Processing and management of biological data - MC250P79

• Title: Zpracování a správa biologických dat
• Czech title: Zpracování a správa biologických dat
• Guaranteed by: Department of Biochemistry (31-250)
• Faculty: Faculty of Science
• Actual: from 2023
• Semester: winter
• E-Credits: 2
• Examination process: winter s.:
• Hours per week, examination: winter s.:2/0, Ex [HT]
• Capacity: unlimited
• Min. number of students: unlimited
• 4EU+: no
• Virtual mobility / capacity: no
• State of the course: taught
• Language: Czech
• Note: enabled for web enrollment
• Guarantor: prof. RNDr. Jiří Vondrášek, CSc.
• Teacher(s): Mgr. Kateřina Balážová Faltejsková; prof. RNDr. Jiří Vondrášek, CSc.

Annotation

Last update: RNDr. Michaela Čermáková, Ph.D. (21.08.2023)

Kurz Zpracování a správa biologických dat je motivován zejména rostoucím množstvím produkovaných dat z biologického výzkumu a rostoucí nutností spolupráce experimentálních pracovníků s bioinformatiky a datovými analytiky. Je zamýšlen jako základní kurz práce s biologickými daty především pro experimentalisty. Absolvent kurzu bude schopen udržitelně spravovat a sdílet vyprodukovaná biologická data a bude rozumět důležitosti korektní správy dat. Dále bude schopen provádět základní exploratorní analýzu pomocí Pythonu, konkrétně Jupyter Notebook.

Requirements to the exam

Last update: RNDr. Michaela Čermáková, Ph.D. (21.08.2023)

Zkouška v rozsahu sylabu, ústní formou.

Syllabus

Last update: RNDr. Michaela Čermáková, Ph.D. (21.08.2023)

Základy exploratorní analýzyÚvod do zobrazovacích technik v Pythonu (Jupyter notebook)
Principal Component Analysis (PCA)
Fittování, odšumování, signal-to-noise ratio
Design experimentu s ohledem na statistickou významnost

Technické zajištění
Odhad předpokládané produkce dat, overview hardwaru
Metadata a dokumentace, zdůvodnění, verzování
Standardní formáty, cs/eng language a decimal point
Troubleshooting na online fórech – jak se ptát, kde se ptát
Github

Specifické přístupy k různým druhům dat
Genomická data, formáty, specifika zpracování
Strukturní data, formáty, specifika zpracování
MD data, formáty, specifika zpracování