Introduction to Applied Bioinformatics - GAPS332

• Title: Introduction to Applied Bioinformatics
• Guaranteed by: Department of Biochemical Sciences (16-16160)
• Faculty: Faculty of Pharmacy in Hradec Králové
• Actual: from 2023
• Semester: summer
• Points: 0
• E-Credits: 2
• Examination process: summer s.:written
• Hours per week, examination: summer s.:0/28, C+Ex [HS]
• Capacity: unknown / unknown (unknown)
• Min. number of students: unlimited
• 4EU+: no
• Virtual mobility / capacity: no
• State of the course: taught
• Language: English
• Teaching methods: full-time
• Teaching methods: full-time
• Is provided by: GAF332
• Note: deregister from the exam date if a requisite was not fulfilled; course can be enrolled in outside the study plan; enabled for web enrollment
• Guarantor: doc. Ing. Petra Matoušková, Ph.D.

Annotation

English

Last update: doc. Ing. Petra Matoušková, Ph.D. (20.02.2024)

Bioinformatics is interdisciplinary field of science dealing with storage, classification, analysis and interpretation of biological data. In the subject Introduction to Applied Bioinformatics students learn about possibilities how to find and use bioinformatic databases and tools. This subject is focused mainly on practical usage and training of various web based programs and software tools. Topics include scientific literature search, databases of protein and nucleotide sequences, sequences comparison and their feature analysis, restriction analysis, primer design, specialized databases, etc.

Czech

Last update: doc. Ing. Petra Matoušková, Ph.D. (20.02.2024)

Bioinformatika je mezioborová disciplína zabývající se ukládáním, tříděním, analýzou a interpretací souborů biologických dat. V rámci předmětu Základy praktické bioinformatiky se studenti dozvědí o možnostech využití dostupných bioinformatických databází a programů. Prakticky se studenti naučí vyhledávat informace a sekvenční data a seznámí se s možnostmi jejich využití. Tento předmět je založen hlavně na praktické práci u počítače a samostatném vyzkoušení různých webových aplikací. Probíraná témata zahrnují: vyhledávání literatury, databáze proteinových a nukleotidových sekvencí, porovnávání sekvencí a analýza jejich vlastností, hledání podobných sekvencí, restrikční analýza, návrh primerů, specializované databáze atd.

Course completion requirements

English

Last update: doc. Ing. Petra Matoušková, Ph.D. (20.02.2024)

Credits are obtained based on presence (at least 80%), all homeworks hand.

The exam is written by the computer (possible to use all materials from lectures).

Czech

Last update: doc. Ing. Petra Matoušková, Ph.D. (20.02.2024)

Získání zápočtu je podmíněno docházkou (alespoň 80%), zpracováním a odevzdáním všech krátkých cvičení probíraných na seminářích (odevzdání prostřednictvím Moodle).

Zkouška probíhá písemně u počítačů zpracováním zadaného souboru úkolů (s možností využít všech dostupných materiálů).

Literature

Last update: doc. Ing. Petra Matoušková, Ph.D. (20.02.2024)

Povinná:

• . . In Selzer, Paul M. Marhöfer, Richard J., Koch, Oliver (eds.). Applied bioinformatics : an introduction . New York, NY: Springer Berlin Heidelberg, 2018, s. -. ISBN 978-3-319-68299-0..

Syllabus

English

Last update: doc. Ing. Petra Matoušková, Ph.D. (20.02.2024)

Literture search (Web of Science, Scopus, Endnote, Impact factor, H-index)

Proteins (databases, sequence search, sequence formates, sequence manipulation, features, domain prediction, multiple alignment, similarity search)

Nucleotides (databases, polymorphisms, restriction analysis, primer design, analysis of unknown sequences, open reading frame identification)

Genomes and databases, BLAST

MicroRNA databases, target search

Czech

Last update: doc. Ing. Petra Matoušková, Ph.D. (20.02.2024)

1. Možnosti vyhledávání dostupné literatury

o   UKAŽ, Pubmed, Web of Science, Scopus

o   citační programy (Web EndNote, EndNote, Mendeley)

o   impakt faktor, H-index, predátorské časopisy

 

2.-4. Proteiny

o   proteinové databáze a vyhledávání sekvencí

o   formáty sekvencí a manipulace se sekvencemi

o   vlastnosti sekvencí, predikce domén a transmembránových úseků

o   porovnávání sekvencí, párové, mnohonásobné, vyhledání podobných sekvencí (BLAST), konstrukce fylogenetických stromů

5.-9. Nukleové kyseliny

o   databáze DNA sekvencí

o   analýza nukleotidové sekvence, vyhledání polymorfismů, restrikční analýza, klonování in silico

o   návrh primerů pro různé aplikace (qPCR, mutageneze)

o   hledání a identifikace genů, analýza „neznámých“ sekvencí, identifikace otevřeného čtecího rámce

 

10. Genomové projekty - přístup k databázím, vyhledávání podobných genů

11. mikroRNA databáze - vyhledávání sekvencí, vyhledávání cílových genů

12. Specializované databáze - Expression Atlas, Enzyme apod.

Entry requirements

English

Last update: Ing. Lucie Navrátilová (26.06.2020)

Exam from Molecular Biology

Czech

Last update: Ing. Lucie Navrátilová (26.06.2020)

Zkouška z molekulární biologie

Teaching methods

English

Last update: Ing. Lucie Navrátilová (26.06.2020)

The lessons are in the computer rooms, each lesson starts with short introduction followed by practical individual training.

Czech

Last update: doc. Ing. Petra Matoušková, Ph.D. (20.02.2024)

Výuka probíhá v počítačové učebně; každý seminář je zahájen krátkou přednáškou uvádějící do konkrétní problematiky, následovanou praktickými ukázkami a procvičováním.

Requirements to the exam

English

Last update: Ing. Lucie Navrátilová (26.06.2020)

Practical knowledge of the subject with the possibility to use gained materials.

Czech

Last update: Ing. Lucie Navrátilová (26.06.2020)

Zvládnutí praktických úkolů (na počítači) dle zadání (s možností využití všech dostupných materiálů).