Last update: RNDr. Hana Španielová, Ph.D. (24.10.2019)
Two-week group practical classes are designed to illustrate the topics covered in the lecture and to train students with diploma specialization in virology. Students gain familiarity with the fundamental laboratory methods commonly used not only in virology (work with cell cultures, isolation, purification and quantification of viruses, analyses of viral products) and with the use of viruses in the molecular biology (baculovirus expression vectors) and biomedicine.
Last update: Mgr. Vojtěch Šroller, Ph.D. (05.10.2021)
Dvoutýdenní turnusový kurz, který po metodické stránce rozšiřuje přednášky z virologie, je určen pro studenty s diplomním zaměření virologie a molekulární biologie. V průběhu kurzu se studenti teoreticky i prakticky seznamují se základními metodami používanými nejen ve virologii (práce s tkáňovými kulturami, izolace, purifikace a kvantifikace viru, analýza virových produktů) a možnostmi využití virů v molekulární biologii (bakulovirový expresní systém) i biomedicínských oborech; součástí kurzu je i trénink návyků nutných pro práci s pathogeny v laboratoři s úrovní technického zabezpečení 2 (ÚTZ-2).
Literature -
Last update: RNDr. Hana Španielová, Ph.D. (24.10.2019)
David R. OďReilly, Lois K. Miller, Verne A. Luckov: Baculovirus Epression Vectors: a laboratory manual, W.H. Freeman and Company, New York 1992.
Bernard N. Fields, David M. Knipe, Peter M. Howley: Fundamental Virology 3rd ed, Lippincott-Raven, Philadelphia 1996.
Last update: SRBA (19.08.2002)
Literatura:
David R. OďReilly, Lois K. Miller, Verne A. Luckov: Baculovirus Epression Vectors: a laboratory manual, W.H. Freeman and Company, New York 1992.
Bernard N. Fields, David M. Knipe, Peter M. Howley: Fundamental Virology 3rd ed, Lippincott-Raven, Philadelphia 1996.
Martin Krčmář, Beda Břicháček: Molekulárně biologické metody ve virologické diagnostice, IDVPZ Brno, 1993.
Requirements to the exam -
Last update: RNDr. Hana Španielová, Ph.D. (24.10.2019)
Requirements - assesment methods and criteria linked to learning outcomes: The course-unit credit is awarded on condition of having attended the practice (4 hours of excused absence during the whole practice). To obtain the credit, it is also necessary to pass the final test with 75% success rate, hand in solving theoretical problem tasks and a protocol to practical tasks in the form of a scientific paper in the prescribed term and form. These documents can be returned only after consultation for revision only once.
Last update: RNDr. Hana Španielová, Ph.D. (24.10.2019)
Podmínky splnění předmětu:
Udělení zápočtu je podmíněno aktivní účastí na praktiku (jsou povolené 4 hodiny řádně omluvené absence během celého turnusového praktika). Pro získání zápočtu je dále třeba absolvovat výstupní test se 75% úspěšností (9 otevřených testových otázek), odevzdat řešení teoretických problémových úloh a protokol k praktickým úlohám ve formě vědeckého článku v předepsaném termínu a formě (zadání je uvedeno v příručce na http://dl.cuni.cz/) Tyto dokumenty lze vrátit po konzultaci k přepracování pouze jednou, při opakovaných nedostatcích nebude zápočet udělen.
Syllabus -
Last update: RNDr. Hana Španielová, Ph.D. (24.10.2019)
The lectures are given in Czech language only.
Practical course in virology takes place as a two-week tournament. The course is designed for students in virology and molecular biology. The capacity of one course is a maximum of 18 students and is limited by the difficulty of the methods performed. During the course, students will learn how to work with infectious biological material in a laboratory with the biosafety level 2 (BSL-2) and learn the habits necessary to work with potential human pathogens. Within the course there are 3 model practical tasks, which are conceived so as to methodically represent problems that the student can encounter in basic research and biomedical fields. It is ensured that the methodologies carried out do not overlap with the content of practical courses in molecular biology and genetics, but become an extension of these courses. The course also includes a series of short lectures on the theoretical foundations of methods and viral expression systems.
Task # 1: IDENTIFICATION OF VIRUS IN BIOLOGICAL SAMPLE. Working with tissue cultures detection of known / unknown virus and determination of productive vs. abortive infection (viral transformation); DNA and protein analysis. Methods: DNA isolation, comparison of PCR-free and rolling-circle amplification (RCA) methods in infection diagnostics; ELISA
Task # 2: QUANTIFICATION OF VIRUS. Methods: Comparison of several methods of virus quantification, plaque titration, titer determination by immunofluorescence, end-pint dilution method, observation of infection symptoms.
Task # 3: PREPARATION AND PURIFICATION OF VLPs (VIRUS-LIKE PARTICLES) AND ANALYSIS OF INTERFERENCE IN INFECTION. Procedure: Preparation of VLPs using a baculovirus expression system and analysis of murine polyomavirus infection in the presence of isolated VLPs (to determine if there is a competitive inhibition of infection). Methods: isolation and purification of VLPs (ultracentrifugation in CsCl gradient), immunodotblot or Western blot, quantification of VLPs by haemagglutination (or protein determination). Contrasting of samples by negative staining, electron microscopy, immunodetection of infected cells -immunofluorescence or flow cytometry.
Last update: Mgr. Vojtěch Šroller, Ph.D. (05.10.2021)
Praktický kurz z virologie probíhá jako dvoutýdenní turnusové cvičení. Kurz je určen pro studenty s diplomním zaměřením virologie a molekulární biologie. Kapacita jednoho kurzu je maximálně 15 posluchačů a je limitována náročností prováděných metod. V průběhu kurzu se posluchači naučí pracovat s infekčním biologickým materiálem v laboratoři s úrovní technického zabezpečení 2 (ÚTZ-2) a osvojí si návyky nutné pro práci s potenciálními lidskými patogeny. V rámci kurzu probíhají 2 modelové praktické úlohy, které jsou koncipovány tak, aby metodicky reprezentovaly problémy se kterými se posluchač může setkat v základním výzkumu i biomedicínckých oborech. Je dbáno o to, aby se prováděné metodiky příliš nepřekrývaly s náplní praktických kurzů z molekulární biologie a genetiky, ale aby se staly nadstavbou těchto kurzů. Součástí kurzů je také série krátkých přednášek o teoretických základech použitých metod a virových expresních systémech.
Úloha č.1: KVANTIFIKACE VIRU V ZÁSOBNÍM INOKULU. Postup a metody: práce s tkáňovými kulturami a osvojení návyků při práci s infekčním materiálem v laboratoři ÚTZ-2, srovnání několika metod kvantifikace viru, plaková titrace, určení titru pomocí imunofluorescence, metoda konečného ředění, pozorování projevů infekce.
Úloha č. 2: PŘÍPRAVA A PURIFIKACE VLPs (VIRUS-LIKE PARTICLES) A VÝZKUM INTERAKCÍ MEZI VIROVÝMI ČÁSTICEMI A HOSTITELSKOU BUŇKOU. Postup: Příprava VLPs pomocí bakulovirového expresního systému a analýza interakce izolovaných VLPs s hostitelskou buňkou za různých podmínek. Metody: izolace a purifikace VLPs (ultracentrifugací v CsCl gradientu), imunodotblot nebo Western blot, kvantifikace VLPs hemaglutinací, stanovení množství proteinů. Kontrastování vzorku metodou negativního barvení, elektronová mikroskopie, imunofluorescence nebo průtoková cytometrie.
Součásti přípravy na řešení úloh jsou literární rešerše připravované studenty. Výsledky úloh budou počítačově zpracovány a přehledně shrnuty formou protkolu nebo posteru. Další informace a výukové materiály získají studenti na moodle http://dl.cuni.cz/.
Podmínky splnění předmětu: Udělení zápočtu je podmíněno aktivní účastí na praktiku (jsou povolené 4 hodiny řádně omluvené absence během celého turnusového praktika). Pro zíkání zápočtu je dále třeba absolvovat výstupní test se 70% úspěšností, odevzdat řešení teoretických problémových úloh a protokoly k praktickým úlohám v předepsaném termínu a formě (zadání je uvedeno v příručce na http://dl.cuni.cz/) Tyto dokumenty lze vrátit po konzultaci k přepracování pouze jednou, při opakovaných nedostatcích nebude zápočet udělen.
