Proteomika - GB243

• Anglický název: Proteomics
• Zajišťuje: Katedra analytické chemie (16-16140)
• Fakulta: Farmaceutická fakulta v Hradci Králové
• Platnost: od 2022
• Semestr: letní
• Body: 0
• E-Kredity: 2
• Způsob provedení zkoušky: letní s.:písemná
• Rozsah, examinace: letní s.:14/14, Z+Zk [HS]
• Počet míst: neurčen / neurčen (neurčen)
• Minimální obsazenost: neomezen
• 4EU+: ne
• Virtuální mobilita / počet míst pro virtuální mobilitu: ne
• Stav předmětu: nevyučován
• Jazyk výuky: čeština
• Způsob výuky: prezenční
• Způsob výuky: prezenční
• Vysvětlení: (ZB 1.r.navaz.)
• Poznámka: předmět je možno zapsat mimo plán; povolen pro zápis po webu
• Garant: PharmDr. Juraj Lenčo, Ph.D.

Anotace

čeština

Poslední úprava: PharmDr. Juraj Lenčo, Ph.D. (18.01.2022)

Předmět proteomika je zaměřený na klasické a pokročilé metody analýzy proteinů a jejich aplikace do různých vědeckých a klinických odvětví. V rámci přednášek a seminářů se studenti seznámí s principy analýzy proteinů včetně přípravy vzorků a vyhodnocování získaných dat. Součástí předmětu jsou praktická cvičení, kde si studenti vyzkouší všechny kroky proteomického experimentu, tzn. základní přípravu vzorku, jejich analýzu pomocí kapalinové chromatografie online spojené s hmotnostní spektrometrií a vyhodnocení naměřených dat pomocí bioinformatických nástrojů.

angličtina

Poslední úprava: PharmDr. Juraj Lenčo, Ph.D. (18.01.2022)

The course Proteomics focuses on classical and advanced methods of protein analysis and their application to various scientific and clinical disciplines. During the lectures and seminars, students will get acquainted with protein analysis principles, including sample preparation and data evaluation. In practical exercises, students will try all the main steps of a proteomic experiment, i.e., basic sample preparation, its analysis using liquid chromatography online hyphenated to mass spectrometry, and evaluation of the recorded data using bioinformatics tools.

Podmínky zakončení předmětu

Poslední úprava: PharmDr. Juraj Lenčo, Ph.D. (18.01.2022)

Předmět proteomika je zakončen zkouškou, která má písemnou a ústní část. Ke zkoušce se může zapsat pouze student se zápočtem. Zápočet je udělen za 100% účast na seminářích a prakticích.

Literatura

Poslední úprava: PharmDr. Juraj Lenčo, Ph.D. (18.01.2022)

Doporučená:

• Aebersold R., Mann M.. Plasma Proteome Profiling to Assess Human Health and Disease. In Nature. 53 (2016): 347-355.
• Tyers M., Mann M.. From genomics to proteomics. In Nature. 42 (2003): 193-197.
• Geiger T., Wehner A., Schaab C., Cox J., Mann M.. Mass spectrometry in high-throughput proteomics: Ready for the big time. In Molecular and Cellular Proteomics. 11 (2012): -.
• Geyer P.E., Kulak N.A., Pichler G., Holdt L.M., Teupser D., Mann M.. Plasma Proteome Profiling to Assess Human Health and Disease. In Cell Systems. 2 (2016): 185-195.

Sylabus

Poslední úprava: PharmDr. Juraj Lenčo, Ph.D. (18.01.2022)

Přednášky:

1.       Úvod do proteomiky

2.       Separační metody používané v proteomice

3.       Hmotnostní spektrometrie v proteomice

4.       Interpretace hmotnostních spekter biomolekul

5.       Kvantitativní proteomická analýza

6.       Farmakoproteomika, možné uplatnění proteomiky v klinické praxi, HUPO projekt

7.       Bioinformatické nástroje v proteomice

 

Semináře a praktická cvičení:

Strategie přípravy biologického vzorku pro proteomovou analýzu 

Štěpení proteinů v roztoku, příprava vzorků LC-MS analýzy a LC-MS analýza

Práce s internetovými databázemi, bioinformatika, interpretace MS/MS spekter a identifikace proteinů