Branch programme/details

Program je uskutečňován bez specializace.

Doktorské studium je organizováno katedrou fyzikální a makromolekulární chemie ve spolupráci s Ústavem organické chemie a biochemie AV ČR a pokrývá oblast výpočetní chemie, kvantové chemie a molekulárního modelování. Studium je zaměřeno jak na studium biomakromolekul (DNA a proteiny) tak i komplexních molekulárních systémů a v rámci PGS lze řešit následující projekty:
struktura a dynamika párů a oligomerů DNA v základním a elektronově excitovaném stavu
interakce DNA s proteiny a ligandy
studium nekovalentních interakcí a zejména standardní a nepravé vodíkové vazby
Stabilizující interakce v biomolekulách - peptidy a proteiny a teoretický model sbalování proteinů
strukturální bioinformatika
teoretické studium chemické reaktivity a katalýzy
fyzikální a chemické vlastnosti molekulových sít
vývoj metod k popisu statických a dynamických vlastností slabě výzaných systémů
studium uhlíkových nanostruktur
interakce biologicky relevantních iontů s hydratovanými proteiny
struktura a dynamika iontů v roztocích a na rozhraních
fyzikální a chemické procesy na atmosférických aerosolech
struktura, dynamika a funkce RNA a DNA
Koncepce postgraduálního studia vychází jak ze zkušeností garantů PGS, tak také odráží moderní trendy ve výpočetní chemii a molekulovém modelování.

Přijímací zkouška je jednokolová formou pohovoru, který se zaměřuje na odborné znalosti, dosavadní vědeckou a výzkumnou činnost a motivaci ke studiu zvoleného doktorského programu.
Přijímací zkouška bude probíhat především v anglickém jazyce a má 3 části:
1) Dosavadní vědecká práce uchazeče (uchazeč si připraví 3-5 minutovou prezentaci).
2) Motivace uchazeče a rámcový plán doktorské práce.
3) Prověření znalostí v oborech relevantních k počítačovému modelování (zejména fyzikální chemie a chemická fyzika).

Při přijímací zkoušce musí uchazeč prokázat odborné znalosti a předpoklady k samostatné vědecké práci.
Dále je v průběhu zkoušky zjišťována schopnost komunikace v anglickém jazyce, do českých studijních programů též v jazyce českém.

Zkouška je hodnocena maximálně 100 body. Pro přijetí ke studiu do kombinované formy musí uchazeč získat minimální počet bodů pro úspěšné složení přijímací zkoušky, který se rovná minimálnímu počtu bodů nutného pro přijetí.
Minimální počet bodů pro úspěšné složení přijímací zkoušky do prezenční i kombinované formy je stanoven na 50 bodů.

Admission to Doctoral studies is conditioned by successful completion of a Master's study programme.

Verification method:	entrance exam
Confirmation date (of entrance exam) from:	04.02.2026	Until:	05.02.2026
Alternative date (of entrance exam):	11.02.2026	Until:	12.02.2026

This Ph.D. program is an interdisciplinary study combining physical chemistry, biochemistry, and material science with the modern tools of molecular modelling. Graduates are able to solve problems in the structural and dynamical aspects of complex systems using state-of-the-art tools of computational chemistry; they are also capable of writing reports and papers in scientific journals. Graduates have presented their results at international conferences, and have experience with the preparation of grant proposals. They will be useful in various areas of science, including: materials engineering, pharmaceutical research, molecular biology, biotechnology and/or catalysis. Graduates will find positions in applied research both in the private sector and in academia.