SubjectsSubjects(version: 845)
Course, academic year 2018/2019
   Login via CAS
Determination and Description of Molecular Structures - NBCM036
Title in English: Stanovení a popis molekulových struktur
Guaranteed by: Institute of Physics of Charles University (32-FUUK)
Faculty: Faculty of Mathematics and Physics
Actual: from 2001
Semester: winter
E-Credits: 3
Hours per week, examination: winter s.:2/0 Ex [hours/week]
Capacity: unlimited
Min. number of students: unlimited
State of the course: taught
Language: Czech
Teaching methods: full-time
Guarantor: prof. doc. Ing. Bohdan Schneider, CSc.
Classification: Physics > Biophysics and Chemical Physics
Annotation -
Last update: T_FUUK (15.05.2001)
Structure and stereochemistry of molecules, geometrical description of molecules as 3D objects. Protein structures, domains, folds, bioinformatics. Drug design based on known 3D protein structures. Structures of nucleic acids, double helices, 3D folds, ribosomal RNA. Foundations of crystallography, comparison of structures determined by crystallography, NMR spectral techniques, and computer experiments. Structural databases as the main source of molecular 3D structures.
Literature - Czech
Last update: RNDr. Pavel Zakouřil, Ph.D. (05.08.2002)

C Brandén; J. Tooze: Introduction to Protein Structure. Second Edition, Garland Publishing, New York (1998). S. Neidle, editor: Oxford Handbook of Nucleic Acid Structure. Oxford University Press, Oxford, (1999). D. Voet, J.G. Voet: Biochemistry. John Wiley & Sons, New York (1997). H. Lodish et al.: Molecular Cell Biology. Scientific American Books, New York (1999). J.P. Glusker; M. Lewis; M. Rossi: Crystal Structure Analysis for Chemists and Biologists. VCH, New York (1994).

Syllabus - Czech
Last update: T_FUUK (15.05.2001)

1. Proč studovat struktury molekul. Jak popisovat geometrie molekul. Základní pravidla stereochemie, jejich důsledky pro molekulové geometrie. 2. Vztahy struktura - funkce v biologii a chemii. Formální popis třírozměrných (3D) objektů. 3. Stereochemie stavebních kamenů biomolekul, aminokyselin a nukleotidů. 4. Strukturní motivy sekundární struktury proteinů, motivy terciarní struktury, klasifikace proteinových foldů. 5. Strukturní bioinformatika, vztah mezi aminokyselinovou sekvenci a strukturou proteinu. Metody porovnávání sekvencí a struktur. 6. Navrh léčiv založený na znalosti 3D struktur cílových proteinů. 7. Struktura nukleových kyselin. I. Helikální konformace. 8. Struktura nukleových kyselin. II. 3D struktury molekul RNA a DNA. 9. Základy krystalografie, nejdůležitější metody stanovení 3-D struktur molekul. I. Experimentální uspořádání, růst krystalu, řešení struktur. 10. Základy krystalografie. II. Symetrie, rafinace. Strukturní genomika. 11. Porovnání krystalografie s ostatními experimentálními metodami jako elektronová mikroskopie, nukleární magnetická resonance a další spektrální metody. 12. Kritické hodnocení počítačových simulací kvantovou chemií i metodami empirického potenciálu (Monte Carlo, Molekulární dynamika) pro studium 3-D struktur. 13. Strukturní database: hledání a porovnávání struktur molekul. Úvod do použití tří nejdůležitějších databasí: CAMBRIDGE STRUCTURAL DATABASE (CSD) pro struktury organických molekul, PROTEIN DATA BANK (PDB) jako primární archiv experimentálních struktur biomolekul a NUCLEIC ACID DATABASE (NDB) pro krystalové struktury obsahující nukleové kyseliny. 14. Database v internetovém světě: Jak nalézat spojení, která dávají věcem význam.

 
Charles University | Information system of Charles University | http://www.cuni.cz/UKEN-329.html