From simple mechanical and quantum chemical methods to empirical molecular mechanical and molecular dynamical simulations. Molecular and supramolecular structures.
Last update: POSPISIL/MFF.CUNI.CZ (05.04.2008)
Posluchači se seznámí a vyzkouší si práci se širokou škálou výpočetních nástrojů sahajících od kvantově mechanických a kvantově chemických metod až po empirické - molekulárně mechanické a molekulárně dynamické simulace. Vhodné pro všechny studenty teoretických i experimentální oborů včetně učitelství a vyšších ročníků PříFUK zajímající se o molekulární a supramolekulární struktury. Náplň je možné přizpůsobit individuálnímu zájmu posluchačů.
Aim of the course -
Last update: doc. RNDr. Miroslav Pospíšil, Ph.D. (27.04.2023)
Students will get to know and work with a wide range of computational tools for database searches, molecular simulations and quantum chemical calculations.
Last update: doc. RNDr. Miroslav Pospíšil, Ph.D. (27.04.2023)
Posluchači se seznámí a budou pracovat se širokou paletou výpočetních nástrojů pro prohledávání databází, molekulárních simulací a kvantově chemických výpočtů.
Course completion requirements -
Last update: doc. RNDr. Miroslav Pospíšil, Ph.D. (27.04.2023)
A graded credit is the average mark for the submitted protocols from individual assignments prepared and evaluated by teachers.
It is probable that a significant part of the calculations can be performed remotely. It depends on the development of the current situation and you will be informed in time about any changes.
Last update: doc. RNDr. Miroslav Pospíšil, Ph.D. (27.04.2023)
Klasifikovaný zápočet je průměrná známka za odevzdané vypracované a vyučujícími ohodnocené protokoly z jednotlivých úloh.
Je pravděpodobné, že značná část výpočtů se může konat distanční formou. Závisí to na vývoji aktuální situace a a jakékoli změně budete včas informováni.
Literature -
Last update: doc. RNDr. Miroslav Pospíšil, Ph.D. (27.04.2023)
P. Comba, T.W. Hambley: Molecular Modeling of Inorganic Compouds, VCH, 1995, Weinheim.
K.I.Ramachadran, G. Deepa, K. Namboori: Computational Chemistry and Molecular Modeling, Springer-Verlag, 2008, Berlin Heidelberg.
C.V. Ciobanu, C.-Z. Wang, K.M. Ho: Atomic Structure Prediction of Nanostructures, Clusters and Surfaces, Wiley-VCH, 2013, Singapore.
Last update: doc. RNDr. Miroslav Pospíšil, Ph.D. (27.04.2023)
P. Comba, T.W. Hambley: Molecular Modeling of Inorganic Compouds, VCH, 1995, Weinheim.
K.I.Ramachadran, G. Deepa, K. Namboori: Computational Chemistry and Molecular Modeling, Springer-Verlag, 2008, Berlin Heidelberg.
C.V. Ciobanu, C.-Z. Wang, K.M. Ho: Atomic Structure Prediction of Nanostructures, Clusters and Surfaces, Wiley-VCH, 2013, Singapore.
Teaching methods -
Last update: doc. RNDr. Miroslav Pospíšil, Ph.D. (27.04.2023)
Practical exercise in the computing laboratory - work with structural databases and molecular modeling and quantum chemistry programs. The subject requires knowledge from the teaching of the Quantum Theory of Molecules, and for the successful completion of these exercises, basic knowledge of chemical bond theory is required. Subject is allowed in the form of remote access.
Last update: doc. RNDr. Miroslav Pospíšil, Ph.D. (27.04.2023)
Praktické cvičení ve výpočetní laboratoři - práce se strukturními databázemi a s programy molekulového modelování a kvantové chemie. Předmět volně navazuje na výuku Kvantové teorie molekul a pro úspěšné provedení těchto cvičení jsou požadovány základní znalosti z teorie chemické vazby, rovněž formou vzdáleného přístupu.
Syllabus -
Last update: doc. RNDr. Miroslav Pospíšil, Ph.D. (27.04.2023)
Students will get to know and try out work with a wide range of computational tools ranging from quantum mechanical and quantum chemical methods to empirical - molecular mechanical and molecular dynamic simulations. Suitable for all students of theoretical and experimental fields, including teaching and higher years of Facuty of Science, interested in molecular and supramolecular structures. The content can be adapted to the individual interest of the listeners. The subject follow on the subject Quantum Theory of Molecules, and basic knowledge of chemical bond theory is required for the successful completion of these exercises.
Last update: BURDA/MFF.CUNI.CZ (21.07.2009)
Posluchači se seznámí a vyzkouší si práci se širokou škálou výpočetních nástrojů sahajících od kvantově mechanických a kvantově chemických metod až po empirické - molekulárně mechanické a molekulárně dynamické simulace. Vhodné pro všechny studenty teoretických i experimentální oborů včetně učitelství a vyšších ročníků PříFUK zajímající se o molekulární a supramolekulární struktury. Náplň je možné přizpůsobit individuálnímu zájmu posluchačů. Předmět volně navazuje na výuku Kvantové teorie molekul a pro úspěšné provedení těchto cvičení jsou požadovány základní znalosti z teorie chemické vazby.
