Principles of Computers for Bioinformatics - NSWI178

• Title: Principy počítačů pro bioinformatiky
• Guaranteed by: Department of Software Engineering (32-KSI)
• Faculty: Faculty of Mathematics and Physics
• Actual: from 2023
• Semester: summer
• E-Credits: 2
• Hours per week, examination: summer s.:1/0, Ex [HT]
• Capacity: unlimited
• Min. number of students: unlimited
• 4EU+: no
• Virtual mobility / capacity: no
• State of the course: taught
• Language: Czech
• Teaching methods: full-time
• Teaching methods: full-time
• Guarantor: Mgr. Ladislav Peška, Ph.D.
• Co-requisite : NPRG030
• Incompatibility : NSWI120

Annotation

English

Last update: RNDr. Michal Kopecký, Ph.D. (09.05.2019)

The goal of this course is to introduce basic principles of computers as well as creation, storage and effective processing of data. During the course, we plan to focus on common mistakes and problems & how to avoid them, including some code examples in Python. Target audience is first year students of bioinformatics.

Czech

Last update: RNDr. Michal Kopecký, Ph.D. (09.05.2019)

Předmět je určen studentům 1. ročníku programu Bioinformatika a pokrývá základní znalosti o fungování PC, vytváření, ukládání a efektivní zpracování dat. Předmět má za cíl zaměřit se především na obvyklé problémy a chyby, které vznikají v praxi kvůli nedostatečné znalosti těchto principů. Součástí předmětu budou ukázky konkrétních řešení v jazyku Python.

Course completion requirements

English

Last update: Mgr. Ladislav Peška, Ph.D. (24.04.2020)

The course is normally concluded via written test based on the topics covered throughout the course. In the evend of continuous restrictions caused by the covid-19 epidemic outbreak, oral exams with be held instead with options to virtual attendence via videocalls.

Czech

Last update: Mgr. Ladislav Peška, Ph.D. (24.04.2020)

Předmět je standardně zakončen písemnou zkouškou v rozsahu odpřednášené látky. V případě trvající nepříznivé epidemiologické situace bude písemná zkouška nahrazena ústní s možností on-line účasti.

Syllabus

English

Last update: RNDr. Michal Kopecký, Ph.D. (09.05.2019)

• Computer architecture, processor, instructions, memory, bit-wise operations

• Linear address space, positions, pointers

• Low-level number representations, conversions, precision, basic text representations, encoding

• Selected data formats (CSV, JSON, XML, picture representations, sparse matrices, trained representations & deep learning, common formats in bioinformatics), efficiency

• Compilers, compiled vs. Interpreted languages, temporal complexity

• Parallel & distributed computing, concurrency & shared data

Czech

Last update: RNDr. Michal Kopecký, Ph.D. (09.05.2019)

• Architektura počítačů, procesor, instrukce, paměť, bitové operace

• Lineární adresový prostor (paměť, soubor,…), pozice v LAP, pointery

• Nízkoúrovňové číselné reprezentace, převody, přesnost, základní reprezentace textu, kódování

• Vybrané datové formáty (CSV, JSON, XML, reprezentace grafiky + řídké matice, trénování reprezentace dat + deep learning, běžné datové formáty v bioinformatice), efektivita datové reprezentace

• Překladače, kompilované vs. interpretované jazyky, runtime, časová náročnost

• Operační systémy, procesy, virtuální paměť, souborový systém

• Paralelní a distribuované programování, přístup ke sdíleným datům