|
|
||
Poslední úprava: Mgr. Michal Štefánek (07.06.2019)
charakterizovat transkriptomy a metabolomy nás k odpovědi na předchozí otázku velmi přiblížily. Tento technologický pokrok obohatil naše znalosti procesů, které vedou k adaptacím a diferenciaci populací. Kurs se zabývá teoretickými aspekty souvisejícími s adaptacemi, speciací a hybridizačními bariérami u živočichů a rostlin. Studenti absolvují praktickou výuku moderních genomických analýz s tématikou adaptací a speciace zahrnující designování výzkumu, analýzy transkriptomu hybridních taxonů, QTL ke stanovení genetické podstaty hybridizačních bariér, skenování genomu. Pracovat se bude s upravenými daty z probíhajícího výzkumu. Výuka celéhu kurzu bude probíhat v angličtině. Výstupy vzdělávání: Studenti budou schopni popsat hlavní evoluční mechanismy, které podmiňují adaptace a speciace, identifikovat genomické důsledky těchto mechanismů pomocí moderních technik, analyzovat data v prostředí R. |
|
||
Poslední úprava: Mgr. Michal Štefánek (07.06.2019)
Výstupy vzdělávání: Studenti budou schopni popsat hlavní evoluční mechanismy, které podmiňují adaptace a speciace, identifikovat genomické důsledky těchto mechanismů pomocí moderních technik, analyzovat data v prostředí R. |
|
||
Poslední úprava: Mgr. Michal Štefánek (10.06.2019)
Abbott R. et al (2013); Hybridization and speciation. - Journal of Evolutionary Biology. 26:229.
Coyne, J. A., & Orr, H. A. (2004). Speciation. Sunderland, Mass: Sinauer
Savolainen O, Lascoux M, Merilä J (2013). Ecological genomics of local adaptation. - Nature Reviews Genetics 14, 807 |
|
||
Poslední úprava: doc. Clément Lafon Placette, Dr. (12.10.2020)
- rozbor čísel a písemná práce pro závěrečnou zkoušku teoretické části |
|
||
Poslední úprava: doc. Clément Lafon Placette, Dr. (07.01.2022)
Block I: basic concepts in speciation and case study of a hybridization barrier, the triploid block · Week 1. Lecture: Introduction to speciation and hybridization barriers; no practical class. · Week 2. Lecture: Postzygotic barriers, Bayeson-Dobzhansky-Müller incompatibilities, genomic conflicts; no practical class. · Week 3. Lecture: Knowledge consolidation I: group work on the concept of species; 4 hours practical class: reminders on R. · Week 4. Lecture: Polyploid speciation, triploid block; no practical class. · Week 5. Lecture: Transcriptomics, a method to understand the functional basis of hybridization barriers; 4 hours practical class: Transcriptomics of a hybridization barrier, the triploid block.
Block II: the population genomics of speciation, or how allele frequency changes lead to hybridization barriers · Week 6. Lecture: Methodologies and concepts in population genomics I; no practical class. · Week 7. Lecture: Methodologies and concepts in population genomics II; no practical class. · Week 8. Lecture: Knowledge consolidation II, essay writing on a case study: the population genomics of speciation by domestication; no practical class. · Week 9. Lecture: Genotype-phenotype associations, a method to discover speciation genes; 4 hours practical class: Hybrid necrosis in Capsella. Revealing the genetic basis using a QTL approach.
Block III: gene flow, the other side of the speciation coin · Week 10. Lecture: Gene flow, the rule rather than the exception of speciation; no practical class. · Week 11. Lecture: Evolutionary consequences of gene flow between species: hybrid speciation, adaptive introgression; no practical class. · Week 12. Lecture: A method to detect gene flow; 4 hours practical class: Detecting gene flow between species. |
|
||
Poslední úprava: doc. Clément Lafon Placette, Dr. (06.05.2021)
This course requires a completed Licence in biology, and is therefore for Master and PhD students only. A basic knowledge in R is also recommended for the practicals. |