Algorithms, databases and tools in bioinformatics - NDBI044

• Title: Bioinformatické algoritmy, databáze a nástroje
• Guaranteed by: Department of Software Engineering (32-KSI)
• Faculty: Faculty of Mathematics and Physics
• Actual: from 2020
• Semester: winter
• E-Credits: 5
• Hours per week, examination: winter s.:2/2 C+Ex [hours/week]
• Capacity: unlimited
• Min. number of students: unlimited
• Virtual mobility / capacity: no
• State of the course: taught
• Language: Czech
• Teaching methods: full-time
• Guarantor: doc. RNDr. David Hoksza, Ph.D.

Annotation

Last update: RNDr. Michal Kopecký, Ph.D. (17.04.2018)

Přednáška představí aktuálně používané algoritmy a přístupy pro analýzu DNA, RNA a proteinů. Především půjde o algoritmy pro podobnostní modelování sekvencí a struktur biomolekul, fylogenetickou analýzu a predikci struktury. Studenti se také dozví, jaké existují hlavní repositáře souvisejících biologických dat, jaká je struktura těchto dat a jak s nimi pracovat na programové úrovni.

Course completion requirements

English

Last update: doc. RNDr. David Hoksza, Ph.D. (24.05.2019)

Written exam in the extent covered by the syllabus.

Credit program

Czech

Last update: doc. RNDr. David Hoksza, Ph.D. (24.05.2019)

Písemní zkouška v rozsahu dle sylabu předmětu.

Zápočtový program.

Literature

Last update: T_KSI (18.04.2015)

• Z: Zvelebil, M., Baum J.: Understanding Bioinformatics, Garland Science; 1 edition, 2007, 0815340249

• Z: Durbin, R., et al.: Biological Sequence Analysis: Probabilistic Models of Proteins and Nucleic Acids, Cambridge University Press, 1998, 0521629713

• D: Mount, D.W.: Bioinformatics: Sequence and Genome Analysis, Second Edition, Cold Spring Harbor Laboratory Press, 2004, 0879696087

• D: Gusfield, D.: Algorithms on Strings, Trees and Sequences - Computer Science and Computational Biology, Cambridge University Press, 1997, 0521585198

• D: Jones, N.C., Pevzner, P.A.: An Introduction to Bioinformatics Algorithms, The MIT Press, 2004, 0262101068

Syllabus

Last update: RNDr. Michal Kopecký, Ph.D. (17.04.2018)

Upozornění: v akademickém roce 2018/2019 bude vyučováno blokově.

• Úvod. Existující nukleotidové a proteinové databáze.

• Sekvenční podobnost DNA, RNA a protenů.

• Efektivní vyhledávání v databázích proteinových sekvencí.

• Vyhledávání motivů.

• Vícenásobná sekvenční podobnost.

• Stavba fylogenetických stromů.

• Algoritmy pro uření podobnost proteinových struktur

• Predikce RNA a proteinové struktury.

• Predikce interakčních míst.