Microbiology I - FVP015

• Title: Mikrobiologie I
• Guaranteed by: Department of Clinical Microbiology (15-560)
• Faculty: Faculty of Medicine in Hradec Králové
• Actual: from 2023
• Semester: summer
• Points: 0
• E-Credits: 3
• Examination process: summer s.:
• Hours per week, examination: summer s.:15/36, C [HS]
• Capacity: unlimited
• Min. number of students: unlimited
• 4EU+: no
• Virtual mobility / capacity: no
• State of the course: taught
• Language: Czech
• Teaching methods: full-time
• Teaching methods: full-time
• Guarantor: prof. MUDr. Pavel Boštík, Ph.D.
• Incompatibility : FV10015
• Pre-requisite : FVP003, FVP005
• Interchangeability : FV10015, F0104038
• Is incompatible with: FV10015
• Is pre-requisite for: FV050, FV055, FVP021, FVP020, FVP019
• Is interchangeable with: FV10015
• In complex pre-requisite: FVP033, FVP034, FVP035, FVP036, FVP037, FVP038, FVP040, FVP041, FVP042, FVP043, FVP046, FVP047, FVP048, FVP049, FVP084, FV10034, FV10036, FV10037, FV10038, FV10039, FV10040, FV10041, FV10042, FV10043, FV10045, FV10046, FV10047, FV10074, FV10075, FV10076, FV10077, FV10078, FV10079, FV10081, FV10082, FV10088, FV10089, FV10095, FV50016, FV50020, FV50080

Annotation

English

Last update: Eva Dyntarová (24.01.2024)

Introduction to microbiology ? the history, the microbiological world, procaryotic versus eucaryotic cells. Basic characteristic of single groups of medical important microorganisms (bacteria, viruses, fungi, parasites). Normal microflora in man. Pathogenicity of microorganisms. Host defence. General microbiology: structure, growth and nutrition, genetics, classification and identification. Practical training in microbiological techniques: disinfection and sterilisation, staining, cultivation, serologic methods, methods of molecullar biology, antibiotic assays.

Czech

Last update: Eva Dyntarová (24.01.2024)

Lékařská mikrobiologie je obor zabývající se etiologií, patogenezí a imunogenezí humánních onemocnění vyvolaných mikroorganismy (bakterie, viry, houby, plísně, parazité). Obor je členěný na speciální části dle typu mikroorganismu vyvolávajícího vlastní onemocnění (bakteriologie, virologie, mykologie, parazitologie) a zabývá se i antiinfekční imunitou (sérologie). Předmětem Mikrobiologie I je úvod do problematiky mikrobiologie, seznámení se základními obecnými charakteristikami jednotlivých lékařsky významných skupin mikroorganismů (bakterie, viry, houby, parazité) a principy laboratorní diagnostiky infekčních chorob. Výuka předmětu probíhá formou přednášek, které se jsou koncipovány jako obecný přehled jednotlivých podoborů mikrobiologie (bakteriologie, virologie, mykologie a parazitologie), samostatná přednáška je věnována terapii infekčních onemocnění (charakteristika antibiotik, mechanismy účinku a rezistence, priority klinického využití). Na seminářích a praktických cvičeních si studenti osvojí základními principy mikrobiologické diagnostiky: metody přímého průkazu (mikroskopie, kultivace, identifikace, vyšetření citlivosti k antibiotikům, speciální metody průkazu rezistence, molekulárně biologická diagnostika; výhody a nevýhody molekulárně genetických metod) a nepřímého průkazu (sérologická diagnostika) a jejich indikacemi v klinické praxi. Studenti jsou seznámeni s bezpečnostními pravidly práce v mikrobiologické laboratoři, metodami dezinfekce a sterilizace, fázemi mikrobiologického vyšetření (preanalytická, analytická a postanalytická fáze). Náplní předmětu jsou dále přehled a metody identifikace klinicky nejvýznamnějších bakterií v rámci speciální bakteriologie.

Requirements to the exam

Last update: Eva Dyntarová (24.01.2024)

 Podmínky pro udělení kreditů

1.  Vyplněné protokoly ze všech praktických cvičení
2.  Ne více jak 1 omluvená absence
3.  Úspěšné splnění kreditového testu
4.  V případě absence delší než 1 den – ústní přezkoušení na zameškané téma skupinovým vyučujícím

 KREDITOVÝ (zápočtový) TEST

•  Předposlední den praktických cvičení
•  Místo: seminární místnost ÚKM, nutný přístup do platformy Moodle, zodpovídá student!!
•  20 multiple choice otázek, 20 minut
•  Úspěšné splnění ≥ 70,0 %
•  V případě neúspěchu – jeden opravný termín (povinný)
•  Témata – probraná témata z přednášek, praktických cvičení
•  Teorie k praktickým cvičením dostupná na Moodle

 OPRAVNÝ KREDITOVÝ TEST

Je povinný pro všechny studenty, kteří neuspěli v kreditovém testu.

V případě neúspěchu – ústní přezkoušení na zadané téma (téma bude zasláno formou emailu, nebo přímo zadáno skupinovým vyučujícím)

 ÚSTNÍ PŘEZKOUŠENÍ

Téma: zameškané téma, nebo zadané téma

Krátké ústní přezkoušení bez předchozí přípravy studenta, o tématu a výsledku bude proveden zápis do karty studenta.

Syllabus

Last update: Eva Dyntarová (24.01.2024)

Přednášející:

• prof. MUDr. Pavel Boštík, Ph.D.
• doc. RNDr. Vladimír Buchta, CSc.
• MUDr. Pavla Paterová, Ph.D.
• MUDr. Vlasta Štěpánová, Ph.D.

Přednášky

1. Lékařská mikrobiologie. Úvod. Bakteriologie. Stavba buňky. Morfologie. (prof. Boštík)
2. Virologie. Obecná virologie - taxonomie virů, průkaz virové infekce. Speciální virologie - DNA a RNA viry. Antivirotika. (dr. Štěpánová)
3. Mykologie. Taxonomie. Kvasinky, plísně, dimorfní houby. Antimykotika. (doc. Buchta)
4. Parazitologie. Obecná parazitologie. Protozoa, helmintózy. Antiparazitika. (prof. Boštík)
5. Antibiotika - přehled, mechanismy účinku, mechanismy rezistence, příklady klinického použití. (dr. Paterová)

Praktika a  semináře

Praktická cvičení

1. BOZP, přístroje, tok vzorků. 
   Studenti jsou seznámeni s bezpečnostními pravidly práce v mikrobiologické laboratoři a organizací výuky. Dezinfekce a sterilizace. Preanalytická fáze. Odběr a uchování materiálu, transport.
2. Základní principy mikrobiologické diagnostiky. Přímý průkaz 1. část (mikroskopie). Barvení (princip), aplikace mikroskopie, popis preparátu, morfologie.
3. Základní principy mikrobiologické diagnostiky. Přímý průkaz 2. část (kultivace) kultivační půdy, délka kultivace, prostředí. Vyšetření citlivosti k ATB. Metody vyšetření citlivosti - diskový difúzní test, bujónová mikrodiluční metoda - vyšetření minimální inhibiční koncentrace (MIC) - prinicip
4. Přímý průkaz 2. část (identifikace bakterií - morfologie, biochemice, MALDI- TOF MS). Vyšetření citlivosti k ATB. Break-point, interpretace nálezu. Postanalytická fáze. Interpretace mikrobiologického vyšetření, fyziologická flóra, primární, oportunní patogeny
5. Základní principy mikrobiologické diagnostiky. Nepřímý průkaz. Vyšetřovací metody ve virologii.
   sérologické metody - principy (aglutinace, precipitace, komplement-fixace, ELISA). Virologie - přímý průkaz
6. Základní principy mikrobiologické diagnostiky. Vyšetřovací metody v mykologii a parazitologii.
   Molekulárně genetické metody. Mikroskopie, kultivace. Princip PCR, výhody a nevýhody molekulárně genetických metod. Jejich indikace v klinické praxi.
7. Stafylokoky. Diagnostika stafylokoků na základě jejich biochemických vlastností. Stafylokokové toxiny. Přehled klinických forem onemocnění, základy terapie, výskyt rezistence na ATB, epidemiologické souvislosti
8. Streptokoky. Nejvýznamnější druhy - morfologie, identifikace, faktory virulence a patogenita, laboratorní diagnostika, kultivace - podmínky, růstové vlastnosti, identifikace – bacitracin, optochin, deoxycholát, hemolýza
9. Enterobakterie. Diagnostika, kultivace, identifikace (biochemie, aglutinace), klinický význam, antibiogram, produkce ESBL
10. Pseudomonády a další nefermentující tyčinky. Diagnostika klinicky významných nefermentujících tyčinek. Význam u oportunních/nemocničních nákaz. Cystická fibróza.
11. Bordetely, hemofily, neisserie. Nejvýznamnější zástupci rodů. Kultivace, podmínky, růstové vlastnosti, faktory virulence, identifikace a sérotypizace bakteriálních kmenů, satelitismus. Zápočtový test.
12. Mykobakteria, nokardie, korynebakteria. Diagnostika patogenních a nepatogenních druhů, barvení, kultivační půdy, průkaz toxigenity kmenů. Zápočet.

• 1. sk. Po 5. - 7. hod.    Út 5. - 7. hod. Mgr. R. Kukla, Ph.D., Mgr. R. Sleha, Ph.D.
• 2. sk. Čt 1. -3. hod.     Pá 1. - 3. hod. Mgr. Marcela Vejsová, Ph.D.
• 3. sk. Po 9. - 11. hod.  Út 1. - 3. hod. MUDr. K. Kuncová, PharmDr. J. Bavlovič, Ph.D.    
• 4. sk. St 1. - 3. hod.    Čt 5. - 7.hod.   MUDr. Kateřina Neradová, Ph.D.   
• 5. sk. Út 1. - 3. hod.    St 1. - 3. hod.  doc. MUDr. Pavel Čermák ,Ph.D.
  
• 6. sk. Po 1. - 3. hod.    Út 5. -7. hod.  doc. MUDr. Pavel Čermák, Ph.D.
  

Literature

Last update: Eva Dyntarová (24.01.2024)

Povinná literatura

1. Votava M, a kol, Lékařská mikrobiologie obecná. Neptun, Brno, 2001.
2. Votava M, a kol. Lékařská mikrobiologie II. Přehled vyšetřovacích metod v lékařské mikrobiologii. Masarykova univerzita, Brno, 2000.
3. Hurych J, Štícha R et al. Lékařská mikrobiologie Repetitorium, Triton, Praha, 2020

Doporučená literatura

1. Goering R, et al. Mims' Medical Microbiology and Immunology, 6th Ed., Elsevier, 2018.
2. Goering R, et al. Mimsova lékařská mikrobiologie, 5^th Ed., Elsevier, 2013.
3. Greenwood D. Medical Microbiology, 18^th Ed., Elsevier, 2012.