Last update: doc. RNDr. Petr Folk, CSc. (06.07.2021)
The lectures can be given in English. Protein-protein and protein-DNA interactions play central roles in signal and energy transduction within the cell. In the first part, the course reviews principal signaling pathways such as calcium and phospholipid signaling, trimeric G-protein coupled signaling, MAPK cascades, or growth factor receptor signaling, among others. In the second and main part, important classes of regulatory proteins are presented in more detail, illustrating the structure-function relationship, significance for oncogenesis, and latest advancements in the field. Major topics: Protein serine kinases, protein tyrosine kinases, lipid kinases, phospholipases, adenylate and guanylate cyclases, protein domains important in signaling, growth factor and cytokine receptors, adaptor proteins, small G proteins, MAPK cascades, focal adhesion signaling, important classes of transcription factors and their modes of regulation, coactivators of transcription factors, complexes for modification and remodeling of chromatin, preinitiation complex of RNAPolII, nuclear structure and gene expression. MOLECULAR CELL BIOLOGY, 4th edition, 2000, LODISH, H., BERK, A., ZIPURSKY, S.L., MATSUDAIRA, P., BALTIMORE, D., DARNELL; J. W. H. Freeman and Company, New York; ISBN 0-7167-3136-3 Protein kinase functions, J. Woodget, Oxford University Press; ISBN 0-19-963770-9 Protein-Protein recognition, C. Kleanthous, Oxford University Press; ISBN 0-19-963760-1.
Literature - Czech
Last update: doc. RNDr. Petr Folk, CSc. (06.07.2021)
Biochemistry of Signal Transduction and Regulation, Second Edition, 2001, G. Kraus
Introduction to Protein Structure, Second Edition, 1999, C. Branden, J. Tooze
ISBN: 0-8153-2305-0
vybrané kapitoly
Frontiers in Molecular Biology Serie:
Protein Kinase Functions, 2000, J. Woodget, ed. ISBN: 0-19-963770-9
Protein/Protein Recognition, 2000, C. Kleanthous ISBN: 0-19-963760-1
Chromatin Structure and Gene Expression, Second ed., 2000, S.C.R. Elgin & J.L. Workman eds. ISBN: 0-19-963890-X
vybrané kapitoly
Topikální přehledné články
Science Transduction Knowledge Environment
Prerequisites a literatura pro všeobecný přehled o problematice :
Molecular Biology of the Cell, Fourth Edition, 2002, B. Alberts et al.
ISBN: 0-8153-4072-9
Parts
I-3 - Proteins
II-7 - Control of Gene Expression
IV-15 - Cell Communication
Kapitoly o přenosu signálu/ molekulární fyziologii v učebnicích Cell and Molecular Biology, Biochemistry atp.
Requirements to the exam
Last update: doc. RNDr. Petr Folk, CSc. (26.05.2019)
The course in concluded by oral exam. For Erasmus students, effort will be made to accomodate various backgrounds and curricula of the students. Basic understanding of cell signaling as covered in, e.g., the textbooks of Molecular and Cellular Biology is required as minimum.
Syllabus -
Last update: doc. RNDr. Petr Folk, CSc. (06.07.2021)
Up-to-date english version of the syllabus is available upon request.
Last update: doc. RNDr. Petr Folk, CSc. (06.07.2021)
Obecné charakteristiky buněčných signálních sítí
Kontextualita odpovědi na sledovaný signál, specificita receptorů vůči "prvním poslům"
Zesílení signálu na cestě od receptoru k efektorům, rozbíhání a sbíhání drah, existence uzlů, crosstalk
Kompartmentalizace přenosů pomocí membrán a proteinových skeletů
Vysoká mobilita signálních komponent
Kódování signálu amplitudou a frekvencí změny koncentrace "posla"
Využití reverzibilních posttranslačních modifikací , indukce proximity jako signál
Modulární výstavba signálních proteinů, rekogniční kódy, kombinatorická komplexita signálních elementů
Využití proteinových a RNA-"lešení" pro vznik signálních partikulí, využití řízeného foldingu a řízené proteolýzy signálních proteinů
Kooperativní charakter buněčných odpovědí , kvantitativní limity pro vznik kvalitativních změn, konsolidace signálu
