Last update: doc. RNDr. Jan Řezáč, Ph.D. (15.02.2019)
-
Physical mechanism of non-covalent interactions
-
Electrostatic interaction, multipole expansion, induction
-
London dispersion
-
Pauli repulsion
-
Specific interaction motifs
-
Hydrogen bond
-
Halogen bond and other sigma-hole interactions
-
Dispersion and stacking
-
Charge transfer
-
Non-covalent interactions in thermodynamics
-
Potential energy
-
Zero point vibration energy
-
Entropy
-
Solvation, "hydrophobic interaction"
-
van der Waals equation, configuartion integral
-
Isolated systems: rigid rotor/harmonic oscillator approximation
-
Variational computational methods
-
Interaction energy
-
Basis set superposition error
-
Methods covering correlation
-
Accurate calculations, CBS extrapolation, CCSD()/CBS
-
DFT methods and dispersion treatment
-
Semi-empiricalmethods
-
Interaction energy decomposition
-
Perturbation theory, SAPT method
-
Morokuma decomposition
-
Molecular mechanics
-
Treatment of non-covalent interactions, Lennard-Jones potential
-
Parametrization of the forcefield, atomic charges
-
Polarization
-
Free energy calculations
-
Experimental methods
-
Rotation spectroscopy
-
Vibration spectroscopy
-
Advanced methods, direct measurements of dissociation energy
-
Termochemistry
-
Non-covalent interactions in biomolecules
-
Structure of DNA
-
Non-covalent interactions in proteins, protein-ligand complexes
Last update: doc. RNDr. Jan Řezáč, Ph.D. (15.02.2019)
-
Fyzikální mechanismy nekovalentních interakcí, závislost interakční energie na vzdálenosti
-
Elektrostatické interakce, dipól, multipóly, indukce
-
Londonova disperze
-
Pauliho repulze
-
Specifické typy nekovalentních interakcí
-
Vodíková vazba
-
Halogenová vazba a další sigma-hole interakce
-
Disperze a patrové interakce (stacking):
-
Přenos náboje
-
Nekovalentní interakce v termodynamice
-
Potenciální energie
-
Energie nulové vibrace
-
Entropie
-
Solvatace, “hydrofobní interakce”
-
van der Waalsova rovnice, konfigurační integrál
-
Izolované systémy: pevný rotor/harmonický oscilátor
-
Variační výpočty
-
Interakční energie
-
Superpoziční chyba
-
Metody výpočtu korelační energie
-
Přesné výpočty, extrapolace do CBS, CCSD()/CBS
-
DFT funkcionály, DFT-D a jeho varianty
-
Semiempirické metody, korekce pro nekov. interakce
-
Dekompozice interakční energie
-
Interakce v poruchové teorii, metody SAPT
-
Morokumova dekompozice
-
Molekulová mechanika
-
Nekovalentní interakce v MM, Lennard-Jonesův poteniál
-
Parametrizace MM forcefieldu
-
Polarizace
-
Výpočty volné energie
-
Experimentální metody
-
Rotační spektroskopie - odhad struktury
-
Vibrační spektra - charakteristika interakcí, interakční energie
-
Pokročilé spektroskopické metody, přímé měření disociační energie
-
Termochemie
-
Nekovalentní interakce v biomolekulách
-
Struktura DNA
-
Nekovalentní interakce v proteinech
|