New series of lectures introduces students to selected topics in molecular biology and genetics. The first part of the course
consists of several advanced lectures concerning detailed mechanisms of eukaryotic translation, RNA metabolism and
control of gene expression on the posttrancriptional level. The rest of lectures - some of them held by external speakers - is
an overview of the most important findings in genomics, molecular biology of Eukaryotes and their viruses as well as new
significant techniques in the field. Course aims at teaching the biological and medicine science students at undergraduate
and graduate levels.
Last update: RNDr. Irena Lichá, CSc. (14.05.2009)
Nové kolo přednášek seznamujících posluchače s novinkami v oboru molekulární biologie. První část kurzu sestává z
několika na sebe navazujících přednášek o detailním mechanizmu eukaryotické translace, metabolizmu RNA a způsobům
posttranskripční regulace genové exprese. Druhá část přednášek pak nabízí aktuální přehled z oborů genomiky,
molekulární biologie Eukaryot a jejich virů a také moderních metod genového inženýrství a to formou semináře částečně
vyplněného přednáškami pozvaných odborníků. Kurz je určen pro magisterské studenty a doktorandy všech biologických a
lékařských oborů.
Literature -
Last update: RNDr. Tomáš Mašek, Ph.D. (12.05.2011)
Recommended literature:
Translational control in biology and medicine (Michael B. Mathews, Nahum Sonenberg, John W.B. Hershey, eds.), Cold Spring Harbor Monograph Series, Monograph 48, CSHL, 2007, ISBN 978-087969767-9
Recent issues of Nature, Science, PNAS, NAR and RNA journal.
Last update: RNDr. Tomáš Mašek, Ph.D. (12.05.2011)
Doporučená literatura:
Translational control in biology and medicine (Michael B. Mathews, Nahum Sonenberg, John W.B. Hershey, eds.), Cold Spring Harbor Monograph Series, Monograph 48, CSHL, 2007, ISBN 978-087969767-9
Posledni ročníky časopisů Nature, Science, PNAS, NAR a RNA journal.
Requirements to the exam -
Last update: RNDr. Tomáš Mašek, Ph.D. (22.12.2011)
Exam consists of two parts. First, the short test is needed to pass (6 questions, possibility of more correct answers, at least one correct answer, PhD students can skip this part of the exam). The second part has two questions usually covering broad range of subject matter, notes from lectures are allowed, not downloaded presentations).
Last update: RNDr. Tomáš Mašek, Ph.D. (22.12.2011)
Zkouška se skládá z krátkého testu (6 otázek, možnost několika správných odpovědí, vždy alespoň jedna správná odpoveď, studenti PhD test nevyplňují)a písemné části, která se skládá ze 2 otázek (většinou zaměřených na větší objem probrané látky, studenti v prvním termínu mohou použít své poznámky z přednášek, nikoliv však stažené prezentace).
Syllabus -
Last update: RNDr. Irena Lichá, CSc. (14.05.2009)
1. Structure of ribosome, initiation and elongation factors, translation initiation mechanism
2. Translation elongation and termination phases, eukaryotic versus prokaryotic translation, translation in plants
3. Overview of initiation site selection mechanisms, cap-dependent translation, IRES elements, re-initiation, ribosome shunting and hoping, programmed translational frameshifting, control of translation by upstream short ORF, termination codon read-through
4. Signaling to translation initiation and elongation, mTOR, TOP mRNAs, regulation of translation by amino acids, GCN4 paradigm, eIF2 kinases
5. Translational control during stress, heat shock response, interface of mRNA turnover and translation, RNA degradation, NMD, P-bodies, influence of polyadenylation on translation, translation through mRNA localization
6. Viral Translational Strategies and host defense mechanisms, Pikornaviruses, Reoviruses, Adenoviruses, influenza and Poxviruses
7. Translational control of developmental decisions, translation and miRNA, translation regulation in neurons, learning and memory, translational control in cancer development and during apoptosis, translational control in metabolic diseases, therapeutic opportunities in translation
8. Sequencing projects, comparative genomics and its applicability in current biology
9. SELEX and broad application of aptamers
10. 4E- family of initiation factors and control of gene expression
11. Cap structures and synthesis, capping enzymes, different types of mRNA 5´-ends in Eukaryotes, techniques to study capping
12. New advances in high-throughput technologies used in molecular biology, sequencing, microarrays, SAGE, qRT-PCR, etc.
13. Biology of Hepatitis C virus and related Flaviviruses, viral infection and host defense, searching for target for antiviral therapy
Last update: RNDr. Irena Lichá, CSc. (14.05.2009)
1. Struktura ribozómu, iniciační a elongační translační faktory, proces iniciace translace
2. Elongace a terminace translace, společné znaky eukaryotické a prokaryotické translace, specifika translace u rostlin
3. Způsoby iniciace translace, na čepičce závislá translace, IRES elementy, reiniciace, recycling, ribosome shunting and hoping, kontrola genové exprese pomocí translačního frameshiftu, uORF a pročítání terminačního kodónu
4. Signální dráhy regulující aktivitu translace, mTOR, TOP mRNAs, kontrola translace dostupnými aminokyselinami, GCN4 systém, eIF2 kinázy, regulace elongace
5. Kontrola translace během stresu, teplotního šoku, spojení mRNA metabolizmu a translace, degradace RNA, NMD, P-bodies, polyadenylace a translace, lokalizovaná translace
7. regulace translace během vývoje, miRNA a translace, translace a paměť, translační kontrola během rakoviny a apoptózy, translace a metabolické poruchy, terapie
8. Sekvenační projekty, srovnávací genomika a její využití v současné biologii a medicíně.
9. SELEX a všestranné použití aptamérů
10. Translační iniciační faktory 4E a kontrola genové exprese
11. Struktura čepičky, mechanizmus syntézy, konce eukaryotických a virových transkriptů, metody studia
12. Přehled moderních vysokoprůchodných technologií používaných v molekulární biologii - sekvenování, mikroarrays, SAGE, qRT-PCR, atd.
13. Biologie viru hepatitidy C a příbuzných flavivirů, interakce s hostitelem, hledání vhodné terapie
