From genome to proteome - MB140P62

• Title: Od genomu k proteomům
• Czech title: Od genomu k proteomům
• Guaranteed by: Department of Genetics and Microbiology (31-140)
• Faculty: Faculty of Science
• Actual: from 2020 to 2023
• Semester: summer
• E-Credits: 3
• Examination process: summer s.:oral
• Hours per week, examination: summer s.:2/0, Ex [HT]
• Capacity: unlimited
• Min. number of students: unlimited
• 4EU+: no
• Virtual mobility / capacity: no
• State of the course: taught
• Language: Czech
• Level: specialized
• Note: enabled for web enrollment
• Guarantor: doc. Mgr. Libor Krásný, Ph.D.
• Teacher(s): doc. Mgr. Libor Krásný, Ph.D.

Annotation

English

Last update: doc. Mgr. Libor Krásný, Ph.D. (25.10.2019)

The lecture is based on primary data from original research papers. The lecture illustrates how models of biological processes are derived from experimental data. The aim of the lecture is to stimulate the ability to critically evaluate and interpret experimental results. The lecture expects the knowledge of the basics of molecular biology. However, experimental approaches required for understanding the experiments will be explained. THE FOCUS WILL BE ON LOGICAL THINKING AS OPPOSED TO DATA-MEMORIZING.

Czech

Last update: RNDr. Michaela Schierová, Ph.D. (26.10.2019)

Přednáška je založena na primárních datech z publikací. Přednáška ilustruje, jak dojde k vytvoření modelů/představ o funkci buňky na základě konkrétních exprimentálních výsledků. Cílem přednášky je prohloubit kritické přemýšlení o experimentech a jejich interpretaci. Přednáška předpokládá základní znalosti molekulární biologie. Nicméně, experimentální přístupy/informace nutné k pochopení budou vysvětleny. DŮRAZ BUDE KLADEN NA LOGIKU MYŠLENÍ A NIKOLI MEMOROVÁNÍ INFORMACÍ.

Literature

English

Last update: RNDr. Michaela Schierová, Ph.D. (26.10.2019)

Recommended scientifique papers.

Czech

Last update: RNDr. Irena Lichá, CSc. (26.09.2012)

Studenti budou mit k dispozici vybrané experimenty z vybraných odborných článků.

Requirements to the exam

English

Last update: RNDr. Irena Lichá, CSc. (08.08.2019)

students will be evaluated on the basis of a written test.

Czech

Last update: RNDr. Irena Lichá, CSc. (08.08.2019)

studenti budou hodnoceni na základě písemného testu

Syllabus

English

Last update: RNDr. Michaela Schierová, Ph.D. (26.10.2019)

The lecture is based on primary data from original research papers. The lecture illustrates how models of biological processes are derived from experimental data. The aim of the lecture is to stimulate the ability to critically evaluate and interpret experimental results. The lecture expects the knowledge of the basics of molecular biology. However, experimental approaches required for understanding the experiments will be explained. THE FOCUS WILL BE ON LOGICAL THINKING AS OPPOSED TO DATA-MEMORIZING.

Czech

Last update: RNDr. Irena Lichá, CSc. (13.02.2020)

1. DNA
DNA, genom (anotace genomů), organizace, proteiny vázající genom, replikace - regulace elongace replikace, kolize repl. a transkripce, nukleové kyseliny jako "počítače".
2. RNA I
Transkripce: iniciace tnx v detailu-kinetika (např. closed, open complex), malé molekulové effektory (ppGpp, iNTP), elongace, pausing, terminace, prokaryotická "čepička", nanoRNA.
3. RNAII
Transkripce, alternativní sigma faktory (sigma K), transkripční faktory,transkriptomické experimenty: microarrays, chip on chip, RNAseq.
4. Regulace genové exprese
Riboswitches, phosphoswitches, ribozymes.
5. Malé RNA
Malé RNA v bakteriích (6S RNA, tmRNA, porovnání s eukaryoty).
6. Adaptace na nepříznivé podmínky
Kaskáda sigma faktorů - kompetence - kanibalismus - sporulace, bistabilita, bet hedging, Deinococcus, systémy toxin-antitoxin.
7. Tvar buňky
Buňka jako celek/tvar - MreB, spirály MinCDE, lokalizace, nanotubes.
8. Regulace translace.
9. Proteiny
Proteomy a další -omy, přístupy, výsledky, modely / databáze.
10. Syntetická biologie -  vznik, přístupy; aplikace základního výzkumu