|
|
|
||
Poslední úprava: Mgr. Marian Novotný, Ph.D. (28.03.2018)
|
|
||
Poslední úprava: Mgr. Marian Novotný, Ph.D. (28.03.2018)
Cormen, Leiserson, Rivest and Stein. Introduction to Algorithms. 1000 Genomes Project Consortium, A global reference for human genetic variation. Nature. 2015 Oct 1;526(7571):68-74. Rausch et al., Genome sequencing of pediatric medulloblastoma links catastrophic DNA rearrangements with TP53 mutations. Cell. 2012 Jan 20;148(1-2):59-71. Medvedev et al., Computational methods for discovering structural variation with next-generation sequencing. Nat Methods. 2009 Nov;6(11 Suppl):S13-20. Garber M, Grabherr MG, Guttman M, Trapnell C. Computational methods for transcriptome annotation and quantification using RNA-seq. Nat Methods. 2011 Jun;8(6):469-77. doi: 10.1038/nmeth.1613. |
|
||
Poslední úprava: RNDr. Nataša Šebková, Ph.D. (24.10.2019)
Zkouška je formou domácího projektu testující získané znalosti a dovednosti po absolvování kurzu |
|
||
Poslední úprava: Mgr. Marian Novotný, Ph.D. (26.03.2018)
Pokryté oblasti: i) základní alignment, indexace a grafové algoritmy, datové struktury ii) nádorová genomika – čistota nádoru, ploidita a heterogenita iii) bodové mutace a „variant calling“ iv) vizualizace nádorově genomických charakteristik v) přístupy ke „srovnávání“ čtení na referenční transkriptom nebo genom vi) přístupy k identifikaci exprimovaných genů a izoforem přístupy k odhadu isoformové četnosti a diferenční exprese |
|
||
Poslední úprava: RNDr. Nataša Šebková, Ph.D. (24.10.2019)
Tento kurz je vyučován v angličtině. |