Microbiology II. - D1105038

• Title: Mikrobiologie II.
• Guaranteed by: Department of Medical Microbiology (13-323)
• Faculty: Second Faculty of Medicine
• Actual: from 2023
• Semester: winter
• Points: 4
• E-Credits: 4
• Examination process: winter s.:
• Hours per week, examination: winter s.:56/0, C+Ex [HT]
• Extent per academic year: 14 [weeks]
• Capacity: unlimited / unknown (unknown)
• Min. number of students: unlimited
• 4EU+: no
• Virtual mobility / capacity: no
• State of the course: taught
• Language: Czech
• Teaching methods: full-time
• Teaching methods: full-time
• Guarantor: prof. MUDr. Pavel Dřevínek, Ph.D.
• Pre-requisite : D1103040, D1104339
• Is co-requisite for: D1106089

Annotation

Last update: Zdeněk Procházka (04.09.2020)

Jde o povinný studijní předmět, který patří mezi základní teoretické předměty profilujícího základu. Jeho absolvováním student získá znalosti a dovednosti v oblasti lékařské mikrobiologie – v popisu jednotlivých mikroorganismů a jejich vlastností, v zásadách odběru, transportu a zpracování biologického materiálu, v mechanismu účinku a působení antimikrobních látek, v obecných principech antiinfekční terapie a v poznání interakcí infekčních agens s makroorganismem, které jsou nezbytným předpokladem pro další úspěšné studium ve vyšších ročnících. V rámci předmětu si student osvojí například následující znalosti, dovednosti a kompetence: - zhodnotit laboratorní nálezy, které by mohly mít spojitost s onemocněním způsobeným mikroorganismy - abnormální počet leukocytů, abnormální výsledky analýzy stolice, okultní krvácení, nález parazitů, abnormální močový sediment, zvýšené markery zánětu - pochopit základní patologické stavy, které mohou mít přímou souvislost s působením mikroorganismu v lidském těle - např. lymfadenopatie, horečka, zimnice, svědění, otoky, edémy, hubnutí, akutní těžká bolest hlavy či meningismus - porozumět problematice nozokomiálních infekcí a jejich rizik – ATB rezistence, možnosti diagnostiky a terapie, spolupráce s epidemiologem, bariérová opatření - vnímat mechanismy šíření agens v populaci, zamezení cest přenosu, prevence - otázky týkající se imunizace jedince – očkovací plán; povinná, nepovinná očkování, doporučená očkování - použít základní klinickou rozvahu při získávání informací významných pro pacientovu léčbu. Zahrnout vědecké poznatky teoretických lékařských věd včetně epidemiologických informací (incidence, prevalence) do klinické rozvahy za účelem sestavit diferenciální diagnózu - zhodnotit závažnost obtíží pacienta, symptomů nemoci nebo situace, ve které se pacient nachází. Konzultovat s dalšími lékaři a členy týmu, aby došlo k potvrzení a schválení pracovní diagnózy, vysvětlit a zdokumentovat klinickou rozvahu, jež vedla k pracovní diagnóze; prokázat kritické myšlení vedoucí ke stanovení diferenciální diagnózy. - doporučit vstupní, nákladově efektivní diagnostickou metodu pro pacienta s akutním nebo chronickým onemocněním, nebo jako součást preventivní zdravotní prohlídky. Vyhodnotit výsledky testů a zahrnout je do diferenciální diagnózy. Pochopit důsledky a naléhavost v případě abnormálních výsledků vyšetření a v případě nutnosti požádat o pomoc s jejich výkladem.

Course completion requirements

Last update: Romana Laušerová (29.09.2023)

Zakončení předmětu M II je podmíněno úspěšně složenou praktickou a ústní zkouškou. K té lze přistoupit po udělení zápočtu za zimní semestr.

1) Úspěšné absolvování písemných testů, tedy zisk minimálně 20 bodů v součtu všech tří průběžných testů. Jednotlivé testy mohou absolvovat studenti před začátkem přednášky (termíny viz dále). Náhradní termíny pro průběžné testy nejsou vypisovány. Každý z jednotlivých testů obsahuje 10 otázek, každá správně zodpovězená otázka je ohodnocena 1 bodem. Doba trvání každého jednotlivého testu je 10 minut. Pokud student nedosáhne na minimální bodové ohodnocení 20 bodů, má možnost uspět v souhrnném opravném testu v zápočtovém týdnu. Test obsahuje 30 otázek, minimum je získání 24 bodů.

Bez splnění uvedené podmínky udělení zápočtu nebude student připuštěn ke zkoušce. Zápočet má platnost jeden kalendářní rok.

Termíny zápočtových testů

1. test Obecná mikrobiologie 3. týden zimního semestru (Obecná bakteriologie, virologie, mykologie, parazitologie – základní pojmy, Antimikrobiální látky – přehled, mechanismy účinku i rezistence k ATB, spektrum účinku Vyšetřovací metody – přehled a rozdělení, význam, výhody a nevýhody jednotlivých metod)

2. test Speciální mikrobiologie 7. týden zimního semestru (Bakterie (G+, G- i ostatní), houby, paraziti, viry – znalosti o jednotlivých agens - klasifikace, nejvýznamnější faktory virulence, patogenita, možnosti diagnostiky a terapie)

3. test Klinická mikrobiologie 11. týden zimního semestru (Infekce nosokomiální, močové, respirační, alimentární, nervového systému, krevního řečiště – nejvýznamnější původci, metody diagnostiky, léčby i prevence)

Literature

Last update: Romana Laušerová (02.10.2023)

Základní studijní literatura :

Schindler : Mikrobiologie pro studenty zdravotnických oborů, Grada, 2010

Zahradnický a kol.: Mikrobiologie a epidemiologie, Avicenum, 1987

Jakub Hurych, Roman Štícha et al: Lékařská mikrobiologie Repetitorium, Triton, 2020

Doporučená literatura :

Votava: Lékařská mikrobiologie obecná, Neptun, 2001

Votava: Lékařská mikrobiologie speciální, Neptun,2006

Mims a kol.: Medical Microbiology, Mosby, London, 1998

P.R.Murray a kol.: Manual of Clin.Microbiology, ASM, Washington, 1999

H.D. Isenberg: Clin. Microbiol. Proc. Handbook, ASM, Washington, 1992

MOODLE:

https://dl1.cuni.cz/course/view.php?id=6510

Requirements to the exam

Last update: Romana Laušerová (29.09.2023)

Mikrobiologie II : Teoretické otázky:

I. Obecná mikrobiologie (22 otázek)

1. Stavba bakteriální buňky. Bakteriální spora.

2. Stavba virových částic. Klasifikace virů.

3. Složení buněčné stěny G+ a G- bakterií. Endotoxin.

4. Bakteriální pouzdro a ostatní povrchové struktury. Biofilm.

5. Exotoxiny a jejich rozdělení podle mechanismu a místa účinku.

6. Patogenita bakterií.

7. Patogeneze virových infekcí.

8. Bakteriální genom a jeho plasticita. Mobilní genetické elementy.

9. Rozdělení antibiotik podle mechanismu účinku.

10. Mechanismy rezistence k antibiotikům (vč. MRSA, VRE, beta-laktamáz)

11. Hlavní zásady racionální antibiotické terapie.

12. Penicilinová antibiotika.

13. Cefalosporiny a karbapenemy

14. Glykopeptidy. Oxazolidinony (linezolid)

15. Makrolidová a linkosamidová antibiotika. Tetracykliny včetně tigecyklinu. Chloramfenikol.

16. Aminoglykosidy. Polypeptidová antibiotika (polymyxin).

17. Chinolony.

18. Kotrimoxazol. Metronidazol. Nitrofurantoin.

19. Antituberkulotika.

20. Virostatika.

21. Antimykotika.

22. Nežádoucí účinky antibiotik.

II. Speciální virologie a mykologie (17 otázek)

23. Herpesviry - HSV1, HSV2 a virus varicely.

24. Herpesviry - EBV, cytomegalovirus a HHV-6.

25. Viry influenzy.

26. Virus parotitidy. Virus spalniček.

27. Virus zarděnek a parvovirus B19.

28. Virus vztekliny.

29. Adenoviry.

30. Rotaviry. Caliciviry.

31. Polioviry a jiné enteroviry.

32. Virus klíšťové encefalitidy a jiné flaviviry (vyjma HCV).

33. Papilomaviry. Lidské patogenní poxviry.

34. RSV, viry parainfluenzy, coronaviry, rhinoviry.

35. Původci virových hepatitid.

36. Virus HIV a jiné retroviry.

37. Candidy. Dermatofyta.

38. Aspergily. Zygomycety.

39. Cryptococcus. Pneumocystis.

III. Speciální bakteriologie (32 otázek)

40. Streptococcus pyogenes.

41. Viridující streptokoky (S. pneumoniae, ústní streptokoky).

42. Beta hemolytické streptokoky jiné než S. pyogenes.

43. Enterokoky.

44. Staphylococcus aureus.

45. Koaguláza negativní stafylokoky.

46. Neisseria meningitidis.

47. Neisseria gonorrhoeae.

48. Brucely a Francisella tularensis. Legionella pneumophila.

49. Bordetelly.

50. Haemophilus influenzae a ostatní hemofily.

51. Listeria monocytogenes.

52. Corynebacterium diphteriae a ostatní korynebakterie.

53. Escherichia coli. Shigely.

54. Salmonely (Typhi, Enteritidis a další sérotypy).

55. Klebsiella, Enterobacter, Serratia, Proteus.

56. Yersinie.

57. Vibrio cholerae a ostatní vibria.

58. Campylobacter jejuni. Helicobacter pylori.

59. Pseudomonas aeruginosa a další G- nefermentující tyčinky.

60. Mycobacterium tuberculosis. M. leprae. Atypická mykobakteria.

61. Anaerobní bakterie (jiné než klostridia).

62. Aktinomycety a nokardie.

63. Clostridium tetani. Clostridium botulinum.

64. Clostridium difficile.

65. Clostridium perfringens a ostatní histotoxická klostridia.

66. Bacillus anthracis a ostatní bacily.

67. Treponema pallidum.

68. Borrelie a leptospiry.

69. Rickettsie, coxielly, bartonely.

70. Chlamydie.

71. Mykoplasmata a ureaplasmata.

IV. Parazitologie (11 otázek)

72. Trypanosomy a leishmanie.

73. Giardia. Cryptosporidium. Trichomonas.

74. Entamoeba a další améboidní prvoci.

75. Původci malárie.

76. Toxoplasma gondii.

77. Schistosomy.

78. Taeniae a ostatní původci střevních cestodóz.

79. Echinokoky a ostatní původci tkáňových cestodóz.

80. Enterobius a Ascaris. Ostatní původci střevních nematodóz.

81. Trichinella a další původci tkáňových nematodóz.

82. Ektoparazité.

V. Klinická mikrobiologie (16 otázek)

83. Mikroflóra lidského těla.

84. Infekce horních cest dýchacích. Mikrobiologická diagnostika a antimikrobní léčba.

85. Infekce dolních cest dýchacích a plic. Mikrobiologická diagnostika a antimikrobní léčba.

86. Průjmová onemocnění. Mikrobiologická diagnostika a antimikrobní léčba.

87. Infekce močových cest. Mikrobiologická diagnostika a antimikrobní léčba.

88. Sexuálně přenosné choroby. Mikrobiologická diagnostika a antimikrobní léčba.

89. Nehnisavé (aseptické) neuroinfekce. Mikrobiologická diagnostika.

90. Hnisavé meningitidy. Mikrobiologická diagnostika a antimikrobní léčba.

91. Infekce krevního řečiště. Sepse. Mikrobiologická diagnostika.

92. Nozokomiální infekce. Multirezistentní kmeny.

93. Exantémová onemocnění virového původu.

94. Infekce kůže a měkkých tkání. Mikrobiologická diagnostika a antimikrobní léčba.

95. Infekce kostí a kloubů. Mikrobiologická diagnostika a antimikrobní léčba.

96. Infekce způsobené anaerobními bakteriemi.

97. Infekce plodu a novorozence.

98. Očkování.

VI. Vyšetřovací postupy a diagnostika (12 otázek)

99. Zásady odběru a transportu vzorků k mikrobiologickému vyšetření.

100. Mikrobiologická diagnostika bakteriálních infekcí; užití metod přímého i nepřímého průkazu.

101. Mikrobiologická diagnostika virových infekcí; užití metod přímého i nepřímého průkazu.

102. Mikroskopie v diagnostice infekčních onemocnění.

103. Kultivace bakterií. Kultivační půdy, jejich výběr, podmínky kultivace.

104. Postupy vedoucí k identifikaci bakterií.

105. Testy citlivosti k antibiotikům. Interpretace výsledků.

106. Serologické reakce (aglutinace, ELISA, WB, imunochromatografie). Využití v diagnostice infekčních onemocnění.

107. Metody molekulární biologie a jejich využití v diagnostice infekčních onemocnění.

108. Mikrobiologická diagnostika protozoárních infekcí.

109. Mikrobiologická diagnostika helmintóz.

110. Mikrobiologická diagnostika mykóz.

Výběr 3 zkouškových otázek ze tří okruhů

1. Obecná mikrobiologie + klinická mikrobiologie (celkem 39 otázek)

2. Speciální virologie a mykologie + parazitologie + vyšetřovací postupy a diagnostika (celkem 39 otázek)

3. Speciální bakteriologie (celkem 32 otázek)

PRAKTICKÉ OTÁZKY:

číslo mikrob

1 Enterococcus faecalis

2 Enterococcus faecium

3 Staphylococcus aureus

4 Staphylococcus hominis

5 Streptococcus agalactiae

6 Streptococcus pneumoniae

7 Streptococcus pyogenes

8 Clostridium difficile

9 Clostridium perfringens

10 Corynebacterium diphtheriae

11 Listeria monocytogenes

12 Actinomyces sp.

13 Cutibacterieum acnes

14 Acinetobacter baumani

15 Burkholderia cepacia komplex

16 Pseudomona aeruginosa

17 Stenotrophomonas maltophilia

18 Bordetella pertussis

19 Campylobacter sp.

20 Helicobacter pylori

21 Citrobacter freundii

22 Enterobacter cloacae

23 Escherichia coli

24 Haemophilus influanzae

25 Klebsiella pneumoniae

26 Proteus mirabilis

27 Salmonella Enteritidis

28 Salmonella Typhi

29 Shigella dysentariae

30 Yersinia enterocolitica

31 Neisseria meningitidis

32 Neisseria gonnorhoae

33 Bacteroides fragilis

34 Fusobacterium nucleatum

35 Prevotella sp.

36 Mycobacterium tuberculosis

37 Ureaplasma urealyticum

38 Mycoplasma pneumoniae

39 Borellia burgdorferi

40 Candida albicans

41 Candida krusei

42 Cryptococcus neoformans

43 Pneumocystis jirovecii

44 Aspergillus fumigatus

45 Influenza A

46 SARS-CoV-2

47 Rotavirus

48 Morbilivirus

49 Cryptosporidium parvum

50 Entamoeba histolytica