ingestion.

14. Basics of Xenobiochemistry

Introduction, history, cytochrome P450s, flavin-containing monooxygenases, reductases, conjugation pathways, induction and inhibition of drug metabolism, factors affecting drug metabolism, chiral aspects of drug metabolism, pharmacological and toxicological aspects of drug metabolism.

Practical Exercises

• Qualitative and quantitative determination of amino acids, Properties of protein solutions (isoelectric point, denaturation)

• Protein assays (Biuret reaction, Lowry method)

• Separation of low- and high-molecular weight samples (dialysis and gel filtration)

• Measurement of enzyme activity (activity, specific activity, temperature effect)

• Enzyme kinetics (basic kinetic parameters assessment – Michaelis constant, maximal velocity)

• Inhibition of enzymatic activity (assessment of inhibition concentration IC50, effect of inorganic ions)

Seminars

• Enzymes, enzyme kinetics, inhibition

• Metabolism of carbohydrates and their interrelationship, regulation

• Metabolism of lipids and amino acids, their interrelationship and regulation

Poslední úprava: Wsól Vladimír, prof. Ing., Ph.D. (16.09.2024)

Předmět Obecná biochemie navazuje na znalosti a dovednosti získané v předmětech: Bioanorganická chemie, Organická chemie I a II, Morfologie a fyziologie; Fyzikální chemie a Analytická chemie.

Po absolvování předmětu studenti rozumí základním biochemickým principům, včetně struktury a funkce biomolekul důležitých metabolických drah a regulačních procesů probíhajících v lidském organismu. Absolventi předmětu se aktivně orientují v problematice enzymů, včetně jejich klasifikace, významu, enzymové kinetiky a souvisejících kinetických parametrů. Chápou živý organismus jako otevřený dynamický systém a rozumí s tím související termodynamice biochemických reakcí. Dokážou popsat jednotlivé metabolické dráhy, včetně jejich lokalizace a možností regulace jak na úrovni buňky, tak celého organismu. Studující na základě získaných znalostí a dovedností:

Ø rozumí energetické výměně a potřebě živých organismů;

Ø rozumí ústřední roli enzymů v organismu i možnostech kontroly jejich aktivity;

Ø orientují se v základních metabolických katabolických i anabolických drahách u člověka;

Ø umí popsat pomocí chemických reakcí glykolýzu, glukoneogenezi, beta-oxidaci mastných kyselin, syntézu mastných kyselin, rozklad základních aminokyselin na intermediáty citrátového cyklu a další jednoduché organické molekuly, citrátový cyklus, močovinový cyklus, syntézu a odbourávání hemu, syntézu a odbourávání nukleotidů;

Ø rozumí principu a důležitosti dýchacího řetězce v živých organismech a jeho spojení s oxidační fosforylací;

Ø na příkladech vysvětlí principy transportu organických molekul přes biologické membrány;

Ø chápou návaznost metabolických drah k zabezpečení energetické potřeby buněk;

Ø rozumí komplexní regulaci jednotlivých metabolických drah, nutnosti vícestupňové kontroly i principu amplifikace signálu;

Ø rozumí vztahům metabolismu živin za různých energetických stavů organismu;

Ø umí vysvětlit a správně použít pojmy endogenní látka (eobiotikum) a xenobiotikum. Na konkrétních příkladech vysvětlí jejich osud v organismu včetně úlohy významných biotransformačních enzymů, transportérů a dalších faktorů ovlivňujících metabolismus a mechanismy jejich působení.

Poslední úprava: Wsól Vladimír, prof. Ing., Ph.D. (12.06.2025)