Introduction to applied Bioinformatics - GBN018

• Title: Základy praktické bioinformatiky
• Guaranteed by: Department of Biochemical Sciences (16-16160)
• Faculty: Faculty of Pharmacy in Hradec Králové
• Actual: from 2022
• Semester: summer
• Points: 0
• E-Credits: 2
• Examination process: summer s.:
• Hours per week, examination: summer s.:0/28, C+Ex [HS]
• Capacity: unknown / unknown (30)
• Min. number of students: unlimited
• 4EU+: no
• Virtual mobility / capacity: no
• State of the course: taught
• Language: Czech
• Teaching methods: full-time
• Teaching methods: full-time
• Is provided by: GF332
• Explanation: 1.ZBN - akreditace
• Note: course can be enrolled in outside the study plan; enabled for web enrollment
• Guarantor: doc. Ing. Petra Matoušková, Ph.D.
• Comes under: 1.ročník 2023/24 BLDZ volitelné

Annotation

Last update: doc. Ing. Petra Matoušková, Ph.D. (20.02.2024)

Bioinformatika je mezioborová disciplína zabývající se ukládáním, tříděním, analýzou a interpretací souborů biologických dat. V rámci předmětu Základy praktické bioinformatiky se studenti dozvědí o možnostech využití dostupných bioinformatických databází a programů. Prakticky se studenti naučí vyhledávat informace a sekvenční data a seznámí se s možnostmi jejich využití. Tento předmět je založen hlavně na praktické práci u počítače a samostatném vyzkoušení různých webových aplikací. Probíraná témata zahrnují: vyhledávání literatury, databáze proteinových a nukleotidových sekvencí, porovnávání sekvencí a analýza jejich vlastností, hledání podobných sekvencí, restrikční analýza, návrh primerů, specializované databáze atd.

Course completion requirements

Last update: doc. Ing. Petra Matoušková, Ph.D. (20.02.2024)

Získání zápočtu je podmíněno docházkou (alespoň 80%), zpracováním a odevzdáním všech krátkých cvičení probíraných na seminářích (odevzdání prostřednictvím Moodle).

Zkouška probíhá písemně u počítačů zpracováním zadaného souboru úkolů (s možností využít všech dostupných materiálů).

Literature

Last update: doc. Ing. Petra Matoušková, Ph.D. (20.02.2024)

Recommended:

• Selzer, Paul M. Marhöfer, Richard J., Koch, Oliver (eds.). Applied bioinformatics : an introduction. New York, NY: Springer Berlin Heidelberg, 2018, 183 s. ISBN 978-3-319-68299-0.
• Cvrčková, Fatima. Úvod do praktické bioinformatiky. Praha: Academia, 2006, 148 s. ISBN 80-200-1360-1.
• null. . In Slabý, Ondřej. Molekulární medicína . null: null, 2015, s. -. ISBN 978-80-7492-121-6..

Syllabus

Last update: doc. Ing. Petra Matoušková, Ph.D. (20.02.2024)

1. Možnosti vyhledávání dostupné literatury

• UKAŽ, Pubmed, Web of Science, Scopus

• citační programy (Web EndNote, EndNote, Mendeley)

• impakt faktor, H-index, predátorské časopisy

2.-4. Proteiny

• proteinové databáze a vyhledávání sekvencí

• formáty sekvencí a manipulace se sekvencemi

• vlastnosti sekvencí, predikce domén a transmembránových úseků

• porovnávání sekvencí, párové, mnohonásobné, vyhledání podobných sekvencí (BLAST), konstrukce fylogenetických stromů

5.-9. Nukleové kyseliny

• databáze DNA sekvencí

• analýza nukleotidové sekvence, vyhledání polymorfismů, restrikční analýza, klonování in silico

• návrh primerů pro různé aplikace (qPCR, mutageneze)

• hledání a identifikace genů, analýza „neznámých“ sekvencí, identifikace otevřeného čtecího rámce 

10. Genomové projekty - přístup k databázím, vyhledávání podobných genů

11. mikroRNA databáze - vyhledávání sekvencí, vyhledávání cílových genů

12. Specializované databáze - Expression Atlas, Enzyme apod.