Practical Course in Structural Biology - MC250P76

• Title: Praktikum strukturní biologie
• Czech title: Praktikum strukturní biologie
• Guaranteed by: Department of Cell Biology (31-151)
• Faculty: Faculty of Science
• Actual: from 2023
• Semester: summer
• E-Credits: 4
• Examination process: summer s.:
• Hours per week, examination: summer s.:0/6, C [HT]
• Capacity: 13
• Min. number of students: unlimited
• 4EU+: no
• Virtual mobility / capacity: no
• State of the course: taught
• Language: Czech
• Note: enabled for web enrollment
• Guarantor: doc. Ing. Václav Veverka, Ph.D.
• Teacher(s): doc. Ing. Václav Veverka, Ph.D.

Annotation

Praktikum je určeno primárně pro studenty magisterského a doktorského studia. Cílem praktika je seznámit studenty s technikami strukturní biologie (biomolekulární krystalografií a NMR spektroskopií). Praktikum je turnusové a bude probíhat na Ústavu organické chemie a biochemie AV ČR v posledním týdnu semestru nebo prvním týdnu zkouškového období dle možností zapsaných studentů.
Před praktikem je výhodou znalost základů technik NMR a proteinové krystalografie, např. předměty Biofyzikální chemie I a II, Řešení trojrozměrné struktury makromolekul.

Pokud bude naplněna kapacita a nebude možné si praktikum zapsat, zvážíme její navýšení. Kontaktujte mě přes email: [e-mail]

Last update: VEVERKVA (05.01.2017)

Literature

Literatura bude k dispozici na kurzu.

Last update: Šebková Nataša, RNDr., Ph.D. (24.10.2019)

Requirements to the exam

Podmíkou udělení zápočtu je odevzdání protokolů z praktika, včetně opravy případných nedostatků, a úspěšné absolvování závěrečného testu ziskem nejméně 60ti ze 100 možných bodů.

Last update: Veverka Václav, doc. Ing., Ph.D. (03.06.2019)

Syllabus

Krystalografie: krystalizace proteinů v různých podmínkách, vybírání krystalů a nastavení difrakce, zpracovaní difračních dat, fitování struktury do elektronové hustoty.

NMR: příprava titrační řady ke sledování proteinové interakce, snímání dat na spektrometru, vyhodnocení vazby k proteinu, přiřazení rezonancní lavního řetězce.

Vyhodnocení strukturních dat, proteinová strukturní databáze, hledání strukturně podobných proteinů, predikce sekundární struktury, práce s programy pro zobrazování struktur biomolekul.

Last update: VEVERKVA (29.07.2016)

Learning outcomes

Student:

• rozumí základním principům biomolekulární krystalografie a NMR spektroskopie a chápe jejich využití při studiu struktury proteinů a proteinových komplexů.

• prakticky ovládá základní experimentální postupy v proteinové krystalografii, včetně krystalizace proteinů, výběru vhodných krystalů, nastavení difrakčního experimentu a zpracování difrakčních dat.

• provádí základní kroky řešení proteinové struktury, včetně fitování atomového modelu do elektronové hustoty a posouzení kvality výsledné struktury.

• připravuje a měří NMR experimenty zaměřené na studium proteinových interakcí, včetně přípravy titračních řad, snímání dat na NMR spektrometru a vyhodnocení vazby ligandu k proteinu.

• provádí přiřazení rezonančních signálů hlavního řetězce proteinu a interpretuje NMR data v kontextu struktury a dynamiky biomolekuly.

• vyhodnocuje a interpretuje strukturní data s využitím proteinových strukturních databází, vyhledává strukturně příbuzné proteiny a posuzuje strukturální podobnosti.

• používá bioinformatické nástroje pro predikci sekundární struktury a programy pro vizualizaci biomolekulárních struktur.

• kriticky hodnotí kvalitu získaných experimentálních a strukturních dat a diskutuje jejich limity v kontextu použitých metod.

Last update: Veverka Václav, doc. Ing., Ph.D. (06.02.2026)