SubjectsSubjects(version: 945)
Course, academic year 2023/2024
   Login via CAS
Proteomics and biopolymers primary structure determination - MC250P60N
Title: Proteomika a metody studia primární struktury biopolymerů
Czech title: Proteomika a metody studia primární struktury biopolymerů
Guaranteed by: Department of Biochemistry (31-250)
Faculty: Faculty of Science
Actual: from 2019
Semester: winter
E-Credits: 3
Examination process: winter s.:
Hours per week, examination: winter s.:2/0, Ex [HT]
Capacity: unlimited
Min. number of students: 5
4EU+: no
Virtual mobility / capacity: no
State of the course: taught
Language: Czech
Note: enabled for web enrollment
Guarantor: RNDr. Petr Novák, Ph.D.
Teacher(s): RNDr. Petr Man, Ph.D.
RNDr. Petr Novák, Ph.D.
Incompatibility : MC250P60
Annotation -
Last update: RNDr. Petr Man, Ph.D. (03.11.2023)
The goal of this course is the introduction into the methods of biological mass spectrometry. During the course, participants should get a rough idea about mass spectrometry and separation techniques that are commonly used for biopolymers primary structure determination. Principles of "soft" ionization techniques and mass analyzers will be introduced. Mechanisms of biopolymers fragmentation and data interpretation will be described as well. Also, different sample preparation approaches will be mentioned for particular biopolymer and the type of analysis.


Videos Peterslab Youtube - https://www.youtube.com/@peterslab7464/videos
Literature -
Last update: RNDr. Michaela Čermáková, Ph.D. (13.06.2014)

Richard J. Simpson "Proteins and Proteomics" Cold Spring Harbor Laboratory Press, New York 2003

A. L. Burlingame, Steven A. Carr, Michael A. Baldwin "Mass spectrometry in Biology and Medicine" Humana Press, New Jersey 2000

Aebersold R, Goodlett DR. "Mass spectrometry in proteomics." Chem Rev. 2001 101(2):269-95.

Griffin TJ, Goodlett DR, Aebersold R." Advances in proteome analysis by mass spectrometry." Curr Opin Biotechnol. 2001;12(6):607-12.

Requirements to the exam - Czech
Last update: RNDr. Petr Man, Ph.D. (30.09.2020)

Písemná část zkoušky se skládá z deseti otázek. Každá je za jeden bod. K ústní části zkoušky jsou připuštěni jen studenti, kteří z písemnné části získali šest (60%) a více bodů. Případné alternativní způsoby složení zkoušky budeme řešit v návaznosti na aktuální epidemiologickou situaci.

Syllabus - Czech
Last update: RNDr. Petr Man, Ph.D. (19.02.2019)

1) Úvod do hmotnostní spektrometrie
2) Ionizační techniky
3) Hmotnostní analyzátory a detektory iontů
4) Interpretace spekter biopolymerů
5) Tandemová hmotnostní spektrometrie - identifikace a kvantifikace proteinů
6) Určení místa a typu post-translační modifikace proteinů
7) Kvantitativní proteomika

 
Charles University | Information system of Charles University | http://www.cuni.cz/UKEN-329.html