Základy praktické bioinformatiky - GB300
Anglický název: Introduction to applied Bioinformatics
Zajišťuje: Katedra biochemických věd (16-16160)
Fakulta: Farmaceutická fakulta v Hradci Králové
Platnost: od 2022
Semestr: letní
Body: 0
E-Kredity: 2
Způsob provedení zkoušky: letní s.:písemná
Rozsah, examinace: letní s.:0/28, Z+Zk [HS]
Počet míst: neurčen / neurčen (30)
Minimální obsazenost: neomezen
4EU+: ne
Virtuální mobilita / počet míst pro virtuální mobilitu: ne
Kompetence:  
Stav předmětu: nevyučován
Jazyk výuky: čeština
Způsob výuky: prezenční
Způsob výuky: prezenční
Úroveň:  
Poznámka: předmět je možno zapsat mimo plán
povolen pro zápis po webu
Garant: doc. Ing. Petra Matoušková, Ph.D.
Termíny zkoušek   Rozvrh   
Anotace
Poslední úprava: doc. Ing. Petra Matoušková, Ph.D. (27.09.2021)
Bioinformatika je mezioborová disciplína zabývající se ukládáním, tříděním, analýzou a interpretací souborů biologických dat. V rámci předmětu Základy praktické bioinformatiky se studenti dozvědí o možnostech využití dostupných bioinformatických databází a programů. Prakticky se studenti naučí vyhledávat informace a sekvenční data a seznámí se s možnostmi jejich využití. Tento předmět je založen hlavně na praktické práci u počítače a samostatném vyzkoušení různých webových aplikací. Probíraná témata zahrnují: vyhledávání literatury, databáze proteinových a nukleotidových sekvencí, porovnávání sekvencí a analýza jejich vlastností, hledání podobných sekvencí, restrikční analýza, návrh primerů, specializované databáze atd.
Podmínky zakončení předmětu
Poslední úprava: doc. Ing. Petra Matoušková, Ph.D. (27.09.2021)

Zápočet: absolvování seminářů (povoleny dvě absence) + vypracování domácích úkolů

Zkouška: písemně (u počítače)-nutno napsat alespoň na 50%
Literatura
Poslední úprava: doc. Ing. Petra Matoušková, Ph.D. (04.10.2021)

Doporučená:

  • Cvrčková, Fatima. Úvod do praktické bioinformatiky. Praha: Academia, 2006, 148 s. ISBN 80-200-1360-1.

  • Claverie, Jean-Michel Notredame, Cedric. Bioinformatics for dummies. Indianopolis: John Wiley, 2003, 452 s. ISBN 0-7645-1696-5.

Volitelná:

  • Zvelebil, Marketa J. Baum, Jeremy O.. Understanding bioinformatics. New York: Garland Science, Group, 2008, 772 s. ISBN 978-0-8153-4024-9.

  • Hu, Xiaohua, Pan, Yi, (eds.). Knowledge discovery in bioinformatics techniques, methods, and applications. Hoboken, N.J.: Wiley-Interscience, 2007, 363 s. ISBN 978-0-470-12464-2.

  • Dziuda, Darius M.. Data mining for genomics and proteomics : analysis of gene and protein expression data. Hoboken: Wiley, 2010, 319 s. ISBN 978-0-470-16373-3.
Sylabus
Poslední úprava: doc. Ing. Petra Matoušková, Ph.D. (27.09.2021)

 

1. Možnosti vyhledávání dostupné literatury

  • UKAŽ, Pubmed, Web of Science, Scopus

  • citační programy (Web EndNote, EndNote, Mendeley)

  • impakt faktor, H-index, predátorské časopisy

2.-4. Proteiny

  • proteinové databáze a vyhledávání sekvencí

  • formáty sekvencí a manipulace se sekvencemi

  • vlastnosti sekvencí, predikce domén a transmembránových úseků

  • porovnávání sekvencí, párové, mnohonásobné, vyhledání podobných sekvencí (BLAST), konstrukce fylogenetických stromů

5.-9. Nukleové kyseliny

  • databáze DNA sekvencí

  • analýza nukleotidové sekvence, vyhledání polymorfismů, restrikční analýza, klonování in silico

  • návrh primerů pro různé aplikace (qPCR, mutageneze)

  • hledání a identifikace genů, analýza „neznámých“ sekvencí, identifikace otevřeného čtecího rámce 

10. Genomové projekty - přístup k databázím, vyhledávání podobných genů

11. mikroRNA databáze - vyhledávání sekvencí, vyhledávání cílových genů

12. Specializované databáze - Expression Atlas, Enzyme apod.
Vstupní požadavky
Poslední úprava: doc. Ing. Petra Matoušková, Ph.D. (19.12.2017)

Zkouška z molekulární biologie
Metody výuky
Poslední úprava: doc. Ing. Petra Matoušková, Ph.D. (19.12.2017)

Výuka probíhá v počítačové učebně; každý seminář je zahájen krátkou přednáškou uvádějící do konkrétní problematiky, následovanou praktickými ukázkami a procvičováním.
Požadavky ke zkoušce
Poslední úprava: doc. Ing. Petra Matoušková, Ph.D. (19.12.2017)

Zvládnutí praktických úkolů (na počítači) dle zadání (s možností využití všech dostupných materiálů).