Your browser does not support JavaScript, or its support is disabled. Some features may not be available.
Molecular and Biomolecular Interactions - MC260P98
Title:
Molekulové a biomolekulové interakce
Czech title:
Molekulové a biomolekulové interakce
Guaranteed by:
Department of Physical and Macromolecular Chemistry (31-260)
Faculty:
Faculty of Science
Actual:
from 2023
Semester:
summer
E-Credits:
3
Examination process:
summer s.:
Hours per week, examination:
summer s.:2/0, Ex [HT]
Capacity:
unlimited
Min. number of students:
unlimited
4EU+:
no
Virtual mobility / capacity:
no
State of the course:
not taught
Language:
Czech
Note:
enabled for web enrollment
Annotation -
--- Czech English
Last update: doc. RNDr. Jan Řezáč, Ph.D. (15.02.2019)
Non-covalent Interactions - physical principles, QM and MM computational method, experimental methods, role of non-covalent interactions in biomolecules
Last update: doc. RNDr. Jan Řezáč, Ph.D. (15.02.2019)
Nekovalentni interakce - fyzikální principy, QM a MM výpočetní metody, experimentální metody, role nekovalentních interakcí v biomolekulách
Literature -
--- Czech English
Last update: doc. RNDr. Jan Řezáč, Ph.D. (15.02.2019)
A. Stone, The theory of intermolecular forces 2nd edition, Oxford univ. press 2013
Papers provided during the course
Last update: doc. RNDr. Jan Řezáč, Ph.D. (15.02.2019)
A. Stone, The theory of intermolecular forces 2nd edition, Oxford univ. press 2013
Články doporučené během kurzu
Requirements to the exam - Czech
Last update: doc. RNDr. Jan Řezáč, Ph.D. (15.02.2019)
Zkouška formou ústního zkoušení.
Syllabus -
--- Czech English
Last update: doc. RNDr. Jan Řezáč, Ph.D. (15.02.2019)
Physical mechanism of non-covalent interactions
Electrostatic interaction, multipole expansion, induction
London dispersion
Pauli repulsion
Specific interaction motifs
Hydrogen bond
Halogen bond and other sigma-hole interactions
Dispersion and stacking
Charge transfer
Non-covalent interactions in thermodynamics
Potential energy
Zero point vibration energy
Entropy
Solvation, "hydrophobic interaction"
van der Waals equation, configuartion integral
Isolated systems: rigid rotor/harmonic oscillator approximation
Variational computational methods
Interaction energy
Basis set superposition error
Methods covering correlation
Accurate calculations, CBS extrapolation, CCSD()/CBS
DFT methods and dispersion treatment
Semi-empiricalmethods
Interaction energy decomposition
Perturbation theory, SAPT method
Morokuma decomposition
Molecular mechanics
Treatment of non-covalent interactions, Lennard-Jones potential
Parametrization of the forcefield, atomic charges
Polarization
Free energy calculations
Experimental methods
Rotation spectroscopy
Vibration spectroscopy
Advanced methods, direct measurements of dissociation energy
Termochemistry
Non-covalent interactions in biomolecules
Structure of DNA
Non-covalent interactions in proteins, protein-ligand complexes
Last update: doc. RNDr. Jan Řezáč, Ph.D. (15.02.2019)
Fyzikální mechanismy nekovalentních interakcí, závislost interakční energie na vzdálenosti
Elektrostatické interakce, dipól, multipóly, indukce
Londonova disperze
Pauliho repulze
Specifické typy nekovalentních interakcí
Vodíková vazba
Halogenová vazba a další sigma-hole interakce
Disperze a patrové interakce (stacking):
Přenos náboje
Nekovalentní interakce v termodynamice
Potenciální energie
Energie nulové vibrace
Entropie
Solvatace, “hydrofobní interakce”
van der Waalsova rovnice, konfigurační integrál
Izolované systémy: pevný rotor/harmonický oscilátor
Variační výpočty
Interakční energie
Superpoziční chyba
Metody výpočtu korelační energie
Přesné výpočty, extrapolace do CBS, CCSD()/CBS
DFT funkcionály, DFT-D a jeho varianty
Semiempirické metody, korekce pro nekov. interakce
Dekompozice interakční energie
Interakce v poruchové teorii, metody SAPT
Morokumova dekompozice
Molekulová mechanika
Nekovalentní interakce v MM, Lennard-Jonesův poteniál
Parametrizace MM forcefieldu
Polarizace
Výpočty volné energie
Experimentální metody
Rotační spektroskopie - odhad struktury
Vibrační spektra - charakteristika interakcí, interakční energie
Pokročilé spektroskopické metody, přímé měření disociační energie
Termochemie
Nekovalentní interakce v biomolekulách
Struktura DNA
Nekovalentní interakce v proteinech