SubjectsSubjects(version: 845)
Course, academic year 2018/2019
   Login via CAS
Computer Simulations of Biomacromolecules - NBCM302
Title in English: Počítačové simulace biomakromolekul
Guaranteed by: Institute of Physics of Charles University (32-FUUK)
Faculty: Faculty of Mathematics and Physics
Actual: from 2003
Semester: winter
E-Credits: 3
Hours per week, examination: winter s.:1/1 C+Ex [hours/week]
Capacity: unlimited
Min. number of students: unlimited
State of the course: taught
Language: Czech
Teaching methods: full-time
Note: course can be enrolled in outside the study plan
Guarantor: Mgr. Jaroslav Vacek
Annotation -
Last update: T_FUUK (06.05.2003)
Application of methods of computational chemistry to biomacromolecules (primarily nucleic acids and proteins) and molecular complexes. Determination of structure and thermodynamic characteristics by computational techniques. Drug design. Applucation of 3D computer graphics.
Literature - Czech
Last update: RNDr. Pavel Zakouřil, Ph.D. (05.08.2002)

Schleyer P. v. R.; Allinger, N. L.; Clark, T.; Gasteiger, J.; Kollman, P. A.; Schaefer III, H. F.; Schreiner, P. R., Eds., Encyclopedia of Computational Chemistry (Wiley, Chichester, England), Vol. 1 - 5.

Syllabus - Czech
Last update: T_FUUK (29.05.2002)

Úvod do základů metod výpočetní chemie Povrchy potenciální energie Metody empirických potenciálů, silová pole, polarizovatelné potenciály Metoda Molekulové Mechaniky - cvičení Metoda Monte Carlo Docking, Flexible Docking Molekulová dynamika, Quenching, Simulated annealing - cvičení Metoda Ewaldovy sumace, PME, LES Pokročilé metody odvozené od molekulové dynamiky, Free energy perturbation - cvičení Metody výpočtu volných energií PROFEC, Chemické Monte Carlo/ MD, MM/PBSA Metoda DFTB + r6 Metody QM/MM, Embeding Počítačové kódy Aplikace na biomolekuly, Drug design, Protein Folding Aplikace na komplexní molekulární systémy Molekulová grafika a vizualizace výsledků Metody 3D stereo vizualizace, rendering - cvičení

 
Charles University | Information system of Charles University | http://www.cuni.cz/UKEN-329.html