Practicum of Ecomorphology and evolutionary ecology - MB170P117

• Title: Praktikum z ekomorfologie a evoluční ekologie
• Czech title: Praktikum z ekomorfologie a evoluční ekologie
• Guaranteed by: Department of Zoology (31-170)
• Faculty: Faculty of Science
• Actual: from 2020
• Semester: summer
• E-Credits: 1
• Examination process: summer s.:
• Hours per week, examination: summer s.:0/2, C [DS]
• Capacity: unlimited
• Min. number of students: 8
• 4EU+: no
• Virtual mobility / capacity: no
• State of the course: taught
• Language: Czech
• Note: enabled for web enrollment
• Guarantor: prof. RNDr. Daniel Frynta, Ph.D.; RNDr. Petra Frýdlová, Ph.D.
• Teacher(s): RNDr. Petra Frýdlová, Ph.D.; prof. RNDr. Daniel Frynta, Ph.D.; RNDr. Eva Landová, Ph.D.

Annotation

English

Last update: RNDr. Petra Frýdlová, Ph.D. (04.01.2023)

This course deals with particular model exercises from evolutionary ecology. Students become acquainted with
application of basic morphometric, statistic and phylogenetic methods, which are traditionally used in
ecomorphology. The demonstration of the basic ecomorphological adaptations in zoological collections will be
supplemented with the solving of the specific model problems using real datasets.
The aim of the course is to inform students of intrataxonomic diversification of shapes and sizes in selected groups
of animals and their ecomorphological and phylogentical interpretation.

Czech

Last update: RNDr. Petra Frýdlová, Ph.D. (04.01.2023)

Cvičení je zaměřeno na řešení konkrétních modelových evolučně-ekologických úloh. Studenti se při té příležitosti
seznámí s použitím základních morfometrických, statistických a fylogenetických metod používaných v
ekomorfologii. Praktikum bude probíhat jednak demonstrací ekomorfologických adaptací zvířat k životu na
sbírkovém materiálu. Dále formou analýzy reálných dat.
Celé praktikum má za cíl seznámit studenty na příkladu vybraných skupin živočichů s vnitrotaxonovou diversitou
tvarů a velikostí a její ekomorfologickou a fylogenetickou interpretací.

Requirements to the exam

English

Last update: RNDr. Petra Frýdlová, Ph.D. (20.02.2017)

Short homeworks and the presence on the courses are required.

Czech

Last update: RNDr. Petra Frýdlová, Ph.D. (20.02.2017)

Zápočet bude udělen za účast na praktiku a vypracování krátkých domácích úloh.

Syllabus

English

Last update: RNDr. Petra Frýdlová, Ph.D. (04.01.2023)

1. Analysis of body size and body shape on the model species of leopard gecko. Application of various growth models (Statistica). 
2. The second task is focused on the comparison of geometric (tpsUTIL, tpsDIG, CoordGen, TMorphGen, BigFix, PCAGenCVAGen, TwoGroup, MorphoJ) and linear morphometry. 
3. Effect of phylogeny on biological data. Familiarization with Mesquite, which is meant for phylogenetic analysis, creation of cladograms, phylogenetic corrections of quantitative data, reconstruction of ancestral states and Felsenstein's independent contrasts. Comparison with other phylogenetic programs (Compare, R Ape package)

Czech

Last update: RNDr. Petra Frýdlová, Ph.D. (04.01.2023)

1. První úloha se bude věnovat analýze velikosti a tvaru těla na modelové skupině gekončíka nočního.  Analýza růstových dat, aplikace jednotlivých růstových modelů (Statistica). 
2. Druhá úloha je zaměřena na geometrickou morfometrii. Studenti se na fotografiích vybraných zástupců primátů naučí pracovat se základními programy pro geometrickou morfometrii (tpsUTIL, tpsDIG, CoordGen, TMorphGen, BigFix, PCAGenCVAGen, TwoGroup, MorphoJ). Srovnání s klasickou morfometrií. 
3. Seznámení s problematikou fylogenetického signálu v biologických datech. Práce s programem Mesquite určeným k fylogenetickým analýzám, tvorba kladogramů, fylogenetická korekce pro kvantitativní data, rekonstrukce ancestrálního stavu znaku, metoda nezávislých kontrastů. Porovnání s dalšími programy pro fylogenetické korekce (Compare, R balíček Ape)