|
|
|
||
Last update: prof. Mgr. Pavel Jungwirth, CSc., DSc. (27.11.2017)
|
|
||
Last update: Lukasz Cwiklik (18.02.2019)
M. P. Allen a D. J. Tildesley: Computer simulations of liquids, Clarendon Press, Oxford, 1991. D. Frenkel a B. Smit: Understanding molecular simulations, Academic Press, New York, 2002. |
|
||
Last update: Lukasz Cwiklik (18.02.2019)
Zkoušku může skládat student/ka, který/á nejpozději 3 dny předem předloží zpracovaný samostatný projekt z praktické části. Zkouška je ústní v rozsahu probírané látky (viz sylabus). Základem zkoušky je "obhajoba" samostatného projektu, důraz je kladen na porozumění použitým metodám a podstatě mezimolekulových interakcí v simulovaném systému. |
|
||
Last update: Lukasz Cwiklik (18.02.2019)
1. Minireview of statistical mechanics - thermodynamic ensembles, calculation of thermodynamic variables, correlation and distribution functions, ergodic theorem.
2. Interatomic and intermolecular potentials.
3. Integration of classical equations of motion - Verlet method, predictor-corrector (Gear) method.
4. Basics of Monte Carlo methods. Metropolis method of generation of the canonical ensemble.
5. Simulation protocole: initial conditions, entry parameters, periodic boundary conditions, interaction cutoff, Ewald summation, methods of temperature and pressure control.
6. Methods of visualization and analysis of results.
Within the class there will be both theoretical lectures and practical demonstrations of computer simulations. |