Bioorganic chemistry - NBCM010

• Title: Bioorganická chemie
• Guaranteed by: Institute of Physics of Charles University (32-FUUK)
• Faculty: Faculty of Mathematics and Physics
• Actual: from 2022
• Semester: winter
• E-Credits: 5
• Hours per week, examination: winter s.:2/1, C+Ex [HT]
• Capacity: unlimited
• Min. number of students: unlimited
• 4EU+: no
• Virtual mobility / capacity: no
• State of the course: taught
• Language: Czech
• Teaching methods: full-time
• Teaching methods: full-time
• Guarantor: prof. RNDr. Marek Procházka, Ph.D.
• Classification: Physics > Biophysics and Chemical Physics
• Is pre-requisite for: NBCM012, NBCM318, NBCX012, NBCM011, NBCM018

Annotation

English

Last update: T_FUUK (25.02.2008)

Principles of biochemistry - structure and properties of important metabolites (saccharides, proteins, lipids, nucleic acids and nucleotides), enzyme catalysis.

Czech

Last update: T_FUUK (25.02.2008)

Základy biochemie - struktura a vlastnosti nejdůležitějších metabolitů (sacharidů, lipidů, proteinů, nukleových kyselin a nukleotidů), enzymatická katalýza.

Aim of the course

English

Last update: CALOUPKA/MFF.CUNI.CZ (29.04.2008)

Main goal is to familiarize students with structure and properties of the most important biomolecules and foundations of enzyme catalysis.

Czech

Last update: CALOUPKA/MFF.CUNI.CZ (29.04.2008)

Cílem předmětu je seznámit studenty se strukturou nejdůležitějších biomolekul, jejich vlastnostmi a se základy enzymové katalýzy.

Course completion requirements

English

Last update: prof. RNDr. Marek Procházka, Ph.D. (30.10.2019)

Credit is obtained by two successful tests. Credit is necessary for the exam.

Czech

Last update: RNDr. Kateřina Hofbauerová, Ph.D. (06.10.2017)

Zápočet se uděluje po úspěšném absolvování dvou testů (z organické chemie a z biochemické části).

Na zkoušku je nutný zápočet z cvičení.

Literature

English

Last update: RNDr. Kateřina Hofbauerová, Ph.D. (12.09.2017)

• D.L.Nelson, M.M.Cox: Lehninger Principles of Biochemistry, W.H.Freeman&Co., New York, 2005.

• H.R.Horton, L.A. Moran, K.G. Scrimgeour, M.D. Perry, J.D. Rawn: Principles of Biochemistry, Pearson Education, Inc., 2006.

• D.Voet, J.G. Voetová: Biochemie, Victoria Publishing, Praha, 1994.

• D.Voet, J.G. Voet: Biochemistry, Wiley, 2004.

• M.Kodíček, O. Valentová, R.Hynek: Biochemie: chemický pohled na biologický svět, VŠCHT Praha, 2015.

• Z.Vodrážka: Biochemie, Academia, Praha, 2002.

• P.Klouda: Základy biochemie, Pavel Klouda, Ostrava, 2000.

• L.Stryer: Biochemistry, New York, 1995.

• T.M.Devlin: Textbook of Biochemistry, Wiley-Liss, Inc., New York, 1993.

• R.K.Murray, D.A.Bender, K.M.Botham, P.J.Kennelly, V.W.Rodwell, P.A.Weil: Harperova ilustrovaná biochemie, Galén, 2013.

• J.McMurry: Organická chemie, VŠCHT Praha, 2015. překlad 8.vydání

• J.McMurry: Organic Chemistry, 8th edition, Cengage Learning, 2011.

• J.McMurry: Organická chemie, VŠCHT Praha, 2007.

• cvičení on-line k J.McMurry: Organická chemie http://chemistry.brookscole.com/mcmurry6e

• S.McMurry: Studijní příručka a řešené příklady k 6. vydání učebnice J. McMurry "Organická chemie", VŠCHT Praha, 2009.

• P.Hrnčiar: Organická chémia. 3., přeprac. vyd. Bratislava: Slovenské pedagogické nakladateľstvo, 1990.

• J.Pacák: Jak porozumět organické chemii, Karolinum, Praha, 1997.

• A.Janeczková, P.Klouda: Organická chemie, Pavel Klouda, Ostrava, 2001.

Czech

Last update: RNDr. Kateřina Hofbauerová, Ph.D. (02.10.2023)

• D.L.Nelson, M.M.Cox: Lehninger Principles of Biochemistry, W.H.Freeman&Co., New York, 2005.

• H.R.Horton, L.A. Moran, K.G. Scrimgeour, M.D. Perry, J.D. Rawn: Principles of Biochemistry, Pearson Education, Inc., 2006.

• D.Voet, J.G. Voetová: Biochemie, Victoria Publishing, Praha, 1994.

• D.Voet, J.G. Voet: Biochemistry, Wiley, 2004.

• M.Kodíček, O. Valentová, R.Hynek: Biochemie: chemický pohled na biologický svět, VŠCHT Praha, 2015.

• Z.Vodrážka: Biochemie, Academia, Praha, 2002.

• P.Klouda: Základy biochemie, Pavel Klouda, Ostrava, 2000.

• L.Stryer: Biochemistry, New York, 1995.

• T.M.Devlin: Textbook of Biochemistry, Wiley-Liss, Inc., New York, 1993.

• R.K.Murray, D.A.Bender, K.M.Botham, P.J.Kennelly, V.W.Rodwell, P.A.Weil: Harperova ilustrovaná biochemie, Galén, 2013.

• J.McMurry: Organická chemie, VŠCHT Praha, 2015. překlad 8.vydání

• J.McMurry: Organická chemie, VŠCHT Praha, 2007. překlad 6.vydání

• cvičení on-line k J.McMurry: Organická chemie http://chemistry.brookscole.com/mcmurry6e

• S.McMurry: Studijní příručka a řešené příklady k 6. vydání učebnice J. McMurry "Organická chemie", VŠCHT Praha, 2009.

• P.Hrnčiar: Organická chémia. 3., přeprac. vyd. Bratislava: Slovenské pedagogické nakladateľstvo, 1990.

• J.Pacák: Jak porozumět organické chemii, Karolinum, Praha, 1997.

• A.Janeczková, P.Klouda: Organická chemie, Pavel Klouda, Ostrava, 2001.

• F.Liška: Konstituce, konformace, konfigurace v organickém názvosloví, Preferované IUPAC názvy (PIN), VŠCHT Praha, 2023. 2. vydání

Teaching methods

English

Last update: RNDr. Kateřina Hofbauerová, Ph.D. (27.09.2022)

In the winter semester 2022/2023, we will teach the subject Bioorganic Chemistry face-to-face. If an unfavorable epidemiological situation were to occur, distance learning would take place in the MS Teams environment. This fact would be communicated to enrolled students by email.

Czech

Last update: RNDr. Kateřina Hofbauerová, Ph.D. (27.09.2022)

V zimním semestru 2022/2023 budeme přednášet předmět Bioorganická chemie prezenčně. Pokud by nastala nepříznivá epidemiologická situace, tak by distanční výuka proběhla v prostředí MS Teams. Tato skutečnost by byla oznámena zapsaným studentům e-mailem.

Requirements to the exam

English

Last update: prof. RNDr. Marek Procházka, Ph.D. (30.10.2019)

Test and oral exam.

Czech

Last update: RNDr. Kateřina Hofbauerová, Ph.D. (30.09.2019)

Zkouška se skládá z části písemné formou testu a ústní. Úspěšné složení písemné části je nutnou podmínkou pro část ústní.

Syllabus

English

Last update: prof. RNDr. Marek Procházka, Ph.D. (01.10.2013)

I. BASIS OF ORGANIC CHEMISTRY

• chemical bond, organic nomenclature, reactions in organic chemistry, hydrocarbons, hydrocarbon derivatives, important heterocycles)

• water properties

II. SACCHARIDES AND GLYKOBIOLOGY

• monosaccharides and disaccharides

• oligosaccharides and polysaccharides

• glycoconjugates (proteoglycans, glycoproteins, glycolipids)

III. LIPIDS, BIOMEMBRANES AND TRANSPORT

• definition, nomenclature, chemical properties and reactions

• fatty acids

• storage lipids - triacylglycerols (fat vs. oil), waxes

• membrane lipids - phospholipids, sphingolipids, galactolipids and sulpholipids

• eikosanoids (prostaglandins, leukotriens, thromboxans)

• isoprenoids - terpenoids and steroids

IV. NUCLEOTIDES AND NUCLEIC ACIDS

• bases, nucleosides, nucleotides and nucleic acides

• bases - tautomery, pK

• nucleic acid structure

• nucleic acid chemistry

V. AMINO ACIDS, PEPTIDES AND PROTEINS

• amino acids

• peptides, peptide bond

• proteins

• 3D structure of proteins (primary, secondary, tertiary and quaternary structure of proteins)

• denaturation and protein folding

VI. ENZYMES AND CATALYSIS

• enzyme function, enzymatic reactions

• enzyme kinetice, inhibition

• allostery, allosteric enzymes

• coenzymes, cofactors and prosthetic groups

• vitamins

Czech

Last update: prof. RNDr. Marek Procházka, Ph.D. (21.01.2019)

I. ZÁKLADY ORGANICKÉ CHEMIE

• chemická vazba, názvosloví organických sloučenin, izomerie, typy reakcí v organické chemii, uhlovodíky, funkční deriváty, důležité heterocykly)

• voda a její vlastnosti

II. SACHARIDY A GLYKOBIOLOGIE

• monosacharidy (izomerie, hemiacetálové formy, reakce, deriváty, glykosidická vazba)

• oligosacharidy a polysacharidy

• glykokonjugáty (proteoglykany, glykoproteiny, glykolipidy)

III. LIPIDY, BIOMEMBRÁNY A TRANSPORT

• definice, názvosloví, rozdělení, chemické vlastnosti a reakce

• mastné kyseliny a jejich vlastnosti

• jednoduché lipidy - acylglyceroly (tuky, oleje), vosky

• složené lipidy - fosfolipidy, sfingolipidy, galaktolipidy a sulfolipidy

• eikosanoidy (prostaglandiny, leukotrieny, thromboxany)

• isoprenoidy - terpenoidy a steroidy

IV. NUKLEOTIDY A NUKLEOVÉ KYSELINY

• base, nukleosidy, nukleotidy a nukleové kyseliny

• base - tautomerie, pK

• struktura DNA/RNA

V. AMINOKYSELINY, PEPTIDY A PROTEINY

• definice, chemické reakce a fyzikálně-chemické vlastnosti (optická aktivita, amfionty, IEB, pK)

• základní aminokyseliny

• peptidy - definice, peptidová vazba

• bílkoviny

• 3D struktura proteinů (primární, sekundární, terciární a kvartérní struktura proteinů)

• denaturace, sbalování proteinů

VI. ENZYMY A ENZYMOVÁ KATALÝZA

• definice, vlastnosti, funkce, rozdělení a názvosloví

• Michaelisova teorie kinetiky enzymatických reakcí

• allosterie, allosterické enzymy

• koenzymy a prostetické skupiny

• vitamíny