Biostatistics II - MB120P102

• Title: Biostatistika II
• Czech title: Biostatistika II
• Guaranteed by: Department of Botany (31-120)
• Faculty: Faculty of Science
• Actual: from 2019
• Semester: winter
• E-Credits: 2
• Examination process: winter s.:
• Hours per week, examination: winter s.:1/1, Ex [HT]
• Capacity: unlimited
• Min. number of students: unlimited
• 4EU+: no
• Virtual mobility / capacity: no
• State of the course: taught
• Language: Czech
• Note: enabled for web enrollment
• Guarantor: prof. RNDr. Tomáš Herben, CSc.
• Teacher(s): prof. RNDr. Tomáš Herben, CSc.; prof. RNDr. Zuzana Münzbergová, Ph.D.

Annotation

English

Last update: prof. RNDr. Tomáš Herben, CSc. (22.06.2015)

Please note that the course is taught in the Czech language only.

Introduction to multivariate techniques in ecology, namely using the CANOCO package. Principles of multivariate techniques, linear and unimodal techniques. Indirect ordination and canonical (direct) techniques. Testing of relationships by randomisation techniques. Uses of multivariate techniques in lieu of univariate techniques: types of problems.

Czech

Last update: prof. RNDr. Tomáš Herben, CSc. (15.11.2023)

Navazuje na přednášku Biostatistika a plánování ekologických pokusů a věnuje se tématům mnohorozměrné
statistiky, s důrazem na zpracování ekologických dat. Přednáška předpokládá znalost základů jednorozměrné
statistiky, zejména práce s lineárními modely.

Přednáška poběží turnusově. Ve školním roce 23/24 poběží v době zimního zkouškového období, ve dnech 8. a 9.1. a 15. a 16.1. v poslucharne BB (seminarium v B2). Dopoledne budou přednášky a odpoledne praktika. Začínáme v 9,00. Počítáme s přestávkou na oběd (tak hodinu) a odpoledním blokem praktik tak ca. do 4 hodin.


Na odpoledni praktickou cast je nezbytne, abyste meli vlastni pocitac a na nem nainstalovane R-ko (stahnout z www.r-project.org). Po instalaci R-ka si nainstalujte balicek vegan takto: Otevrit R -> Packages -> Install.packages, v objevivsim se menu vybrat server, z nejz chcete stahovat (neco blizko, typu Nemecko nebo Rakousko), a v dalsim menu vybrat vegan. Je samozrejme mozne pracovat i v prostredi RStudio.



Stručný syllabus kursu:
***********************

Úvod: typy problémů, typická datová struktura

Princip mnohorozměrných technik na příkladu analýzy hlavních komponent (PCA)

Předpoklady PCA, Standardisace dat používané v PCA

Metody pro data s nelineární strukturou: metody využívající vážených průměrů (korespondenční analýza)

Nepřímé a přímé gradientové techniky: v kterém okamžiku použít nezávislou informaci o prostředí

Kanonické techniky: RDA a CCA

Princip Monte Carlo testů

Analýza s kovariátami: jak odstranit vlivy nezávislých proměnných (typicky proměnných prostředí), které nejsou
předmětem studia

Korelativní a manipulativní data v mnohorozměrné situaci

Použití kanonických mnohorozměrných technik pro vyhodnocení dat z manipulativních pokusů (analogie ANOVA)

Speciální případy v randomisačních testech (blokové uspořádání pokusu, "split-plot design", opakovaná měření a
další)

Ordinační techniky postavené na matici vzdáleností: mnohorozměrné škálování

Základní klasifikační techniky

Requirements to the exam

Last update: prof. RNDr. Tomáš Herben, CSc. (02.12.2015)

Analýza dat z vlastní práce a její prezentace. (V případě potřeby dodáme vhodná data pro analýzu.)

Doplňovací test.

Syllabus

Last update: prof. RNDr. Tomáš Herben, CSc. (01.02.2021)

Aktuální sylabus kurzu je v souboru Syllabus.doc.

 

Rozpis jednotlivých přednášek je v Excelovém souboru Biostat2-rozpis-prednasek.xls.