|
|
|
||
Poslední úprava: prof. RNDr. Marek Procházka, Ph.D. (28.01.2019)
|
|
||
Poslední úprava: RNDr. Ondřej Maršálek, Ph.D. (30.10.2019)
Zápočet bude udělen za úspěšné provedení výpočtů na praktických cvičeních u počítače.
Zkouška bude udělena za samostatné zpracování výpočetního projektu. Student provede výpočty a připraví protokol. Po odevzdání protokolu zodpoví otázky k projektu v rozsahu probírané látky. Téma projektu volí student ze seznamu návrhů poskytnutého vyučujícím, případně po dohodě s vyučujícím na základě vlastního zájmu z problematiky probírané během semestru. |
|
||
Poslední úprava: prof. RNDr. Marek Procházka, Ph.D. (30.04.2019)
Tuckerman - Statistical Mechanics: Theory and Molecular Simulation, Oxford University Press, 2010 ISBN 9780198525264 Frenkel, B. Smit: Understanding Molecular Simulations: From Algorithms to Applications - Academic Press: San Diego, 2001, ISBN 0122673514
|
|
||
Poslední úprava: prof. RNDr. Marek Procházka, Ph.D. (28.01.2019)
● Numerické propagátory v MD odvozené z Liouvillova operátoru ● Termostaty and barostaty, simulace v NVT a NpT souborech ● Molekulární interakce a jejich numerické vyhodnocení ● Statické vlastnosti z molekulární dynamiky, souvislost s termodynamikou, odhad chyb ● Přenos energie v MD simulacích, lokální a globální termostaty ● Výpočet dynamických vlastnosti z časových korelačních funkcí ● Systémy s vazbami (constraints, restraints) ● Vnější potenciály a nerovnovážné simulace
|