Last update: Mgr. Petr Jeřábek, Ph.D. (05.10.2023)
Subject of this course are internet databases and computational tools that are useful for biochemists. First, a short introduction to bioinformatics will be given. Introduction of the most important protein and DNA databases follows. Also basic tools of bioinformatics will be introduced, e.g. comparison of protein and DNA databases, searching for relative proteins, detection of key amino acids for proteins function. In the next part of this course, databases of macromolecular structures along with tools for their visualization will be discussed and exercised. Drawing chemical structures using ChemSketch software will be practiced as well. At the end, most important bibliographic databases and citation manager Zotero will be shown.
In case Erasmus students enroll in this course, lectures will be given in English.
The subject is lectured on-line using Zoom software https://cesnet.zoom.us/j/92896267436?pwd=bnZMbnNuWk5zTGpYY3I2QlBxZ05Udz09
Last update: Mgr. Petr Jeřábek, Ph.D. (05.10.2023)
Předmětem tohoto kurzu je Internet a služby, které jsou důležité pro chemiky a především biochemiky. Úvodem budou studenti seznámeni se základními pojmy a problematikou internetu, prohlížečů a bezpečnosti webového prostředí. Dále budou předvedeny a procvičeny vyhledávače a chemické servery (např. nomenklatura sloučenin, vlastnosti sloučenin). Následující výuka bude zaměřena na databáze literárních odkazů, zejména Medline a WOS, a bude probrán způsob vyhledání potřebných literárních zdrojů v knihovnách a v on-line časopisech nabízejících plné texty. Studentům budou představeny proteinové databáze a předvedeno vyhledávání např. proteinových sekvencí, příbuzností proteinů, sekvenčních alignmentů a řada predikčních služeb. Kurz bude dále směrován na databáze 3D struktur makromolekul a 3D prohlížeče. Speciální pozornost bude věnována prohlížeči Swiss PDB Viewer a PyMol, které budou detailně procvičeny.
V případě, že si tento předmět zapíší studenti programu Erasmus, bude vyučovacím jazykem angličtina.
Předmět je vyučován distančně prostřednictvím programu Zoom https://cesnet.zoom.us/j/92896267436?pwd=bnZMbnNuWk5zTGpYY3I2QlBxZ05Udz09
Aim of the course -
Last update: HPTEST/NATUR.CUNI.CZ (23.11.2009)
The course is aimed to help students to be well oriented in Internet databases and to show where and how to mine reliable and relevant information.
Last update: HPTEST/NATUR.CUNI.CZ (23.11.2009)
Cílem kurzu je představit Internet jako databázi a především ukázat způsob, jak a odkud získat relevantní a věrohodné informace.
Literature -
Last update: Mgr. Petr Jeřábek, Ph.D. (14.02.2024)
Software manuals and on-line help are recommended study sources for the course. Handouts for lectures are not provided.
Last update: Mgr. Petr Jeřábek, Ph.D. (14.02.2024)
Doporučenou literaturou jsou operační manuály jednotlivých programů a nápovědy on-line služeb. Zkouška bude praktická, při níž studenti prokáží schopnost použít osvojené skušenosti pro řešení zadaných problémů. Podklady k jednotlivým přednáškám nejsou v elektronické formě k dispozici.
Requirements to the exam -
Last update: Mgr. Petr Jeřábek, Ph.D. (14.02.2024)
As their exams, students are going to solve practical tasks using computers. Students are allowed to use any source of information (personal notes, books, Google serch, ...).
Last update: Mgr. Petr Jeřábek, Ph.D. (14.02.2024)
Zkouška probíhá praktickou formou na počítači, kdy student řeší zadané problémy. Ke zkoušce jsou povoleny libovolné materiály (osobní poznámky, knihy, vyhledávání pomocí Google, ...).
Syllabus -
Last update: Mgr. Petr Jeřábek, Ph.D. (14.02.2024)
1. Brief introduction to bioinformatics
2. Protein and DNA databases (Uniprot, GenBank, e.g.)
3. Basic bioinformatics tools (BLAST, pairwise and multiple sequence alignment analysis with Jalview software)
4. Structural databases (Protein Data Bank, e.g.)
5. Vizualization of biomolecules using PyMol software
6. Drawing chemical structures using ChemSketch software
7. Bibliographic databases (PubMed, Web of Science) and other information resources
8. Citation manager Zotero
Last update: Mgr. Petr Jeřábek, Ph.D. (14.02.2024)
1. Stručný úvod do bioinformatiky
2. Proteinové a DNA databáze (Uniprot, GenBank, aj.)
3. Základní bioinformatické nástroje (BLAST, porovnání DNA a proteinových sekvencí v programu Jalview)
4. Strukturní databáze (Protein Data Bank)
5. Vizualizace biomolekul pomocí programu PyMol
6. Kreslení chemických struktur v programu ChemSketch
7. Bibliografické databáze (PubMed, Web of Science, aj.)
